Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gtagagagatatagagaggggtttcaagtggtgttaaaaactagatatgaaaattataaatgagaaatatcttactctgagtctgtgccctcaatatcagGAATTGCACGTTGTTTCACCTTTGGTGGGAGTAGGAAGAGGTTGCTGCATGATCCAGCCATTCTACCACGATCTGATTTGTCCAGGCAGCAATACATGAA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA12G02920.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|151398243|gb|EV268121.1|EV268121
EST:     ATTTGGAGTTGTGCAGGATGCTGATCGACTTGATGCTATTGGTGCTATAG                         GAATTGCACGTTGTTTCACCTTTGGTGGGAGTAGGAAGAGGTTGCTGCATG
genomic: ATTTGGAGTTGTGCAAGATGCTGATCGACTTGATGCTATTGGTGCTATAGgtattttctc ... tcaatatcagGAATTGCACGTTGTTTCACCTTTGGTGGGAGTAGGAAGAGGTTGCTGCATG
EST: gi|7693079|gb|AW761177.1|AW761177
EST:     ATATGGAGTTGTGCAAGATGCTGATCGACTTGATGCTATTGGTGCTATAG                         GAATTGCACGTTGTTTCACCTTTGGTGGGAGTAGG
genomic: ATTTGGAGTTGTGCAAGATGCTGATCGACTTGATGCTATTGGTGCTATAGgtattttctc ... tcaatatcagGAATTGCACGTTGTTTCACCTTTGGTGGGAGTAGG
EST: gi|209698483|gb|BW667280.1|BW667280
EST:     ATTTGGAGTTGTGCAAGATGCTGATCGACTTGATGCTATTGGTGCTATAG                         GAATTGCACGTTGTTTCACCTTTGGTGGGAGTAGGAAGAGGTTGCTGCATG
genomic: ATTTGGAGTTGTGCAAGATGCTGATCGACTTGATGCTATTGGTGCTATAGgtattttctc ... tcaatatcagGAATTGCACGTTGTTTCACCTTTGGTGGGAGTAGGAAGAGGTTGCTGCATG
EST: gi|298164120|gb|HO013765.1|HO013765
EST:     ATTTGGAGTTGTGCAAGATGCTGATCGACTTGATGCTATTGGTGCTATAG                         GAATTGCACGTTGTTTCACCTTTGGTGGGAGTAGGAAGAGGTTGCTGCATG
genomic: ATTTGGAGTTGTGCAAGATGCTGATCGACTTGATGCTATTGGTGCTATAGgtattttctc ... tcaatatcagGAATTGCACGTTGTTTCACCTTTGGTGGGAGTAGGAAGAGGTTGCTGCATG
EST: gi|24135503|gb|BU926013.1|BU926013
EST:     ATTTGGAGTTGTGCAAGATGCTGATCGACTTGATGCTATTGGTGCTATAG                         GAATTGCACGTTGTTTCACCTTTGGTGGGAGT
genomic: ATTTGGAGTTGTGCAAGATGCTGATCGACTTGATGCTATTGGTGCTATAGgtattttctc ... tcaatatcagGAATTGCACGTTGTTTCACCTTTGGTGGGAGT
EST: gi|193419575|gb|FK383211.1|FK383211
EST:     ATTTGGAGTTGTGCAAGATGCTGATCGACTTGATGCTATTGGTGCTATAG                         GAATTGCACGTTGTTTCACCTTTGGTGGGAGTAGGAAGAGGTTGCTGCATG
genomic: ATTTGGAGTTGTGCAAGATGCTGATCGACTTGATGCTATTGGTGCTATAGgtattttctc ... tcaatatcagGAATTGCACGTTGTTTCACCTTTGGTGGGAGTAGGAAGAGGTTGCTGCATG
EST: gi|193408566|gb|FK374124.1|FK374124
EST:     ATTTGGAGTTGTGCAAGATGCTGATCGACTTGATGCTATTGGTGCTATAG                         GAATTGCACGTTGTTTCACCTTTGGTGGGAGTAGGAAGAGGTTGCTGCAAT
genomic: ATTTGGAGTTGTGCAAGATGCTGATCGACTTGATGCTATTGGTGCTATAGgtattttctc ... tcaatatcagGAATTGCACGTTGTTTCACCTTTGGTGGGAGTAGGAAGAGGTTGCTGCA-T
EST: gi|193393928|gb|FK358507.1|FK358507
EST:     TTGGTAGTTGTTGCAAGATGCTGATCGACTTGATGCTATTGGTGCTATAG                         GAATTGCACGTTGTTTCACCTTTGGTGGGAGTAGGAAGAGGTTGCTGCATG
genomic: TTGG-AGTTG-TGCAAGATGCTGATCGACTTGATGCTATTGGTGCTATAGgtattttctc ... tcaatatcagGAATTGCACGTTGTTTCACCTTTGGTGGGAGTAGGAAGAGGTTGCTGCATG
EST: gi|58022079|gb|CX708820.1|CX708820
EST:     ATTTGGAGTTGTGCAAGATGCTGATCGACTTGATGCTATTGGTGCTATAG                         GAATTGCACGTTGTTTCACCTTTGGTGGGAGTAGGAAGAGGTTGCTGCATG
genomic: ATTTGGAGTTGTGCAAGATGCTGATCGACTTGATGCTATTGGTGCTATAGgtattttctc ... tcaatatcagGAATTGCACGTTGTTTCACCTTTGGTGGGAGTAGGAAGAGGTTGCTGCATG
EST: gi|213611749|gb|DB958871.1|DB958871
EST:     ATTTGGAGTTGTGCAAGATGCTGATCGACTTGATGCTATTGGTGCTATAG                         GAATTGCACGTTGTTTCACCTTTGGTGGGAGTAGGAAGAGGTTGCTGCATG
genomic: ATTTGGAGTTGTGCAAGATGCTGATCGACTTGATGCTATTGGTGCTATAGgtattttctc ... tcaatatcagGAATTGCACGTTGTTTCACCTTTGGTGGGAGTAGGAAGAGGTTGCTGCATG
EST: gi|298177471|gb|HO023604.1|HO023604
EST:     ATTTGGAGTTGTGCAAGATGCTGATCGACTTGATGCTATTGGTGCTATAG                         GAATTGCACGTTGTTTCACCTTTGGTGGGAGTAGGAAGAGGTTGCTGCATG
genomic: ATTTGGAGTTGTGCAAGATGCTGATCGACTTGATGCTATTGGTGCTATAGgtattttctc ... tcaatatcagGAATTGCACGTTGTTTCACCTTTGGTGGGAGTAGGAAGAGGTTGCTGCATG
EST: gi|193414153|gb|FK377853.1|FK377853
EST:     ATTTGGAGTTGTGCAAGATGCTGATCGACTTGATGCTATTGGTGCTATAG                         GAATTGACACGTTGTTTCACCTTTGGTGGGAGTAGGAAGAGG
genomic: ATTTGGAGTTGTGCAAGATGCTGATCGACTTGATGCTATTGGTGCTATAGgtattttctc ... tcaatatcagGAATTG-CACGTTGTTTCACCTTTGGTGGGAGTAGGAAGAGG
EST: gi|298168341|gb|HO014516.1|HO014516
EST:     ATTTGGAGTTGTGCAAGATGCTGATCGACTTGATGCTATTGGTGCTATAG                         GAATTGCACGTTGTTTCACCTTTGGTGGGAGTAGGAAGAGGTTGCTGCATG
genomic: ATTTGGAGTTGTGCAAGATGCTGATCGACTTGATGCTATTGGTGCTATAGgtattttctc ... tcaatatcagGAATTGCACGTTGTTTCACCTTTGGTGGGAGTAGGAAGAGGTTGCTGCATG
EST: gi|193436738|gb|FK400883.1|FK400883
EST:     ATTTGGAGTTGTGCAAGATGCTGATCGACTTGATGCTATTGGTGCTATAG                         GAATTGCACGTTGTTTCACCTTTGGTGGGAGTAGGAAGAGG
genomic: ATTTGGAGTTGTGCAAGATGCTGATCGACTTGATGCTATTGGTGCTATAGgtattttctc ... tcaatatcagGAATTGCACGTTGTTTCACCTTTGGTGGGAGTAGGAAGAGG
EST: gi|193429874|gb|FK395536.1|FK395536
EST:     ATTTGGAGTTGTGCAAGATGCTGATCGACTTGATGCTATTGGTGCTATAG                         GAATTGCACGTTGTTTCACCTTTGGTGGGAGTAGGAAGAGG
genomic: ATTTGGAGTTGTGCAAGATGCTGATCGACTTGATGCTATTGGTGCTATAGgtattttctc ... tcaatatcagGAATTGCACGTTGTTTCACCTTTGGTGGGAGTAGGAAGAGG
EST: gi|298190152|gb|HO032273.1|HO032273
EST:     ATTTGGAGTTGTGCAAGATGCTGATCGACTTGATGCTATTGGTGCTATAG                         GAATTGCACGTTGTTTCACCTTTGGTGGGAGTAGGAAGAGGTTGCTGCATG
genomic: ATTTGGAGTTGTGCAAGATGCTGATCGACTTGATGCTATTGGTGCTATAGgtattttctc ... tcaatatcagGAATTGCACGTTGTTTCACCTTTGGTGGGAGTAGGAAGAGGTTGCTGCATG
EST: gi|298185748|gb|HO028059.1|HO028059
EST:     ATTTGGAGTTGTGCAAGATGCTGATCGACTTGATGCCATTGGTGCTATAG                         GAATTGCACGTTGTTTCACCTTTGGTGGGAGTAGGAAGAGGTTGCTGCATG
genomic: ATTTGGAGTTGTGCAAGATGCTGATCGACTTGATGCTATTGGTGCTATAGgtattttctc ... tcaatatcagGAATTGCACGTTGTTTCACCTTTGGTGGGAGTAGGAAGAGGTTGCTGCATG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatgaaaattataaatgagaaatatcttactctgagtctgtgccctcaatatcagGAATTGCACGTTGTTTCACCTTTGGTGGGAGTAGGAAGAGGTTGCTGCATGATCCAGCCATTCTACCACGATCTGATTTGTCCAGGCAGCAATACATGAA
                       atcttac  putative branch site (score: 3)
                                        tgccctc  putative PPT
     aaattataaatgagaa  TA-rich tract