1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...atccatagtacttttatctacaaaagaatacagagggctgtttttacaactctattgtttatgtatataacctattccttcccttctttttaacaaacagGGTGAAGCTAAGAGTGCCCAGTTGATTGGTCAAGCTATTGCCAATAATCCTGCGTTTATCACCTTAAGGAAAATTGAAGCTGCAAGGGAAATCGCTCAGA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA12G01850.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTGTAGAAAAAGCTGATCAAGACAAACAAAGTGCTGTTATTAGAGCTCAG GGTGAAGCTAAGAGTGCCCAGTTGATTGGTCAAGCTATCGCCAATAATCCTEST: gi|58014326|gb|CX701068.1|CX701068
genomic: TTGTAGAAAAAGCTGAACAAGACAAACAAAGTGCTGTTATTAGAGCTCAGgtaaaaatag ... taacaaacagGGTGAAGCTAAGAGTGCCCAGTTGATTGGTCAAGCTATTGCCAATAATCCT
EST: TTGTAGAAAAAGCTGAACAAGACAAACAAAGTGCTGTTATTAGAGCTCAG GGTGAAGCTAAGAGTGCCCAGTTGATTGGTCAAGCTATTGCCAATAATCCTEST: gi|6454694|gb|AW185377.1|AW185377
genomic: TTGTAGAAAAAGCTGAACAAGACAAACAAAGTGCTGTTATTAGAGCTCAGgtaaaaatag ... taacaaacagGGTGAAGCTAAGAGTGCCCAGTTGATTGGTCAAGCTATTGCCAATAATCCT
EST: TTGTAGAAAAAGCTGAACAAGACAAACAAAGTGCTGTTATTAGAGCTCAN GGTGAAGCTAAGAGTGCCCAGNTGATTGGTCAAGCTATTEST: gi|58017778|gb|CX704520.1|CX704520
genomic: TTGTAGAAAAAGCTGAACAAGACAAACAAAGTGCTGTTATTAGAGCTCAGgtaaaaatag ... taacaaacagGGTGAAGCTAAGAGTGCCCAGTTGATTGGTCAAGCTATT
EST: TTGTAGAAAAAGCTGAACAAGACAAACAAAGTGCTGTTATTAGAGCTCAG GGTGAAGCTAAGAGTGCCCAGTTGATTGGTCAAGCTATTGCCAATAATCCTEST: gi|22928087|gb|BU545226.1|BU545226
genomic: TTGTAGAAAAAGCTGAACAAGACAAACAAAGTGCTGTTATTAGAGCTCAGgtaaaaatag ... taacaaacagGGTGAAGCTAAGAGTGCCCAGTTGATTGGTCAAGCTATTGCCAATAATCCT
EST: NNGTAGAAAAAGCTGAACAAGACAAACAAAGTGCTGTTATTAGAGCTCAG GGTGAAGCTAAGAGTGCCCAGTTGATTGGTCAAGCTATTGCCAATAATCCT
genomic: TTGTAGAAAAAGCTGAACAAGACAAACAAAGTGCTGTTATTAGAGCTCAGgtaaaaatag ... taacaaacagGGTGAAGCTAAGAGTGCCCAGTTGATTGGTCAAGCTATTGCCAATAATCCT
acaactctattgtttatgtatataacctattccttcccttctttttaacaaacagGGTGAAGCTAAGAGTGCCCAGTTGATTGGTCAAGCTATTGCCAATAATCCTGCGTTTATCACCTTAAGGAAAATTGAAGCTGCAAGGGAAATCGCTCAGA
ttttaac putative branch site (score: 2)
taacctattccttccc CT-rich tract
tattgtttatgtatat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| atccatagtacttttatctacaaaagaatacagagggctgtttttacaactctattgtttatgtatataacctattccttcccttctttttaacaaacagGGTGAAGCTAAGAGTGCCCAGTTGATTGGTCAAGCTATTGCCAATAATCCTGCGTTTATCACCTTAAGGAAAATTGAAGCTGCAAGGGAAATCGCTCAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - -aaaagaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - gctgttt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - caactct