1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
gtacccattgcaatcgaatacgattactatgtacatagttcaagttgtgttgctactataacatatgcatagtaattgctatatatgttatgtagGACATCAAGTCAGAAGATTGGTCTCGCTTTGTTGCTCCCTTTTGGCCCGCAGTGATACGCTCCGCGTTGACATGGAATGGCCTCACTTCACTCTTGCGCA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA12G01680.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGTGCTCAGCTTCTGATTATGTCAAATTGCTCCAATCCCTGTCACTTCAG GACATCACGTCAGAAGATTGGTCTCGCTTTGTTGCTCCCTTTTGGGCCGCAEST: gi|151406224|gb|EV276039.1|EV276039
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EST: GGTGCTCAGCTTCTGATTATGTCAAATTGCTCCAATCCCTGTCACTTCAG ----TCA-G--A-A-GATTGGTCTCGCTTTGTTGCTCCCTTTTGGCCCGCAEST: gi|58023365|gb|CX710106.1|CX710106
genomic: GGTGCTCAGCTTCTGATTATGTCAAATTGCTCCAATCCCTGTCACTTCAGgtacccattg ... tgttatgtagGACATCAAGTCAGAAGATTGGTCTCGCTTTGTTGCTCCCTTTTGGCCCGCA
EST: GGTGCTCAGCTTCTGATTATGTCAAATTGCTCCAATCCCTGTCACTTCAG GACATCAAGTCAGAAGATTGGTCTCGCTTTGTTGCTCCCTTTTGGCCCGCAEST: gi|57575258|gb|CX548233.1|CX548233
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EST: GGTGCTCAGCTTCTGATTATGTCAAATTGCTCCAATCCCTGTCACTTCAG GACATCAAGTCAGAAGATTGGTCTCGCTTTGTTGCTCCCTTTTGGCCCGCAEST: gi|193380261|gb|FK348695.1|FK348695
genomic: GGTGCTCAGCTTCTGATTATGTCAAATTGCTCCAATCCCTGTCACTTCAGgtacccattg ... tgttatgtagGACATCAAGTCAGAAGATTGGTCTCGCTTTGTTGCTCCCTTTTGGCCCGCA
EST: GGTGCTCAGCTTCTGATTATGTCAAATTGCTCCAATCCCTGTCACTTCAG GACATCAAGTCAGAAGATTGGTCTCGCTTTGTTGCTCCCTTTTGGCCCGCAEST: gi|192319801|gb|FK013801.1|FK013801
genomic: GGTGCTCAGCTTCTGATTATGTCAAATTGCTCCAATCCCTGTCACTTCAGgtacccattg ... tgttatgtagGACATCAAGTCAGAAGATTGGTCTCGCTTTGTTGCTCCCTTTTGGCCCGCA
EST: GGTGCTCAGCTTCTGATTATGTCAAATTGCTCCAATCCCTGTCACTTCAG -ACATCAAGTCAGAAGATTGGTCTCGCTTTGTTGCTCCCTTTTGGCCCG
genomic: GGTGCTCAGCTTCTGATTATGTCAAATTGCTCCAATCCCTGTCACTTCAGgtacccattg ... tgttatgtagGACATCAAGTCAGAAGATTGGTCTCGCTTTGTTGCTCCCTTTTGGCCCG
caagttgtgttgctactataacatatgcatagtaattgctatatatgttatgtagGACATCAAGTCAGAAGATTGGTCTCGCTTTGTTGCTCCCTTTTGGCCCGCAGTGATACGCTCCGCGTTGACATGGAATGGCCTCACTTCACTCTTGCGCA
ctataac putative branch site (score: 3)
tatatatgttatgta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtacccattgcaatcgaatacgattactatgtacatagttcaagttgtgttgctactataacatatgcatagtaattgctatatatgttatgtagGACATCAAGTCAGAAGATTGGTCTCGCTTTGTTGCTCCCTTTTGGCCCGCAGTGATACGCTCCGCGTTGACATGGAATGGCCTCACTTCACTCTTGCGCA
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