1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...gttgcagcgtaggtgccctaacatgttcatttgttccccaacatgcaagtttctattttgttaggtttacttccgtccttttccttaattcttgaatcagATAAATACCATGCTTGGGTTAATGCTGAATTCTTATTGGAAAAATGCTTTGTGGGTACCTTAGATGAAGGTCAGTGAAGATTTCATTCTAATAATGCATA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA12G01150.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U12 (go to U12 genes for details) |
EST: TGTTGATATGTTGATGAAGGCGGTGGGAAAAGATTGCACATCTTTATTCA ATAAATACCATGCTTGGGTTAATGCTGAATTCTTATTGGAAAAATGCTTTGEST: gi|22929655|gb|BU546794.1|BU546794
genomic: TGTTGATATGTTGATGAAGGCGGTGGGAAAAGATTGCACATCTTTATTCAgtatcccttt ... cttgaatcagATAAATACCATGCTTGGGTTAATGCTGAATTCTTATTGGAAAAATGCTTTG
EST: TGTTGATATGTTGATGAAGGCGGTGGGAAAAGATTGCACATCTTTATTCA ATAAATACCATGCTTGGGTTAATGCTGAATTCTTATTGGAAAAATGCTTTGEST: gi|197661920|gb|FD480288.1|FD480288
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EST: TGTTGATATGTTGATGAAGGCGGTGGGAAAAGATTGCACATCTTTATTCA ATAAATACCATGCTTGGGTTAATGCTGAATTCTTATTGGAAAAATGCTTTGEST: gi|192299958|gb|FG992156.1|FG992156
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EST: TGTTGATATGTTGATGAAGGCGGTGGGAAAAGATTGCACATCTTTATTCA ATAAATACCATGCTTGGGTTAATGCTGAATTCTTATTGGAAAAATGCTTTGEST: gi|192317905|gb|FK010211.1|FK010211
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genomic: TGTTGATATGTTGATGAAGGCGGTGGGAAAAGATTGCACATCTTTATTCAgtatcccttt ... cttgaatcagATAAATACCATGCTTGGGTTAATGCTGAATTCTTATTGGAAAAATGCTTTG
EST: TGTTGATATGTTGATGAAGGCGGTGGGAAAAGATTGCACATCTTTATTCA ATAAATACCATGCTTGGGTTAATGCTGAATTCTTATTGGAAAAATGCTTTG
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caagtttctattttgttaggtttacttccgtccttttccttaattcttgaatcagATAAATACCATGCTTGGGTTAATGCTGAATTCTTATTGGAAAAATGCTTTGTGGGTACCTTAGATGAAGGTCAGTGAAGATTTCATTCTAATAATGCATA
ttccttaat putative branch site
tttacttccgtccttt CT-rich tract
tattttgtta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gttgcagcgtaggtgccctaacatgttcatttgttccccaacatgcaagtttctattttgttaggtttacttccgtccttttccttaattcttgaatcagATAAATACCATGCTTGGGTTAATGCTGAATTCTTATTGGAAAAATGCTTTGTGGGTACCTTAGATGAAGGTCAGTGAAGATTTCATTCTAATAATGCATA
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