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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tgtttatttggtactgcactttagttttactggtttctgaataactttcaggctgtttcttttacttctttacatgtctttcatcttttttcttttgtagTTTTTCAAGTGGAGGTGAAGATGGTTATGTACGGTTGCACCACTTCGACCCAGATTATTTCAACATCAAAATATAGTGCCTGATGGTTTGTGGTTAAAAT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA12G00510.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|207748191|gb|GD721778.1|GD721778
EST:     GGCCACTTTGGACCAATTAATGCATTGGCTTTTAACCCTGATGGAAAAAG                         TTTTTCAAGTGGAGGTGAAGATGGTTATGTACGGTTGCACCACTTCGACCC
genomic: GGCCATTTTGGACCAATTAATGCATTGGCTTTTAACCCTGATGGAAAAAGgtgtattcac ... tcttttgtagTTTTTCAAGTGGAGGTGAAGATGGTTATGTACGGTTGCACCACTTCGACCC
EST: gi|208251911|gb|GE045070.1|GE045070
EST:     GGCCACTTTGGACCAATTAATGCATTGGCTTTTAACCCTGATGGAAAAAG                         TTTTTCAAGTGGAGGTGAAGATGGTTATGTACGGTTGCACCACTTCGACCC
genomic: GGCCATTTTGGACCAATTAATGCATTGGCTTTTAACCCTGATGGAAAAAGgtgtattcac ... tcttttgtagTTTTTCAAGTGGAGGTGAAGATGGTTATGTACGGTTGCACCACTTCGACCC
EST: gi|9203630|gb|BE329854.1|BE329854
EST:     GGCCATTTTGGACCAATTAATGCATTGGCTTTTAACCCTGATGGAAAAAG                         TTTTTCAAGTGGAGGTGAAGATGGTTATGTACGGTTGCACCACTTCGACCC
genomic: GGCCATTTTGGACCAATTAATGCATTGGCTTTTAACCCTGATGGAAAAAGgtgtattcac ... tcttttgtagTTTTTCAAGTGGAGGTGAAGATGGTTATGTACGGTTGCACCACTTCGACCC
EST: gi|193654963|gb|FK599585.1|FK599585
EST:     GGCCATTTTGGACCAATTAATGCATTGGCTTTTAACCCTGATGGAAAAAG                         TTTTTCAAGTGGAGGTGAAGATGGTTATGTACGGTTGCACCACTTCGACCC
genomic: GGCCATTTTGGACCAATTAATGCATTGGCTTTTAACCCTGATGGAAAAAGgtgtattcac ... tcttttgtagTTTTTCAAGTGGAGGTGAAGATGGTTATGTACGGTTGCACCACTTCGACCC
EST: gi|207835942|gb|GD806023.1|GD806023
EST:     GGCCACTTTGGACCAATTAATGCATTGGCTTTTAACCCTGATGGAAAAAG                         TTTTTCAAGTGGAGGTGAAGATGGTTATGTACGGTCGCACCACTTCGACCC
genomic: GGCCATTTTGGACCAATTAATGCATTGGCTTTTAACCCTGATGGAAAAAGgtgtattcac ... tcttttgtagTTTTTCAAGTGGAGGTGAAGATGGTTATGTACGGTTGCACCACTTCGACCC
EST: gi|105633761|gb|DW247124.1|DW247124
EST:     GGCCATTTTGGACCAATTAATGCATTGGCTTTTAACCCTGATGGAAAAAG                         TTTTTCAAGTGGAGGTGAAGATGGTTATGT
genomic: GGCCATTTTGGACCAATTAATGCATTGGCTTTTAACCCTGATGGAAAAAGgtgtattcac ... tcttttgtagTTTTTCAAGTGGAGGTGAAGATGGTTATGT
EST: gi|193551652|gb|FK508521.1|FK508521
EST:     GGCCACTTCGGACCAATTAATGCATTGGCTTTTAACCCTGATGGAAAAAG                         TTTTTCAAGTGGAGGTGAAGATGGTTATGTACGGTTGCACCACTTCGACCC
genomic: GGCCATTTTGGACCAATTAATGCATTGGCTTTTAACCCTGATGGAAAAAGgtgtattcac ... tcttttgtagTTTTTCAAGTGGAGGTGAAGATGGTTATGTACGGTTGCACCACTTCGACCC
EST: gi|193439736|gb|FK407605.1|FK407605
EST:     GGCCACTTTGGACCAATTAATGCATTGGCTTTTAACCCTGATGGAAAAAG                         TTTTTCAAGTGGAGGTGAAGATGG
genomic: GGCCATTTTGGACCAATTAATGCATTGGCTTTTAACCCTGATGGAAAAAGgtgtattcac ... tcttttgtagTTTTTCAAGTGGAGGTGAAGATGG
EST: gi|207809184|gb|GD781818.1|GD781818
EST:     GGCCACTTTGGACCAATTAATGCATTGGCTTTTAACCCTGATGGAAAAAG                         TTTTTCAAGTGGAGGTGAAGATGGTTATGTACGGTTGCACCACTTCGACCC
genomic: GGCCATTTTGGACCAATTAATGCATTGGCTTTTAACCCTGATGGAAAAAGgtgtattcac ... tcttttgtagTTTTTCAAGTGGAGGTGAAGATGGTTATGTACGGTTGCACCACTTCGACCC
EST: gi|193464097|gb|FK427909.1|FK427909
EST:     GGCCACTTTGGACCAATTAATGCATTGGCTTTTAACCCTGATGGAAAAAG                         TTTTTCAAGTGGAGGTGAAGATGGTTATGTACGGTTGCACCACTTCGACCC
genomic: GGCCATTTTGGACCAATTAATGCATTGGCTTTTAACCCTGATGGAAAAAGgtgtattcac ... tcttttgtagTTTTTCAAGTGGAGGTGAAGATGGTTATGTACGGTTGCACCACTTCGACCC
EST: gi|192308991|gb|FK001767.1|FK001767
EST:     GGCCATTTTGGACCAATTAATGCATTGGCTTTTAACCCTGATGGAAAAAG                         TTTTTCAAGTGGAGGTGAAGATGGTTATGTACGGTTGCACCACTTCGACCC
genomic: GGCCATTTTGGACCAATTAATGCATTGGCTTTTAACCCTGATGGAAAAAGgtgtattcac ... tcttttgtagTTTTTCAAGTGGAGGTGAAGATGGTTATGTACGGTTGCACCACTTCGACCC
EST: gi|209727428|gb|BW663714.1|BW663714
EST:     GGCCATTTTGGACCAATTAATGCATTGGCTTTTAACCCTGATGGAAAAAG                         TTTTTCAAGTGGAGGTCAAGATGGTTATGTACGGTTGCACCACTTCGACCC
genomic: GGCCATTTTGGACCAATTAATGCATTGGCTTTTAACCCTGATGGAAAAAGgtgtattcac ... tcttttgtagTTTTTCAAGTGGAGGTGAAGATGGTTATGTACGGTTGCACCACTTCGACCC
EST: gi|193474582|gb|FK439277.1|FK439277
EST:     GGCCACTTTGGACCAATTAATGCATTGGCTTTTAACCCTGATGG-AAAAG                         TTTTTCAAGTGGAGGTGAAGATGGTTATGTACGGTTGCACCACTTCGACCC
genomic: GGCCATTTTGGACCAATTAATGCATTGGCTTTTAACCCTGATGGAAAAAGgtgtattcac ... tcttttgtagTTTTTCAAGTGGAGGTGAAGATGGTTATGTACGGTTGCACCACTTCGACCC
EST: gi|208147091|gb|GD949322.1|GD949322
EST:     GGCCATTTTGGATCAATTAATGCATTGGCTTTTAACCCTGATGGAAAAAG                         TTTTTCAAGTGGAGGTGAAGATGGTTATGTACGGTTGCACCACTTCGACCC
genomic: GGCCATTTTGGACCAATTAATGCATTGGCTTTTAACCCTGATGGAAAAAGgtgtattcac ... tcttttgtagTTTTTCAAGTGGAGGTGAAGATGGTTATGTACGGTTGCACCACTTCGACCC
EST: gi|193545569|gb|FK502662.1|FK502662
EST:     GGCCACTTTGGACCAATTAATGCATTGGCTTTTAACCCTGATGGAAAAAG                         TTTTTCAAGTGGAGGTGAAGATGGTTATGTACGGTTGCACCACTTCGACCC
genomic: GGCCATTTTGGACCAATTAATGCATTGGCTTTTAACCCTGATGGAAAAAGgtgtattcac ... tcttttgtagTTTTTCAAGTGGAGGTGAAGATGGTTATGTACGGTTGCACCACTTCGACCC
EST: gi|208259030|gb|GE055421.1|GE055421
EST:     GGCCACTTTGGACCAATTAATGCATTGGCTTTTAACCCTGATGGAAAAAG                         TTTTTCAAGTGGAGGTGAAGATGGTTATGTACGGTTGCACCACTTCGACCC
genomic: GGCCATTTTGGACCAATTAATGCATTGGCTTTTAACCCTGATGGAAAAAGgtgtattcac ... tcttttgtagTTTTTCAAGTGGAGGTGAAGATGGTTATGTACGGTTGCACCACTTCGACCC
EST: gi|208309163|gb|GE106749.1|GE106749
EST:     GGCCACTTTGGACCAATTAATGCATTGGCTTTTAACCCTGATGGAAAAAG                         TTTTTCAAGTGGAGGTGAAGATGGTTATGTACGGTTGCACCACTTCGACCC
genomic: GGCCATTTTGGACCAATTAATGCATTGGCTTTTAACCCTGATGGAAAAAGgtgtattcac ... tcttttgtagTTTTTCAAGTGGAGGTGAAGATGGTTATGTACGGTTGCACCACTTCGACCC
EST: gi|192329075|gb|FK021428.1|FK021428
EST:     GGCCATTTTGGACCAATTAATGCATTGGCTTTTAACCCTGATGGAAAAAG                         TTTTTCAAGTGGAGGTGAAGATGGTTATGTACGGTTGCACCACTTCCACCC
genomic: GGCCATTTTGGACCAATTAATGCATTGGCTTTTAACCCTGATGGAAAAAGgtgtattcac ... tcttttgtagTTTTTCAAGTGGAGGTGAAGATGGTTATGTACGGTTGCACCACTTCGACCC
EST: gi|208155999|gb|GD954517.1|GD954517
EST:     GGCCATTTTGGACCAATTAATGCATTGGCTTTTAACCCTGATGGAAAAAG                         TTTTTCAAGTGGAGGTGAAGATGGTTATGTACGGTTGCACCACTTCGACCC
genomic: GGCCATTTTGGACCAATTAATGCATTGGCTTTTAACCCTGATGGAAAAAGgtgtattcac ... tcttttgtagTTTTTCAAGTGGAGGTGAAGATGGTTATGTACGGTTGCACCACTTCGACCC
EST: gi|207805444|gb|GD776890.1|GD776890
EST:     GGCCACTTTGGACCAATTAATGCATTGGCTTTTAACCCTGATGGAAAAAG                         TTTTTCAAGTGGAGGTGAAGATGGTTATGTACGGTTGCACCACTTCGACCC
genomic: GGCCATTTTGGACCAATTAATGCATTGGCTTTTAACCCTGATGGAAAAAGgtgtattcac ... tcttttgtagTTTTTCAAGTGGAGGTGAAGATGGTTATGTACGGTTGCACCACTTCGACCC
EST: gi|193482531|gb|FK446538.1|FK446538
EST:     GGCCACTTTGGACCAATTAATGCATTGGCTTTTAACCCTGATGGAAAAAG                         TTTTTCAAGTGGAGGTGAAGATGGTTATGTACGGTTGCACCACTTCGACCC
genomic: GGCCATTTTGGACCAATTAATGCATTGGCTTTTAACCCTGATGGAAAAAGgtgtattcac ... tcttttgtagTTTTTCAAGTGGAGGTGAAGATGGTTATGTACGGTTGCACCACTTCGACCC
EST: gi|207749721|gb|GD718101.1|GD718101
EST:     GGCCACTTTGGACCAATTAATGCATTGGCTTTTAACCCTGATGGAAAAAG                         TTTTTCAAGTGGAGGTGAAGATGGTTATGTACGGTTGCACCACTTCGACCC
genomic: GGCCATTTTGGACCAATTAATGCATTGGCTTTTAACCCTGATGGAAAAAGgtgtattcac ... tcttttgtagTTTTTCAAGTGGAGGTGAAGATGGTTATGTACGGTTGCACCACTTCGACCC
EST: gi|193630705|gb|FK585028.1|FK585028
EST:     GGCCACTTTGGACCAATTAATGCATTGGCTTTTAACCCTGATGGAAAAAG                         TTTTTCAAGTGGAGGTGAAGATGGTTATGTACGGTTGCAC
genomic: GGCCATTTTGGACCAATTAATGCATTGGCTTTTAACCCTGATGGAAAAAGgtgtattcac ... tcttttgtagTTTTTCAAGTGGAGGTGAAGATGGTTATGTACGGTTGCAC
EST: gi|193672666|gb|FK615984.1|FK615984
EST:     GGCCACTTTGGACCAATTAATGCATTGGCTTTTAACCCTGATGGAAAAAG                         TTTTTCAAGTGGAGGTGAAGATGGTTATGTACGGTTGCACCACTTCGACCC
genomic: GGCCATTTTGGACCAATTAATGCATTGGCTTTTAACCCTGATGGAAAAAGgtgtattcac ... tcttttgtagTTTTTCAAGTGGAGGTGAAGATGGTTATGTACGGTTGCACCACTTCGACCC
EST: gi|193495670|gb|FK459412.1|FK459412
EST:     GGCCACTTTGGACCAATTAATGCATTGGCTTTTAACCCTGATGGAAAAAG                         TTTTTCAAGTGGAGGTGAAGATGGTTATGTACGGTTGCACCACTTCGACCC
genomic: GGCCATTTTGGACCAATTAATGCATTGGCTTTTAACCCTGATGGAAAAAGgtgtattcac ... tcttttgtagTTTTTCAAGTGGAGGTGAAGATGGTTATGTACGGTTGCACCACTTCGACCC
EST: gi|193698998|gb|FK635477.1|FK635477
EST:     GGCCACTTTGGACCAATTAATGCATTGGCTTTTAACCCTGATGGAAAAAG                         TTTTTCAAGTGGAGGTGAAGATGGTTATGTACGGTTGCACCACTTCGACCC
genomic: GGCCATTTTGGACCAATTAATGCATTGGCTTTTAACCCTGATGGAAAAAGgtgtattcac ... tcttttgtagTTTTTCAAGTGGAGGTGAAGATGGTTATGTACGGTTGCACCACTTCGACCC
EST: gi|208057887|gb|GD856448.1|GD856448
EST:     TAACCCTGATGGAAAAAG                         T
genomic: TAACCCTGATGGAAAAAGgtgtattcac ... tcttttgtag-
EST: gi|208057887|gb|GD856448.1|GD856448
EST:     TAACCCTGATGGAAAAAG                         T
genomic: TAACCCTGATGGAAAAAGgtgtattcac ... tcttttgtag-
EST: gi|22525375|gb|BU084186.1|BU084186
EST:     GGCCATTTTGGACCAATTAATGCATTGGCTTTTAACCCTGATGGAAAAAG                         TTTTTCAAGTGGAGGTGAAGATGGTTATGTACGGTTGCACCACTTCGACCC
genomic: GGCCATTTTGGACCAATTAATGCATTGGCTTTTAACCCTGATGGAAAAAGgtgtattcac ... tcttttgtagTTTTTCAAGTGGAGGTGAAGATGGTTATGTACGGTTGCACCACTTCGACCC
EST: gi|208286661|gb|GE085235.1|GE085235
EST:     GGCCATTTTGGACCAATTAATGCATTGGCTTTTAACCCTGATGGAAAAAG                         TTTTTCAAGTGGAGGTGAAGATGGTTATGTACGGTTGCACCACTTCGACCC
genomic: GGCCATTTTGGACCAATTAATGCATTGGCTTTTAACCCTGATGGAAAAAGgtgtattcac ... tcttttgtagTTTTTCAAGTGGAGGTGAAGATGGTTATGTACGGTTGCACCACTTCGACCC
EST: gi|193556002|gb|FK515621.1|FK515621
EST:     GGCCACTTTGGACCAATTAATGCATTGGCTTTTAACCCTGATGGAAAAAG                         TTTTTCAAGTGGAGGTGAAGATGGTTATGTACGGTTGCACCACTTCGACCC
genomic: GGCCATTTTGGACCAATTAATGCATTGGCTTTTAACCCTGATGGAAAAAGgtgtattcac ... tcttttgtagTTTTTCAAGTGGAGGTGAAGATGGTTATGTACGGTTGCACCACTTCGACCC
EST: gi|193641864|gb|FK591108.1|FK591108
EST:     GGCCACTTTGGACCAATTAATGCATTGGCTTTTAACCCTGATGGAAAAAG                         TTTTTCAAGTGGAGGTGAAGATGGTTATGTACGGTTGCACCACTTCGACCC
genomic: GGCCATTTTGGACCAATTAATGCATTGGCTTTTAACCCTGATGGAAAAAGgtgtattcac ... tcttttgtagTTTTTCAAGTGGAGGTGAAGATGGTTATGTACGGTTGCACCACTTCGACCC
EST: gi|207727419|gb|GD705825.1|GD705825
EST:     GGCCACTTTGGACCAATTAATGCATTGGCTTTTAACCCTGATGGAAAAAG                         TTTTTCAAGTGGAGGTGAAGATGGTTATGTACGGTTGCACCACTTCGACCC
genomic: GGCCATTTTGGACCAATTAATGCATTGGCTTTTAACCCTGATGGAAAAAGgtgtattcac ... tcttttgtagTTTTTCAAGTGGAGGTGAAGATGGTTATGTACGGTTGCACCACTTCGACCC
EST: gi|22928110|gb|BU545249.1|BU545249
EST:     GGCCATTTTGGACCAATTAATGCATTGGCTTTTAACNCTGATGGAAAAAG                         TTTTTCAAGTGGAGGTGAAGATGGTTATGTACGGTTGCACCACTTCGACCC
genomic: GGCCATTTTGGACCAATTAATGCATTGGCTTTTAACCCTGATGGAAAAAGgtgtattcac ... tcttttgtagTTTTTCAAGTGGAGGTGAAGATGGTTATGTACGGTTGCACCACTTCGACCC
EST: gi|208137112|gb|GD935886.1|GD935886
EST:     GGCCACTTTGGACCAATTAATGCATTGGCTTTTAACCCTGATGGAAAAAG                         -TTTTCAAGTGGAGGTGAAGATGGTTATGTACGGTTGCACCACTTCGACCC
genomic: GGCCATTTTGGACCAATTAATGCATTGGCTTTTAACCCTGATGGAAAAAGgtgtattcac ... tcttttgtagTTTTTCAAGTGGAGGTGAAGATGGTTATGTACGGTTGCACCACTTCGACCC
EST: gi|207795025|gb|GD765364.1|GD765364
EST:     GGCCACTTTGGACCAATTAATGCATTGGCTTTTAACCCTGATGGAAAAAG                         TTTTTCAAGTGGAGGTGAAGATGGTTATGTACGGTTGCACCACTTCGACCC
genomic: GGCCATTTTGGACCAATTAATGCATTGGCTTTTAACCCTGATGGAAAAAGgtgtattcac ... tcttttgtagTTTTTCAAGTGGAGGTGAAGATGGTTATGTACGGTTGCACCACTTCGACCC
EST: gi|208274939|gb|GE068501.1|GE068501
EST:     GGCCACTTTGGACCAATTAATACATTGGCTTTTAACCCTGATGGAAAAAG                         TTTTTCAAGTGGAGGTGAAGATGGTTATGTACGGTTGCACCACTTCGACCC
genomic: GGCCATTTTGGACCAATTAATGCATTGGCTTTTAACCCTGATGGAAAAAGgtgtattcac ... tcttttgtagTTTTTCAAGTGGAGGTGAAGATGGTTATGTACGGTTGCACCACTTCGACCC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttcaggctgtttcttttacttctttacatgtctttcatcttttttcttttgtagTTTTTCAAGTGGAGGTGAAGATGGTTATGTACGGTTGCACCACTTCGACCCAGATTATTTCAACATCAAAATATAGTGCCTGATGGTTTGTGGTTAAAAT
          tttcttttacttcttt  CT-rich tract
                                     atcttttttctttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tgtttatttggtactgcactttagttttactggtttctgaataactttcaggctgtttcttttacttctttacatgtctttcatcttttttcttttgtagTTTTTCAAGTGGAGGTGAAGATGGTTATGTACGGTTGCACCACTTCGACCCAGATTATTTCAACATCAAAATATAGTGCCTGATGGTTTGTGGTTAAAAT

- - - - - - - tgcactt
- - - - - - - - - - - - - - - - gtttctg