Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtgtcctgtatatgcatttgatttgatttttcatatgattattttaagtcaactttctaagtaataaaacttttgattgctttaacacagGTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAATCAAGCACAGAAGCAAAGGCGTCGTACCTACAGAGCTCATGGAAGAATCA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA11G37160.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|209723027|gb|BW668873.1|BW668873
EST:     CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAG                         GTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
genomic: CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAGgtatgtgtcc ... tttaacacagGTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
EST: gi|192334008|gb|FK024821.1|FK024821
EST:     CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAG                         GTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
genomic: CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAGgtatgtgtcc ... tttaacacagGTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
EST: gi|209723028|gb|BW668874.1|BW668874
EST:     CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAG                         GTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
genomic: CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAGgtatgtgtcc ... tttaacacagGTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
EST: gi|209707520|gb|BW664979.1|BW664979
EST:     CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAG                         GTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAG
genomic: CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAGgtatgtgtcc ... tttaacacagGTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAG
EST: gi|214009864|gb|DB990363.1|DB990363
EST:     TGAGAGTAATGCTGAG                         GTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
genomic: TGAGAGTAATGCTGAGgtatgtgtcc ... tttaacacagGTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
EST: gi|214004051|gb|DB984957.1|DB984957
EST:     CAGCTAAGTTCATCCTCGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAG                         GTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
genomic: CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAGgtatgtgtcc ... tttaacacagGTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
EST: gi|58018377|gb|CX705119.1|CX705119
EST:     CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAG                         GTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
genomic: CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAGgtatgtgtcc ... tttaacacagGTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
EST: gi|209707521|gb|BW664980.1|BW664980
EST:     CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAG                         GTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
genomic: CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAGgtatgtgtcc ... tttaacacagGTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
EST: gi|192299836|gb|FG990073.1|FG990073
EST:     CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAG                         GTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
genomic: CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAGgtatgtgtcc ... tttaacacagGTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
EST: gi|15285877|gb|BI469768.1|BI469768
EST:     CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAG                         GTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
genomic: CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAGgtatgtgtcc ... tttaacacagGTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
EST: gi|31463467|gb|CD405495.1|CD405495
EST:     CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAG                         GTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
genomic: CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAGgtatgtgtcc ... tttaacacagGTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
EST: gi|9564167|gb|BE473676.1|BE473676
EST:     CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAG                         GTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
genomic: CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAGgtatgtgtcc ... tttaacacagGTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
EST: gi|57575590|gb|CX548565.1|CX548565
EST:     CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAG                         GTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
genomic: CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAGgtatgtgtcc ... tttaacacagGTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
EST: gi|214007657|gb|DB987416.1|DB987416
EST:     CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAG                         GTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
genomic: CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAGgtatgtgtcc ... tttaacacagGTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
EST: gi|209709086|gb|BW658802.1|BW658802
EST:     CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAG                         GTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
genomic: CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAGgtatgtgtcc ... tttaacacagGTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
EST: gi|213620278|gb|DB961423.1|DB961423
EST:     CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAG                         GTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
genomic: CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAGgtatgtgtcc ... tttaacacagGTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
EST: gi|214007728|gb|DB986094.1|DB986094
EST:     CAGCTAAGTTCAACCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAG                         GTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
genomic: CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAGgtatgtgtcc ... tttaacacagGTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
EST: gi|192334007|gb|FK024820.1|FK024820
EST:     CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAG                         GTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
genomic: CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAGgtatgtgtcc ... tttaacacagGTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
EST: gi|58021552|gb|CX708293.1|CX708293
EST:     CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAG                         GTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
genomic: CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAGgtatgtgtcc ... tttaacacagGTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
EST: gi|213618470|gb|DB967707.1|DB967707
EST:     CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAG                         GTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
genomic: CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAGgtatgtgtcc ... tttaacacagGTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
EST: gi|213593183|gb|DB983415.1|DB983415
EST:     CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAG                         GTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
genomic: CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAGgtatgtgtcc ... tttaacacagGTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
EST: gi|213602730|gb|DB968928.1|DB968928
EST:     CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAG                         GTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
genomic: CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAGgtatgtgtcc ... tttaacacagGTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
EST: gi|192294589|gb|FG986438.1|FG986438
EST:     CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAG                         TTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
genomic: CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAGgtatgtgtcc ... tttaacacagGTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
EST: gi|192315909|gb|FK007070.1|FK007070
EST:     CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAG                         GTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATATCCAGGTTAAT
genomic: CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAGgtatgtgtcc ... tttaacacagGTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
EST: gi|209728279|gb|BW658491.1|BW658491
EST:     CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAG                         GTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
genomic: CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAGgtatgtgtcc ... tttaacacagGTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
EST: gi|10843191|gb|BF066504.1|BF066504
EST:     CAGCTAAGTTCATCCTATATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAG                         GTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
genomic: CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAGgtatgtgtcc ... tttaacacagGTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
EST: gi|192330296|gb|FK019861.1|FK019861
EST:     CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAG                         GTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
genomic: CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAGgtatgtgtcc ... tttaacacagGTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
EST: gi|209709087|gb|BW658803.1|BW658803
EST:     CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAG                         GTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
genomic: CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAGgtatgtgtcc ... tttaacacagGTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
EST: gi|18718319|gb|BM523049.1|BM523049
EST:     CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAG                         GTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
genomic: CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAGgtatgtgtcc ... tttaacacagGTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
EST: gi|213605006|gb|DB982312.1|DB982312
EST:     CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAG                         GTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
genomic: CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAGgtatgtgtcc ... tttaacacagGTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
EST: gi|209696456|gb|BW655663.1|BW655663
EST:     CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAG                         GTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
genomic: CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAGgtatgtgtcc ... tttaacacagGTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
EST: gi|298163726|gb|HO012459.1|HO012459
EST:     CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCCGAGAGTAATGCTGAG                         GTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
genomic: CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAGgtatgtgtcc ... tttaacacagGTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
EST: gi|192300828|gb|FG989725.1|FG989725
EST:     CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAG                         GTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
genomic: CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAGgtatgtgtcc ... tttaacacagGTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
EST: gi|298191987|gb|HO036069.1|HO036069
EST:     CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCCGAGAGTAATGCTGAG                         GTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
genomic: CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAGgtatgtgtcc ... tttaacacagGTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
EST: gi|192304747|gb|FG998777.1|FG998777
EST:     CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAG                         GTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
genomic: CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAGgtatgtgtcc ... tttaacacagGTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
EST: gi|209697266|gb|BW675477.1|BW675477
EST:     CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAG                         GTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
genomic: CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAGgtatgtgtcc ... tttaacacagGTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
EST: gi|26059831|gb|CA802745.1|CA802745
EST:     CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAG                         GTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
genomic: CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAGgtatgtgtcc ... tttaacacagGTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
EST: gi|213592920|gb|DB966025.1|DB966025
EST:     CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAG                         GTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
genomic: CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAGgtatgtgtcc ... tttaacacagGTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
EST: gi|213613516|gb|DB978621.1|DB978621
EST:     CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAG                         GTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
genomic: CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAGgtatgtgtcc ... tttaacacagGTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
EST: gi|58016113|gb|CX702855.1|CX702855
EST:     CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAG                         GTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
genomic: CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAGgtatgtgtcc ... tttaacacagGTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
EST: gi|213603275|gb|DB970394.1|DB970394
EST:     CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAG                         GTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
genomic: CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAGgtatgtgtcc ... tttaacacagGTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
EST: gi|213598906|gb|DB971934.1|DB971934
EST:     CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAG                         GTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
genomic: CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAGgtatgtgtcc ... tttaacacagGTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
EST: gi|192304746|gb|FG998776.1|FG998776
EST:     CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAG                         GTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
genomic: CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAGgtatgtgtcc ... tttaacacagGTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
EST: gi|14991547|gb|BI317220.1|BI317220
EST:     CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCCGAGAGTAATGCTGAG                         GTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
genomic: CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAGgtatgtgtcc ... tttaacacagGTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
EST: gi|24205425|gb|BU964678.1|BU964678
EST:     CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAG                         GTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
genomic: CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAGgtatgtgtcc ... tttaacacagGTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
EST: gi|209701081|gb|BW652167.1|BW652167
EST:     CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGGGAGTAATGCTGAG                         GTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
genomic: CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAGgtatgtgtcc ... tttaacacagGTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
EST: gi|209697265|gb|BW675476.1|BW675476
EST:     CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAG                         GTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
genomic: CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAGgtatgtgtcc ... tttaacacagGTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
EST: gi|192315910|gb|FK007071.1|FK007071
EST:     CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAG                         GTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATATCCAGGTTAAT
genomic: CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAGgtatgtgtcc ... tttaacacagGTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
EST: gi|213593378|gb|DB973571.1|DB973571
EST:     CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAG                         GTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
genomic: CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAGgtatgtgtcc ... tttaacacagGTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
EST: gi|213591076|gb|DB979323.1|DB979323
EST:     CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAG                         GTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
genomic: CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAGgtatgtgtcc ... tttaacacagGTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
EST: gi|151403328|gb|EV273138.1|EV273138
EST:     CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAG                         GTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCCAGGTTAA
genomic: CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAGgtatgtgtcc ... tttaacacagGTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCC-AGGTTAA
EST: gi|151407792|gb|EV277607.1|EV277607
EST:     CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAG                         GTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
genomic: CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAGgtatgtgtcc ... tttaacacagGTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
EST: gi|214007626|gb|DB987399.1|DB987399
EST:     CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAG                         GTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
genomic: CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAGgtatgtgtcc ... tttaacacagGTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
EST: gi|7685510|gb|AW756158.1|AW756158
EST:     CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAG                         GTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTACCATGTCCAGGTTAAT
genomic: CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAGgtatgtgtcc ... tttaacacagGTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
EST: gi|213611894|gb|DB964814.1|DB964814
EST:     CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAG                         GTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
genomic: CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAGgtatgtgtcc ... tttaacacagGTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
EST: gi|58014186|gb|CX700928.1|CX700928
EST:     CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAG                         GTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
genomic: CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAGgtatgtgtcc ... tttaacacagGTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
EST: gi|213599443|gb|DB970377.1|DB970377
EST:     CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAG                         GTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT
genomic: CAGCTAAGTTCATCCTAGATTTGCTGAAGAACGCTGAGAGTAATGCTGAGgtatgtgtcc ... tttaacacagGTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgattattttaagtcaactttctaagtaataaaacttttgattgctttaacacagGTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAATCAAGCACAGAAGCAAAGGCGTCGTACCTACAGAGCTCATGGAAGAATCA
                                            ctttaac  putative branch site (score: 3)
                                         ttgcttt  CT-rich tract
                  tttctaagtaataaaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgtgtcctgtatatgcatttgatttgatttttcatatgattattttaagtcaactttctaagtaataaaacttttgattgctttaacacagGTAAAAGGTTTGGATGTCGATGCTCTGTACATTTCCCATGTCCAGGTTAATCAAGCACAGAAGCAAAGGCGTCGTACCTACAGAGCTCATGGAAGAATCA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCTCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA