Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...taactcttgcttctgtaattttctgttttactcttttttttttttagctttgctcctgttgtagttaatatttactttattgattgtgtattctttacagGTGGGATATATGGAATGCCCCAACTGTTGGATCGGTATGGCCTGGGCATCCCTATCGGACCTGGGACAATG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA11G36990.2
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|254316561|gb|GR828098.1|GR828098
EST:     GCATTTATCTGGACCAACACCCTACACAGGTGGACCAGTGATTGGAAATG                         GTGGGATATATGGAATGCCCCAACTGTTGGATCGGTATGGCCTGGGCATCC
genomic: GCATTTATCTGGACCAACACCCTACACAGGTGGACCAGTGATTGGAAATGgtatgttcta ... ttctttacagGTGGGATATATGGAATGCCCCAACTGTTGGATCGGTATGGCCTGGGCATCC
EST: gi|9899202|gb|BE608100.1|BE608100
EST:     GCATTTATCTGGACCAACACCCTACACAGGTGGACCAGTGATTGGAAATG                         GTGGGATATATGGAATGCCCCAACTGTTGGATCGGTATGGGCTGGGCATCC
genomic: GCATTTATCTGGACCAACACCCTACACAGGTGGACCAGTGATTGGAAATGgtatgttcta ... ttctttacagGTGGGATATATGGAATGCCCCAACTGTTGGATCGGTATGGCCTGGGCATCC
EST: gi|13563438|gb|BG551584.1|BG551584
EST:     GCATTTATCTGGACCAACACCCTACACAGGTGGACCAGTGATTGGAAATG                         GTGGGATATATGGAATGCCCCAACTGTTGGATCGGTATGGCCTGGGCATCC
genomic: GCATTTATCTGGACCAACACCCTACACAGGTGGACCAGTGATTGGAAATGgtatgttcta ... ttctttacagGTGGGATATATGGAATGCCCCAACTGTTGGATCGGTATGGCCTGGGCATCC
EST: gi|192328242|gb|FK020461.1|FK020461
EST:     GCATTTATCTGGACCAACACCCTACACAGGTGGACCAGTGATTGGAAATG                         GTGGGATATATGGAATGCCCCAACTGTTGGATCGGTATGGCCTGGGCATCC
genomic: GCATTTATCTGGACCAACACCCTACACAGGTGGACCAGTGATTGGAAATGgtatgttcta ... ttctttacagGTGGGATATATGGAATGCCCCAACTGTTGGATCGGTATGGCCTGGGCATCC
EST: gi|14011543|gb|BG726465.1|BG726465
EST:     ATTTATCATGGACCAACACCCTACACAGGTGGACCAGTAGATTGGAAATG                         GTGGGATATATGGAATGCCCCAACTGTTGGATCGGTATGGCCTGGGCATCC
genomic: ATTTATC-TGGACCAACACCCTACACAGGTGGACCAGT-GATTGGAAATGgtatgttcta ... ttctttacagGTGGGATATATGGAATGCCCCAACTGTTGGATCGGTATGGCCTGGGCATCC
EST: gi|254331208|gb|GR845787.1|GR845787
EST:     GCATTTATCTGGACCAACACCCTACACAGGTGGACCAGTGATTGGAAATG                         GTGGGATATATGGAATGCCCCAACTGTTGGATCGGTATGGCCTGGGCATCC
genomic: GCATTTATCTGGACCAACACCCTACACAGGTGGACCAGTGATTGGAAATGgtatgttcta ... ttctttacagGTGGGATATATGGAATGCCCCAACTGTTGGATCGGTATGGCCTGGGCATCC
EST: gi|192328139|gb|FK022848.1|FK022848
EST:     GCATTTATCTGGACCAACACCCTACACAGGTGGACCAGTGATTGGAAATG                         GTGGGATATATGGAATGCCCCAACTGTTGGATCGGTATGGCCTGGGCATCC
genomic: GCATTTATCTGGACCAACACCCTACACAGGTGGACCAGTGATTGGAAATGgtatgttcta ... ttctttacagGTGGGATATATGGAATGCCCCAACTGTTGGATCGGTATGGCCTGGGCATCC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agctttgctcctgttgtagttaatatttactttattgattgtgtattctttacagGTGGGATATATGGAATGCCCCAACTGTTGGATCGGTATGGCCTGGGCATCCCTATCGGACCTGGGACAATG
                                tattgat  putative branch site (score: 3)
                                           tattcttt  putative PPT
                   ttaatatttactttat  TA-rich tract