1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
...ttttgttgatatatgtgtgtaagtaatgacaattttgcttataaatatttaatggttgattcttgtcaaacacattgctagtgcttaatctttgccttagAAATTGCGTCTTGACTTTATTTTATTTTTCCCTTTTGTGGTGTATACTGTATAGTTCCCTGACATCTGAAGAACTATTGGTAAATTTCAAGTTGAAGGCT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA11G13120.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
tatttaatggttgattcttgtcaaacacattgctagtgcttaatctttgccttagAAATTGCGTCTTGACTTTATTTTATTTTTCCCTTTTGTGGTGTATACTGTATAGTTCCCTGACATCTGAAGAACTATTGGTAAATTTCAAGTTGAAGGCT
gcttaat putative branch site (score: 4)
tctttgcctt CT-rich tract
ttaatcttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttttgttgatatatgtgtgtaagtaatgacaattttgcttataaatatttaatggttgattcttgtcaaacacattgctagtgcttaatctttgccttagAAATTGCGTCTTGACTTTATTTTATTTTTCCCTTTTGTGGTGTATACTGTATAGTTCCCTGACATCTGAAGAACTATTGGTAAATTTCAAGTTGAAGGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- -tgttgat
- - - - - - -tgtgtgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - -tgcttat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aacacat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctagtgc