Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaattgaataattttcctttgatctatgatgggattttgacttgatgttttaaactaatgattatggttcctgtatgatcgagtgtttgaagtttatggattaaatgcgattcttggttttgaaatttgaagGATGTATTGTTCGTGGACAGTGGTGACCCATGGAATCCAAAGCCTGAAACTATATTCAAGGTCATGGCCACATTGAAAGGTGTTCACAGGGTTTTGAAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA11G12910.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA11G12910.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: Vv03s0063g02010.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
gtaaattgaataattttcctttgatctatgatgggattttgacttgatgttttaaactaatgattatggttcctgtatgatcgagtgtttgaagtttatggattaaatgcgattcttggttttgaaatttgaagGATGTATTGTTCGTGGACAGTGGTGACCCATGGAATCCAAAGCCTGAAACTATATTCAAGGTCATGGCCACATTGAAAGGTGTTCACAGGGTTTTGAAAG
                                       | |  | |   || | | |     |  |    ||||  |       |  |||   || ||   || | |  |  | |   ||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||   |||||||||  ||  |||||  ||||| ||| |  |||||||||| |||||| | ||| 
--------------------------------------gtaaacttacaattcacaatggctctgtttcaacctgcttttatttattcttgtttttaattagttgagtatgtatatc--ttttttaatttgaagGACGTATTGTTCGTGGACAGTGGCGACCCATGGAATCCGCTGCCTGAAACAGTAAACAAGGCAATGGCAACACTTCAAGGTGTTCATAGGGTTCTCAAAC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|298182183|gb|HO026358.1|HO026358
EST:     TACCTTTTGAGGATGAATGTTTTGATTTGGTTATTGAGAAAGGAGCTATG                         GATGTATTGTTCGTGGACAGTGGTGACCCATGGAATCCAAAGCCTGAAACT
genomic: TACCTTTTGAGGATGAATGTTTTGATTTGGTTATTGAGAAAGGAACTATGgtaaattgaa ... aaatttgaagGATGTATTGTTCGTGGACAGTGGTGACCCATGGAATCCAAAGCCTGAAACT
EST: gi|193366249|gb|FK330236.1|FK330236
EST:     CCTTTTTGAGGATGAATGTTTTTGATTTGGTTATTGAGAAAGGAACTATG                         GATGTATTGTTCGTGGACAGTGGTGACCCATGGAATCCAAAGCCTGAAACT
genomic: CC-TTTTGAGGATGAATG-TTTTGATTTGGTTATTGAGAAAGGAACTATGgtaaattgaa ... aaatttgaagGATGTATTGTTCGTGGACAGTGGTGACCCATGGAATCCAAAGCCTGAAACT
EST: gi|193609113|gb|FK563895.1|FK563895
EST:     TACCTTTTGAGGATGAATGTTTTGATTTGGTTATTGAGAAAGGAACTATG                         GATGTATTGTTCGTGGACAGTGGTGACCCATGGAATCCAAAGCCTGAAACT
genomic: TACCTTTTGAGGATGAATGTTTTGATTTGGTTATTGAGAAAGGAACTATGgtaaattgaa ... aaatttgaagGATGTATTGTTCGTGGACAGTGGTGACCCATGGAATCCAAAGCCTGAAACT
EST: gi|10847982|gb|BF070555.1|BF070555
EST:     TACCTTTTGAGGATGAATGTTTTGATTTGGTTATTGAGAAAGGAACTATG                         GATGTATTGTTCGTGGACAGTGGTGACCCATGGAATCCAAAGCCTGAAACT
genomic: TACCTTTTGAGGATGAATGTTTTGATTTGGTTATTGAGAAAGGAACTATGgtaaattgaa ... aaatttgaagGATGTATTGTTCGTGGACAGTGGTGACCCATGGAATCCAAAGCCTGAAACT
EST: gi|298173135|gb|HO020119.1|HO020119
EST:     TACCTTTTGAGGGTGAATGTTTTGATTTGGTTATTGAGAAAGGAACTATG                         GATGTATTGTTCGTGGACAGTGGTGACCCATGGAATCCAAAGCCTGAAACT
genomic: TACCTTTTGAGGATGAATGTTTTGATTTGGTTATTGAGAAAGGAACTATGgtaaattgaa ... aaatttgaagGATGTATTGTTCGTGGACAGTGGTGACCCATGGAATCCAAAGCCTGAAACT
EST: gi|7145881|gb|AW507803.1|AW507803
EST:     TACCTTTTGAGGATGAATGTTTTGATTTGGTTATTGAGAAAGGAACTATG                         GATGTATTGTTCGTGGACAGTGGTGACCCATGGAATCCAAAGCCTGAAACT
genomic: TACCTTTTGAGGATGAATGTTTTGATTTGGTTATTGAGAAAGGAACTATGgtaaattgaa ... aaatttgaagGATGTATTGTTCGTGGACAGTGGTGACCCATGGAATCCAAAGCCTGAAACT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atcgagtgtttgaagtttatggattaaatgcgattcttggttttgaaatttgaagGATGTATTGTTCGTGGACAGTGGTGACCCATGGAATCCAAAGCCTGAAACTATATTCAAGGTCATGGCCACATTGAAAGGTGTTCACAGGGTTTTGAAAG
               tttatggattaaat  TA-rich tract