Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...cctgattttgataacgaatttgtagaagttagttcttgtgatggcctactttgacatgtcaagttttcctgatatgtatatgttttcactctgtttgcagGGTGGTCCTGGTGGAAGGCCTGGTTTTGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGTGCACCAACTAGTTCAAACATTCCTTAAATATAATGTTATGTGCTCTAAT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA11G02410.3
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58014465|gb|CX701207.1|CX701207
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGTGGAAGGCCTGGTTTTGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGT
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagctttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGTGGAAGGCCTGGTTTTGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGT
EST: gi|31475522|gb|CD417550.1|CD417550
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GTTGGTCCTGGTGGAAGGCCTGGTTTTGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGT
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagctttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGTGGAAGGCCTGGTTTTGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGT
EST: gi|208319141|gb|GE117544.1|GE117544
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTT-GG                         GGTGGTCCTGGTGGAAGGCCTGGTTTTGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGT
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagctttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGTGGAAGGCCTGGTTTTGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGT
EST: gi|22927028|gb|BU544167.1|BU544167
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGTGGAAGGCCTGGTTTTGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGT
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagctttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGTGGAAGGCCTGGTTTTGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGT
EST: gi|18041054|gb|BM309348.1|BM309348
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGTGGAAGGCCTGGTTTTGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGT
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagctttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGTGGAAGGCCTGGTTTTGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGT
EST: gi|9899073|gb|BE608041.1|BE608041
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGTGGAAGGCCTGGTTTTGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGT
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagctttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGTGGAAGGCCTGGTTTTGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGT
EST: gi|208154068|gb|GD951873.1|GD951873
EST:     TTTCGGTTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTT-GG                         GGTGGTCCTGGTGGAAGGCCTGGTTTTGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGT
genomic: TTTCGG-TGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagctttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGTGGAAGGCCTGGTTTTGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGT
EST: gi|193471045|gb|FK436972.1|FK436972
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGTGGAAGGCCTGGTTTTGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGT
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagctttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGTGGAAGGCCTGGTTTTGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGT
EST: gi|208234989|gb|GE028293.1|GE028293
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTT-GGG                         G-TGGTCCTGGTGGAAGGCCTGGT
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagctttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGTGGAAGGCCTGGT
EST: gi|254342456|gb|GR858618.1|GR858618
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGTGGAAGGCCTGGTTTTGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGT
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagctttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGTGGAAGGCCTGGTTTTGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGT
EST: gi|193335326|gb|FK299340.1|FK299340
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGTGGAAGGCCTGGTTTTGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGT
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagctttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGTGGAAGGCCTGGTTTTGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGT
EST: gi|11411498|gb|BF423509.1|BF423509
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGTGGAAGGCCTGGTTTTGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGT
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagctttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGTGGAAGGCCTGGTTTTGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGT
EST: gi|21601054|gb|BQ611385.1|BQ611385
EST:     GTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGTGGAAGGCCTGGTTTTGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGT
genomic: GTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagctttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGTGGAAGGCCTGGTTTTGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctactttgacatgtcaagttttcctgatatgtatatgttttcactctgtttgcagGGTGGTCCTGGTGGAAGGCCTGGTTTTGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGTGCACCAACTAGTTCAAACATTCCTTAAATATAATGTTATGTGCTCTAAT
                     tcctgat  putative branch site (score: 3)
                                     ttttcactctgttt  putative PPT
                          atatgtatatgtttt  TA-rich tract