1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...ccaaacaaatttaggcattcttaggaatcatgattcccagaaatggtgattctaaaaaatttcccttataccaaacgctccctttattggaaattttcagGTAGCTCCATATAAGAAAGTGAGAAGGGTGAGTTTTATTGACACTATTCCAAAGTCAGCTGCTGGCAAGATATTACGCAAGGATCTTGTTTCTCAAAGCA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA10G34170.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
gtgattctaaaaaatttcccttataccaaacgctccctttattggaaattttcagGTAGCTCCATATAAGAAAGTGAGAAGGGTGAGTTTTATTGACACTATTCCAAAGTCAGCTGCTGGCAAGATATTACGCAAGGATCTTGTTTCTCAAAGCA
ttctaaa putative branch site (score: 2)
ttttc putative PPT
tttattggaaatttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ccaaacaaatttaggcattcttaggaatcatgattcccagaaatggtgattctaaaaaatttcccttataccaaacgctccctttattggaaattttcagGTAGCTCCATATAAGAAAGTGAGAAGGGTGAGTTTTATTGACACTATTCCAAAGTCAGCTGCTGGCAAGATATTACGCAAGGATCTTGTTTCTCAAAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
ccaaaca
- - - - - - - gcattct
- - - - - - - - - - - - - - catgatt
- - - - - - - - - - - - - - - - - -cccagaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ggtgatt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaaaaat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttccctt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -accaaac