Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttgttctccagaagtgacttgggttttaagtttgtgatattggggtgttgctttgtgtgatggttttggttgtttggtttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTTAAGGATGGGTACATGATTTCTTCTGGGCAACCTGTCAAAGATTACATTG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G26790.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA10G26790.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os07g41750.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
gtttgttctccagaagtgacttgggttttaagtttgtgatattggggtgttgct----ttgtgtgatggttt-tggttgtttggtttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTTAAGGATGGGTACATGATTTCTTCTGGGCAACCTGTCAAAGATTACATTG
   |  ||||  | |   ||    | | || | || || |  |||  |  ||||    || |||  || |||   ||| ||||||||   ||||| ||||||||||| ||  | || || ||| | || ||||| |||||||| ||||| || |||||||||||||||||  | ||||| ||    || ||||
--gtactctcatgcaa-aacgaaagctgtatggttttgct--tggattcctgctctatttatgtattgatttgctgttctttggttta--cagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTCAAGGACGGATACATGATTTCTTCTGGTTATCCTGTTAACTTGTATATTG

upper sequence: GLYMA10G26790.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G093902_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
------gtttgttctccagaagtgact---tgggttttaagtttgtgat-attggggtgttgctttgtgtgatggttttggttgtttggtttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTTAAGGATGGGTACATGATTTCTTCTGGGCAACCTGTCAAAGATTACATTG
      |     |  |||   || |     ||    || | || | | |  || | |   ||   | | |     | |  |   ||| ||||    |||| ||||| ||||| ||  | || || ||| | || || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    |||||||
gtgtgagcccccttcccaattgtaaaccaatgcaaatttaattagagctcgttcgtgatatggaatctctatatttataagcccttttgttttcttagGTTATTGTAAGTGGTAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAGTCTATGAAGTTCAAGGATGGGTACATGATTTCTTCTGGTCATCCTGTCAACCTATACATTG

upper sequence: GLYMA10G26790.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: Vv11s0016g01380.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
gtttgttctccagaagtgacttgggttttaagtttgtgatattggggtgttgctttgtgtgatggttttggttgtttggtttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTTAAGGATGGGTACATGATTTCTTCTGGGCAACCTGTCAAAGATTACATTG
|||||| |    |||          |      ||| | |   |          | ||| | |   |  |  |  |  |  |  | ||||| ||||| ||||| |||||||| || ||  | |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| || || ||||| || || ||||
gtttgtacatttgaacctttcaaaatccagcttttatcaatctatatcacaattatgttttacaatgctattgatgcgcat--aacagGTGATTGTTAGTGGGAAATTGAGGGCACAACGTGCCAAATCCATGAAGTTTAAGGATGGGTACATGATATCTTCTGGTCAGCCAGTCAAGGAATATATTG

upper sequence: GLYMA10G26790.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: PP1S41_146V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 4
--------gtttgttctccaga--agtgacttgggttttaagtttgtgatattggggtgttgctttgtgtgatggttttggttgtttggtttga---gcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTTAAGGATGGGTACATGATTTCTTCTGGGCAACCTGTCAAAGATTACATTG
         | || | |   ||  |||| ||  |  ||  |||    | ||  |    |  |  |||||| ||    || ||||    ||  ||   | |||||||||| ||||||||  || | ||     ||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| || ||    || ||||| |||||||| |
acttgataatgtgatgtatggagtagtggctctgacttacagtcatcgctacagtta-gcagaattgtgtaatctgattagttgacgtgtgggaattgtagGTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTCAAGGATGGCTACATGATTTCATCAGGAAGCCCCGTCAACGATTACATCG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|6072063|gb|AW101382.1|AW101382
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttctc ... gtttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|209716016|gb|BW662267.1|BW662267
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttctc ... gtttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|298187775|gb|HO031732.1|HO031732
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttctc ... gtttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|213607333|gb|DB967070.1|DB967070
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttctc ... gtttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|15337030|gb|BI497686.1|BI497686
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttctc ... gtttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|21994938|gb|BQ786466.1|BQ786466
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttctc ... gtttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|21993586|gb|BQ785114.1|BQ785114
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttctc ... gtttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|192312678|gb|FK004366.1|FK004366
EST:     ATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: ATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttctc ... gtttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|7041681|gb|AW471522.1|AW471522
EST:     GCTATGGTGTATTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAATGTATGCGAT                         GTCATAGTGAGTGGA
genomic: GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttctc ... gtttgagcagGTCATTGTGAGTGGA
EST: gi|6566521|gb|AW234164.1|AW234164
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAAGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttctc ... gtttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|209729682|gb|BW669782.1|BW669782
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttctc ... gtttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|298193606|gb|HO040254.1|HO040254
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttctc ... gtttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|213601492|gb|DB956742.1|DB956742
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttctc ... gtttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|209716015|gb|BW662266.1|BW662266
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttctc ... gtttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|192312679|gb|FK004367.1|FK004367
EST:     ATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: ATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttctc ... gtttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|209717515|gb|BW653955.1|BW653955
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttctc ... gtttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|192299860|gb|FG993350.1|FG993350
EST:     GCTATGGCGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttctc ... gtttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|151398090|gb|EV267968.1|EV267968
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttctc ... gtttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|213590916|gb|DB975116.1|DB975116
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttctc ... gtttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|22927008|gb|BU544147.1|BU544147
EST:     AAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: AAGGGATGCGAGgtttgttctc ... gtttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|208297648|gb|GE090595.1|GE090595
EST:     CTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: CTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttctc ... gtttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|15203305|gb|BI426073.1|BI426073
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttctc ... gtttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|42722910|gb|CK768809.1|CK768809
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTT
genomic: GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttctc ... gtttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAA-TTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTT
EST: gi|15337465|gb|BI498121.1|BI498121
EST:     GCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttctc ... gtttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|6725979|gb|AW310378.1|AW310378
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttctc ... gtttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|42722882|gb|CK768781.1|CK768781
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttctc ... gtttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|16996025|gb|BM085397.1|BM085397
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttctc ... gtttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|27427516|gb|CA939036.1|CA939036
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttctc ... gtttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|8282554|gb|BE020115.1|BE020115
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttctc ... gtttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|209718918|gb|BW669107.1|BW669107
EST:     CTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: CTAAGGGATGCGAGgtttgttctc ... gtttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|18039340|gb|BM307634.1|BM307634
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttctc ... gtttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|31468836|gb|CD410864.1|CD410864
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttctc ... gtttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|298184418|gb|HO029631.1|HO029631
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAG
genomic: GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttctc ... gtttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAG
EST: gi|19269579|gb|BM885835.1|BM885835
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAANATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttctc ... gtttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|21601379|gb|BQ611710.1|BQ611710
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTTAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttctc ... gtttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|120530330|gb|EH258463.1|EH258463
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATC
genomic: GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttctc ... gtttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATC
EST: gi|213617025|gb|DB959337.1|DB959337
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAG
genomic: GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttctc ... gtttgagcagGTCATTGTGAG
EST: gi|12773588|gb|BG238515.1|BG238515
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttctc ... gtttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|151406970|gb|EV276785.1|EV276785
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttctc ... gtttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|24135989|gb|BU926499.1|BU926499
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttctc ... gtttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|192324283|gb|FK018259.1|FK018259
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttctc ... gtttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|209707152|gb|BW656769.1|BW656769
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttctc ... gtttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|6502154|gb|AW203527.1|AW203527
EST:     GCTATGGTGTNTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAA
genomic: GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttctc ... gtttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAA
EST: gi|209718917|gb|BW669106.1|BW669106
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttctc ... gtttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|298166628|gb|HO010067.1|HO010067
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGA
genomic: GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttctc ... gtttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGA
EST: gi|12687952|gb|BG154227.1|BG154227
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttctc ... gtttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|16996729|gb|BM086101.1|BM086101
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttctc ... gtttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|213603280|gb|DB970389.1|DB970389
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttctc ... gtttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|8283875|gb|BE021434.1|BE021434
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttctc ... gtttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
EST: gi|209729681|gb|BW669781.1|BW669781
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttctc ... gtttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttgtgatattggggtgttgctttgtgtgatggttttggttgtttggtttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTTAAGGATGGGTACATGATTTCTTCTGGGCAACCTGTCAAAGATTACATTG
     atatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtttgttctccagaagtgacttgggttttaagtttgtgatattggggtgttgctttgtgtgatggttttggttgtttggtttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTTAAGGATGGGTACATGATTTCTTCTGGGCAACCTGTCAAAGATTACATTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG