1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
gtttgactttcttgtccttatttaatttgtcattattgtggagagcaatttgtgttcttatactatttatttacatatgtttccagGCTATTCGTAAACAACCATTGACTGTATATGGTGATGGGAAGCAAACAAGAAGTTTCCAATATGTCTCTGATTTG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA10G05260.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGGATGATGGGCGTGTTGTTAGCAATTTTGTTGCACAG GCTATTCGTAAACAACCATTGACTGTATATGGTGATGGGAAGCAAACAAGAEST: gi|16278830|gb|BI943117.1|BI943117
genomic: TGGATGATGGGCGTGTTGTTAGCAATTTTGTTGCACAGgtttgacttt ... atgtttccagGCTATTCGTAAACAACCATTGACTGTATATGGTGATGGGAAGCAAACAAGA
EST: CCCGCATGTGTNTGGATGATGGGCGTGTTGTTAGCAATTTTGTTGCACAG GCTATTCGTAAACAACCATTGACTGTATATGGTGATGGGAAGCAA-CAAGAEST: gi|14990518|gb|BI316191.1|BI316191
genomic: CCCGCATGTGTTTGGATGATGGGCGTGTTGTTAGCAATTTTGTTGCACAGgtttgacttt ... atgtttccagGCTATTCGTAAACAACCATTGACTGTATATGGTGATGGGAAGCAAACAAGA
EST: CCCGCATGTGTTTGGATGATGGGCGTGTTGTTAGCAATTTTGTTGCACAG GCTATTCGTAAACAACCATTGACTGTATATGGTGATGGGAAGCAAACAAGAEST: gi|10709383|gb|BF009107.1|BF009107
genomic: CCCGCATGTGTTTGGATGATGGGCGTGTTGTTAGCAATTTTGTTGCACAGgtttgacttt ... atgtttccagGCTATTCGTAAACAACCATTGACTGTATATGGTGATGGGAAGCAAACAAGA
EST: CCCGCATGTGTTTGGATGATGGGCGTGTTGTTAGCAATTTTGTTGCACAG GCTATTCGTAAACAACCATTGACTGTATATGGTGATGGGAAGCAAACAAGAEST: gi|8283259|gb|BE020820.1|BE020820
genomic: CCCGCATGTGTTTGGATGATGGGCGTGTTGTTAGCAATTTTGTTGCACAGgtttgacttt ... atgtttccagGCTATTCGTAAACAACCATTGACTGTATATGGTGATGGGAAGCAAACAAGA
EST: CCCGCATGTGTTTGGATGATGGGCGTGTTGTTAGCAATTTTGTTGCACAG GCTATTCGTAAACAACCATTGACTGTATATGGTGATGGGAAGCAAACAAGAEST: gi|21887804|gb|BQ741017.1|BQ741017
genomic: CCCGCATGTGTTTGGATGATGGGCGTGTTGTTAGCAATTTTGTTGCACAGgtttgacttt ... atgtttccagGCTATTCGTAAACAACCATTGACTGTATATGGTGATGGGAAGCAAACAAGA
EST: CCCGCATGTGTTTGGATGATGGGCGTGTTGTTAGCAATTTTGTTGCACAG GCTATTCGTAAACAACCATTGACTGTATATGGTGATGGGAAGCAAACAAGAEST: gi|14259336|gb|BG882252.1|BG882252
genomic: CCCGCATGTGTTTGGATGATGGGCGTGTTGTTAGCAATTTTGTTGCACAGgtttgacttt ... atgtttccagGCTATTCGTAAACAACCATTGACTGTATATGGTGATGGGAAGCAAACAAGA
EST: CCCGCATGTGTTTGGATGATGGGCGTGTTGTTAGCAATTTTGTTGCACAG GCTATTCGTAAACAACCATTGACTGTTTATGGTGATGGGAAGCAAACAAGA
genomic: CCCGCATGTGTTTGGATGATGGGCGTGTTGTTAGCAATTTTGTTGCACAGgtttgacttt ... atgtttccagGCTATTCGTAAACAACCATTGACTGTATATGGTGATGGGAAGCAAACAAGA
attattgtggagagcaatttgtgttcttatactatttatttacatatgtttccagGCTATTCGTAAACAACCATTGACTGTATATGGTGATGGGAAGCAAACAAGAAGTTTCCAATATGTCTCTGATTTG
tgtttcc CT-rich tract
ttcttatactatttat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtttgactttcttgtccttatttaatttgtcattattgtggagagcaatttgtgttcttatactatttatttacatatgtttccagGCTATTCGTAAACAACCATTGACTGTATATGGTGATGGGAAGCAAACAAGAAGTTTCCAATATGTCTCTGATTTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT