1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...tttgacaaagaaatgcaaaaaaattgctttaaaaatttgaaatgtttttatttagtgcatatttctatttaagattcactgttttcaaaacaatctacagAATGACTGGAATGTTGTGAAACGAGGGTGGGATGCTCAAGTTCTTGGTGAAGCCCCTTATAAGTTTACAAATGCTCTTGAAGCTGTCAAGAAGCTGAGGG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA09G40690.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TAGCATCAGGTGGAGGTCGTATGAATGTCACAATGGATCGTTATGAG AATGACTGGAATGTTGTGAAACGAGGGTGGGATGCTCAAGTTCTTGGTGAAEST: gi|193362271|gb|FK324017.1|FK324017
genomic: TAGCATCAGGTGGAGGTCGTATGAATGTCACAATGGATCGTTATGAGgtatagtgac ... caatctacagAATGACTGGAATGTTGTGAAACGAGGGTGGGATGCTCAAGTTCTTGGTGAA
EST: GGATAGCATCAGGTGGAGGTCGTATGAATGTCACAATGGATCGTTATGAG AATGACTGGAATGTTGTEST: gi|298197962|gb|HO039501.1|HO039501
genomic: GGATAGCATCAGGTGGAGGTCGTATGAATGTCACAATGGATCGTTATGAGgtatagtgac ... caatctacagAATGACTGGAATGTTGT
EST: GGATAGCATCAGGTGGAGGTCGTATGAATGTCACAATGGATCGTTATGAG AATGACTGGAATGTTGTGAAACGAGGGTGGGATGCTCAAGTTCTTGGTGAAEST: gi|8283015|gb|BE020576.1|BE020576
genomic: GGATAGCATCAGGTGGAGGTCGTATGAATGTCACAATGGATCGTTATGAGgtatagtgac ... caatctacagAATGACTGGAATGTTGTGAAACGAGGGTGGGATGCTCAAGTTCTTGGTGAA
EST: GGAGGTCGTATGAATGTCACAATGGATCGTTATGAG AATGACTGGAATGTTGTGAAACGAGGGTGGGATGCTCAAGTTCTTGGTGAA
genomic: GGAGGTCGTATGAATGTCACAATGGATCGTTATGAGgtatagtgac ... caatctacagAATGACTGGAATGTTGTGAAACGAGGGTGGGATGCTCAAGTTCTTGGTGAA
ttttatttagtgcatatttctatttaagattcactgttttcaaaacaatctacagAATGACTGGAATGTTGTGAAACGAGGGTGGGATGCTCAAGTTCTTGGTGAAGCCCCTTATAAGTTTACAAATGCTCTTGAAGCTGTCAAGAAGCTGAGGG
atatttctatttaaga TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tttgacaaagaaatgcaaaaaaattgctttaaaaatttgaaatgtttttatttagtgcatatttctatttaagattcactgttttcaaaacaatctacagAATGACTGGAATGTTGTGAAACGAGGGTGGGATGCTCAAGTTCTTGGTGAAGCCCCTTATAAGTTTACAAATGCTCTTGAAGCTGTCAAGAAGCTGAGGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - aaagaaa
- - - - - - - - aaaaaaa
- - - - - - - - - - - - tgcttta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgcatat