Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaattaaacatattgtactaaacaattttggacattttatcctaatctaacttatggtcattggtatactggcaatattcagccatgtatgcagaaaccttttttgttttgatgcttaacaatattactatcattttatgatctcctgaacagTTCTATGGTGCTTTTCAATTTGATCCACAACCTACCTCTAGCTTTGACAATTCTCAAATGCCACTTACTCTAGAGAATGGCCTTTCTCCTAAAAGTCACC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA09G39270.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|120534508|gb|EH262641.1|EH262641
EST:     TACTTGGACTTTCTGATGGAACTTTATACAGTATGTCTTGGAAAGGGGAG                         TTCTATGGTGCTTTTCAATTTGATCCACAACCTACCTCTAGCTTTGACAAT
genomic: TACTTGGACTTTCTGATGGAACTTTATACAGTATGTCTTGGAAAGGGGAGgtaaattaaa ... tcctgaacagTTCTATGGTGCTTTTCAATTTGATCCACAACCTACCTCTAGCTTTGACAAT






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cttttttgttttgatgcttaacaatattactatcattttatgatctcctgaacagTTCTATGGTGCTTTTCAATTTGATCCACAACCTACCTCTAGCTTTGACAATTCTCAAATGCCACTTACTCTAGAGAATGGCCTTTCTCCTAAAAGTCACC
               gcttaac  putative branch site (score: 3)
                                           tctcct  putative PPT
                 ttaacaatattactat  TA-rich tract