1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...tcaacgtaggtgccctaacatgttcatttgttccccaacatggataaagtttctattttgttaggtttacttccgtccttttccttaattcttgaatcagATAAATACCATGCTTGGGTTAATGCTGAATTCTTATTGGAAAAATGCTTTGTGGGTACCTTAGATGAAGGTCAGTGAAGATTTCATTCTAATAATGCATA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA09G36160.2 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U12 (go to U12 genes for details) |
EST: GCACATCTTTATTCA ATAAATACCATGCTTGGGTTAATGCTGAATTCTTATTGGAAAAATGCTTTGEST: gi|15664741|gb|BI702112.1|BI702112
genomic: GCACATCTCTATTCAgtatcccttt ... cttgaatcagATAAATACCATGCTTGGGTTAATGCTGAATTCTTATTGGAAAAATGCTTTG
EST: GTTAATATGTTGATGAAGGCAGTGGGAAAAGATTGCACATCTCTATTCA ATAAATACCATGCTTGGGTTAATGCTGAATTCTTATTGGAAAAATGCTTTGEST: gi|11687701|gb|BF595377.1|BF595377
genomic: GTTAATATGTTGATGAAGGCAGTGGGAAAAGATTGCACATCTCTATTCAgtatcccttt ... cttgaatcagATAAATACCATGCTTGGGTTAATGCTGAATTCTTATTGGAAAAATGCTTTG
EST: GAAGGCAGTGGGAAAAGATTGCACATCTCTATTCA ATAAATACCATGCTTGGGTTAATGCTGAATTCTTATTGGAAAAATGCTTTG
genomic: GAAGGCAGTGGGAAAAGATTGCACATCTCTATTCAgtatcccttt ... cttgaatcagATAAATACCATGCTTGGGTTAATGCTGAATTCTTATTGGAAAAATGCTTTG
aaagtttctattttgttaggtttacttccgtccttttccttaattcttgaatcagATAAATACCATGCTTGGGTTAATGCTGAATTCTTATTGGAAAAATGCTTTGTGGGTACCTTAGATGAAGGTCAGTGAAGATTTCATTCTAATAATGCATA
ttccttaat putative branch site
tttacttccgtccttt CT-rich tract
tattttgtta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tcaacgtaggtgccctaacatgttcatttgttccccaacatggataaagtttctattttgttaggtttacttccgtccttttccttaattcttgaatcagATAAATACCATGCTTGGGTTAATGCTGAATTCTTATTGGAAAAATGCTTTGTGGGTACCTTAGATGAAGGTCAGTGAAGATTTCATTCTAATAATGCATA
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