1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
gtaactgaattacttgcctcaatactattgattttacattttttttgcatacattcattgataactaataatatctggtgttatggttatgcagACCATGAATAAAGTTTTTGAGCATGCTGGAGATCTTGTTAATATTAAGGTGGCACATAATTTGATGCGGTTGATTGCTGAAGGATTTGGAGAGGATGATG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA09G35240.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GTGTGGAACTTGCTGAGCAATTTGCACCAAGTAATCATTGGTTTATACAG ACCATGAATAAAGTTTTTGAGCATGCTGGAGATCTTGTTAATAEST: gi|7232868|gb|AW568220.1|AW568220
genomic: GTGTGGAACTTGCTGAGCAATTTGCACCAAGTAATTATTGGTTTATACAGgtaactgaat ... ggttatgcagACCATGAATAAAGTTTTTGAGCATGCTGGAGATCTTGTTAATA
EST: GTGTGGAACTTGCTGAGCAATTTGCACCAAGTAATTATTGGTTTATACAG ACCATGAATAAAGTTTTTGAGCATGCTGGAGATCTTGTTAATATTAAGGTGEST: gi|193638141|gb|FK586635.1|FK586635
genomic: GTGTGGAACTTGCTGAGCAATTTGCACCAAGTAATTATTGGTTTATACAGgtaactgaat ... ggttatgcagACCATGAATAAAGTTTTTGAGCATGCTGGAGATCTTGTTAATATTAAGGTG
EST: GTGTGGAACTTGCTGAGCAATTTGCACCAAGTAATCATTGGTTTATACAG ACCATGAATAAAGTTTTTGAGCATGCTGGAGATCTTGTTAATATTAAGGTGEST: gi|254346448|gb|GR856170.1|GR856170
genomic: GTGTGGAACTTGCTGAGCAATTTGCACCAAGTAATTATTGGTTTATACAGgtaactgaat ... ggttatgcagACCATGAATAAAGTTTTTGAGCATGCTGGAGATCTTGTTAATATTAAGGTG
EST: GTGTGGAACTTGCTGAGCAATTTGCACCAAGTAATTATTGGTTTATACAG ACCATGAATAAAGTTTTTGAGCATGCTGGAGATCTTGTTAATATTAAGGTG
genomic: GTGTGGAACTTGCTGAGCAATTTGCACCAAGTAATTATTGGTTTATACAGgtaactgaat ... ggttatgcagACCATGAATAAAGTTTTTGAGCATGCTGGAGATCTTGTTAATATTAAGGTG
tttttttgcatacattcattgataactaataatatctggtgttatggttatgcagACCATGAATAAAGTTTTTGAGCATGCTGGAGATCTTGTTAATATTAAGGTGGCACATAATTTGATGCGGTTGATTGCTGAAGGATTTGGAGAGGATGATG
aactaat putative branch site (score: 2)
attcattgataactaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaactgaattacttgcctcaatactattgattttacattttttttgcatacattcattgataactaataatatctggtgttatggttatgcagACCATGAATAAAGTTTTTGAGCATGCTGGAGATCTTGTTAATATTAAGGTGGCACATAATTTGATGCGGTTGATTGCTGAAGGATTTGGAGAGGATGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG