Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaggtatatgaagccttttagttagatcaaaagtttcctcgtgtgtatgtgtgaaaaatgatgtataatttggacttagtgtttaattattttgtgtagATATGTGATGCAGTTGCTGTGGCAAAGATACTGAATGCTACTCTGGTGATTCCATACCTTGAATTAAATCCTGTATGGCGAGATTCAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA09G33160.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA09G33160.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os09g24570.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
---gtaggtatatgaagccttttagtta-gatcaaaagtttcctcgtgtgtatgtgtgaaaaatgatgtataatttggacttagtgtttaattattttgtgtagATATGTGATGCAGTTGCTGTGGCAAAGATACTGAATGCTACTCTGGTGATTCCATACCTTGAATTAAATCCTGTATGGCGAGATTCAAG
     |    | | | || ||   | || |||  | |  ||             |       |   |  || ||       |    ||   || | || | |||||||||||||| |||||||| || || || ||||||||  |||| ||||| ||| | |||||| |||||||||| |||  |||  ||||
gtaacacacttcttatgcattgatgctatgatatataacttaacataactggcatccttgggactttagattatccaactct----ttcctttctgttctttagATATGTGATGCGGTTGCTGTTGCTAAAATTCTGAATGCGTCTCTTGTGATCCCACATCTTGAAGTAAATCCTGTTTGGAAAGACACAAG

upper sequence: GLYMA09G33160.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G057037_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
--gtaggtatatgaagccttttagttagatcaaaagtttcctcgtgtgtatgtgtgaaaaatgatgtataatttggacttagtgtttaattattttgtgtagATATGTGATGCAGTTGCTGTGGCAAAGATACTGAATGCTACTCTGGTGATTCCATACCTTGAATTAAATCCTGTATGGCGAGATTCAAG
   |     | | |   || |||||  |||   | |        |   | | | |    |   | |  | |  | | |  | | |||| |    || ||||||||||||||||  |||| || |||||||| || ||||||||||| ||||| ||| | |||||| |||| ||||| |||   ||||||||
gtatgctcttctaattactattagtatgattttaggacatgagatagctttcttt----atccaggctttagattggccaactctttattccaattctgtagATATGTGATGCCATTGCAGTTGCAAAGATTCTTAATGCTACTCTTGTGATCCCACATCTTGAAGTAAACCCTGTTTGGAAGGATTCAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|9899441|gb|BE608409.1|BE608409
EST:     GATATATCCAGGTCTTTCTTGATGGAGGTTTGAACCAACAAAGGATGGGG                         ATATGTGATGCAGTTGCTGTGGCAAAGATACTGAATGCTACTCTGGTGATT
genomic: GATATATCCAGGTCTTTCTTGATGGAGGTTTGAACCAACAAAGGATGGGGgtaggtatat ... ttttgtgtagATATGTGATGCAGTTGCTGTGGCAAAGATACTGAATGCTACTCTGGTGATT
EST: gi|208169752|gb|GD967825.1|GD967825
EST:     GATATATCCAGGTCTTTCTTGATGGAGGTTTGAACCAACAAAGGATGGGG                         ATATGTGATGCAGTTGCTGTGGCAAAGATACTGAATGCTACTCTGGTGATT
genomic: GATATATCCAGGTCTTTCTTGATGGAGGTTTGAACCAACAAAGGATGGGGgtaggtatat ... ttttgtgtagATATGTGATGCAGTTGCTGTGGCAAAGATACTGAATGCTACTCTGGTGATT
EST: gi|18734891|gb|BM528445.1|BM528445
EST:     GATATATCCAGGTCTTTCTTGATGGAGGTTTGAACCAACAAAGGATGGGG                         ATATGTGATGCAGTTGCTGTGGCAAAGATACTGAATGCTACTCTGGTGATT
genomic: GATATATCCAGGTCTTTCTTGATGGAGGTTTGAACCAACAAAGGATGGGGgtaggtatat ... ttttgtgtagATATGTGATGCAGTTGCTGTGGCAAAGATACTGAATGCTACTCTGGTGATT
EST: gi|19053956|gb|BM732623.1|BM732623
EST:     GATATATCCAGGTCTTTCTTGATGGAGGTTTGAACCAACAAAGGATGGGG                         ATATGTGATGCAGTTGCTGTGGCAAAGATACTGAATGCTACTCTGGTGATT
genomic: GATATATCCAGGTCTTTCTTGATGGAGGTTTGAACCAACAAAGGATGGGGgtaggtatat ... ttttgtgtagATATGTGATGCAGTTGCTGTGGCAAAGATACTGAATGCTACTCTGGTGATT
EST: gi|15288236|gb|BI472127.1|BI472127
EST:     GATATATCCAGGTCTTTCTTGATGGAGGTTTGAACCAACAAAGGATGGGG                         ATATGTGATGCAGTTGCTGTGGCAAA
genomic: GATATATCCAGGTCTTTCTTGATGGAGGTTTGAACCAACAAAGGATGGGGgtaggtatat ... ttttgtgtagATATGTGATGCAGTTGCTGTGGCAAA
EST: gi|15813600|gb|BI785875.1|BI785875
EST:     GATATATCCAGGTCTTTCTTGATGGAGGTTTGAACCAACAAAGGATGGGG                         ATATGTGATGCAGTTGCTGTGGCAAAGATACTGAATGCTACTCTGGTGATT
genomic: GATATATCCAGGTCTTTCTTGATGGAGGTTTGAACCAACAAAGGATGGGGgtaggtatat ... ttttgtgtagATATGTGATGCAGTTGCTGTGGCAAAGATACTGAATGCTACTCTGGTGATT
EST: gi|308098228|gb|HO759969.1|HO759969
EST:     GATATATCCAGGTCTTTCTTGATGGAGGTTTGAACCAACAAAGGATGGGG                         ATATGTGATGCAGTTGCTGTGGCAAAGATACTGAATGCTACTCTGGTGATT
genomic: GATATATCCAGGTCTTTCTTGATGGAGGTTTGAACCAACAAAGGATGGGGgtaggtatat ... ttttgtgtagATATGTGATGCAGTTGCTGTGGCAAAGATACTGAATGCTACTCTGGTGATT
EST: gi|120534087|gb|EH262220.1|EH262220
EST:     GATATATCCAGGTCTTTCTTGATGGAGGTTTGAACCAACAAAGGATGGGG                         ATATGTGATGCAGTTGCTGTGGCAAAGATACTGAATGCTACTCTGGTGATT
genomic: GATATATCCAGGTCTTTCTTGATGGAGGTTTGAACCAACAAAGGATGGGGgtaggtatat ... ttttgtgtagATATGTGATGCAGTTGCTGTGGCAAAGATACTGAATGCTACTCTGGTGATT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtatgtgtgaaaaatgatgtataatttggacttagtgtttaattattttgtgtagATATGTGATGCAGTTGCTGTGGCAAAGATACTGAATGCTACTCTGGTGATTCCATACCTTGAATTAAATCCTGTATGGCGAGATTCAAG
                                    gtttaat  putative branch site (score: 4)
                                          ttatttt  CT-rich tract
         aaaaatgatgtataat  TA-rich tract