Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tttttagtgtttactgtttaccattgaggatcagtagactagagcacttgtattttatgcttttatttgatcctcattcttcttccttgcacattaacagGAATTGTGGTTACCAATGATGGGAATGCTATCTTACGTGAATTAGACCTTGCTCATCCTGCTGCAAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA09G28650.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA09G28650.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os06g34690.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
tttttagtgtttactgtttaccattgaggatcagtagactagagcacttgta--ttttatgcttttatttgatcc---tcattcttcttccttgcacattaacagGAATTGTGGTTACCAATGATGGGAATGCTATCTTACGTGAATTAGACCTTGCTCATCCTGCTGCAAAG
     | | | ||     |  | |||  |     |    |    || ||| |  |||  || |||||   | | |     |||    ||| ||     ||  |||| ||||||||||| |||||||| |||||||| || || ||| ||||  |||| ||||||||||| |||
-----attttctatctcatcaccttggaggcatttctgttttcacatttgcaattttcctggttttacaaggttcattgtatttgggttctttctgtttttgcagGTATTGTGGTTACTAATGATGGCAATGCTATATTGCGAGAAATAGATATTGCACATCCTGCTGCCAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|209711120|gb|BW676339.1|BW676339
EST:     AACATTGGGACCTAGGTCCATGCTAAAAATGCTTCTTGATGCTCAAGGAG                         GAATTGTGGTTACCAATGATGGGAATGCTATCTTACGTGAATTAGACCTTG
genomic: AACATTGGGACCTAGGTCCATGCTAAAAATGCTTCTTGATGCTCAAGGAGgttagtgatt ... acattaacagGAATTGTGGTTACCAATGATGGGAATGCTATCTTACGTGAATTAGACCTTG
EST: gi|208324562|gb|GE118849.1|GE118849
EST:     AACATTGGGACCTAGGTCCATGCTAAAAATGCTTCTTGATGCTCAAGGAG                         GAATTGTGGTTACCAATGATGGGAATGCTATCTTACGTGAATTAGACCTTG
genomic: AACATTGGGACCTAGGTCCATGCTAAAAATGCTTCTTGATGCTCAAGGAGgttagtgatt ... acattaacagGAATTGTGGTTACCAATGATGGGAATGCTATCTTACGTGAATTAGACCTTG
EST: gi|209700495|gb|BW660895.1|BW660895
EST:     AACATTGGGACCTAGGTCCATGCTAAAAATGCTTCTTGATGCTCAAGGAG                         GAATTGTGGTTACCAATGATGGGAATGCTATCTTACGTGAATTAGACCTTG
genomic: AACATTGGGACCTAGGTCCATGCTAAAAATGCTTCTTGATGCTCAAGGAGgttagtgatt ... acattaacagGAATTGTGGTTACCAATGATGGGAATGCTATCTTACGTGAATTAGACCTTG
EST: gi|209722479|gb|BW682829.1|BW682829
EST:     AACATTGGGACCTAGGTCCATGCTAAAAATGCTTCTTGATGCTCAAGGAG                         GAATTGTGGTTACCAATGATGGGAATGCTATCTTACGTGAATTAGACCTTG
genomic: AACATTGGGACCTAGGTCCATGCTAAAAATGCTTCTTGATGCTCAAGGAGgttagtgatt ... acattaacagGAATTGTGGTTACCAATGATGGGAATGCTATCTTACGTGAATTAGACCTTG
EST: gi|213618229|gb|DB972999.1|DB972999
EST:     AACATTGGGACCTAGGTCCATGCTAAAAATGCTTCTTGATGCTCAAGGAG                         GAATTGTGGTTACCAATGATGGGAATGCTATCTTACGTGAATTAGACCTTG
genomic: AACATTGGGACCTAGGTCCATGCTAAAAATGCTTCTTGATGCTCAAGGAGgttagtgatt ... acattaacagGAATTGTGGTTACCAATGATGGGAATGCTATCTTACGTGAATTAGACCTTG
EST: gi|209725416|gb|BW658278.1|BW658278
EST:     AACATTGGGACCTAGGTCCATGCTAAAAATGCTTCTTGATGCTCAAGGAG                         GAATTGTGGTTACCAATGATGGGAATGCTATCTTACGTGAATTAGACCTTG
genomic: AACATTGGGACCTAGGTCCATGCTAAAAATGCTTCTTGATGCTCAAGGAGgttagtgatt ... acattaacagGAATTGTGGTTACCAATGATGGGAATGCTATCTTACGTGAATTAGACCTTG
EST: gi|193426285|gb|FK389060.1|FK389060
EST:     ACCTAGGTCCATGCTAAAAATGCTTCTTGATGCTCAAGGAG                         GAATTGTGGTTACCAATGATGGGAATGCTATCTTACGTGAATTAGACCTTG
genomic: ACCTAGGTCCATGCTAAAAATGCTTCTTGATGCTCAAGGAGgttagtgatt ... acattaacagGAATTGTGGTTACCAATGATGGGAATGCTATCTTACGTGAATTAGACCTTG
EST: gi|193408879|gb|FK371133.1|FK371133
EST:     ACCTAGGTCCATGCTAAAAATGCTTCTTGATGCTCAAGGAG                         GAATTGTGGTTACCAATGATGGGAATGCTATCTTACGTGAATTAGACCTTG
genomic: ACCTAGGTCCATGCTAAAAATGCTTCTTGATGCTCAAGGAGgttagtgatt ... acattaacagGAATTGTGGTTACCAATGATGGGAATGCTATCTTACGTGAATTAGACCTTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

acttgtattttatgcttttatttgatcctcattcttcttccttgcacattaacagGAATTGTGGTTACCAATGATGGGAATGCTATCTTACGTGAATTAGACCTTGCTCATCCTGCTGCAAAG
                   atttgat  putative branch site (score: 5)
                         tcctcattcttcttcc  CT-rich tract
     tattttatgcttttat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tttttagtgtttactgtttaccattgaggatcagtagactagagcacttgtattttatgcttttatttgatcctcattcttcttccttgcacattaacagGAATTGTGGTTACCAATGATGGGAATGCTATCTTACGTGAATTAGACCTTGCTCATCCTGCTGCAAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cacttgt