Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttgttttatggactcctaatattgtattgctttatgtaatggtttggttgtaattgttgtttgacttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTCAAGGATGGATACATGATTTCTTCTGGACAACCTGTCAAGGATTACATTG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA09G28440.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA09G28440.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os07g41750.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
gtttgttttatggactcctaatattgtattgctttatgtaa-----tggtttggttgta-attg--ttgtttgacttgag----cagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTCAAGGATGGATACATGATTTCTTCTGGACAACCTGTCAAGGATTACATTG
  |  | | ||| |   | ||   ||||| | |||   |       || | |  || |  ||||  ||| |   |||  |    ||||| ||||| ||||| || || || |||||| | || || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||  | ||||| ||    || ||||
-gtactctcatgcaaaacgaaagctgtatggttttgcttggattcctgctctatttatgtattgatttgctgttctttggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTCAAGGACGGATACATGATTTCTTCTGGTTATCCTGTTAACTTGTATATTG

upper sequence: GLYMA09G28440.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G093902_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
-----------------gtttgt---tttatggactcctaatattgtattgctttatgtaatggtttggttgtaattgttg----tttgacttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTCAAGGATGGATACATGATTTCTTCTGGACAACCTGTCAAGGATTACATTG
                   ||||      ||| |    |||| | |   |  ||  ||  ||||  |   | || || |      |||   ||    |||| ||||| ||||| || || || |||||| | || ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||    |||||||
gtgtgagcccccttcccaattgtaaaccaatgcaaatttaat-tagagctcgttcgtgatatggaatctctatatttataagcccttttgttttcttagGTTATTGTAAGTGGTAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAGTCTATGAAGTTCAAGGATGGGTACATGATTTCTTCTGGTCATCCTGTCAACCTATACATTG

upper sequence: GLYMA09G28440.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: Vv11s0016g01380.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
gtttgttt-tatggactcctaata-------ttgtattgctttatgtaatggtttggttgta-attgttgtt--tgacttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTCAAGGATGGATACATGATTTCTTCTGGACAACCTGTCAAGGATTACATTG
||||||   | || ||   | | |       || |||   | ||| | |   ||  ||| || | || | ||  ||     | ||||| ||||||||||| ||| |||| || ||  | ||||| |||||||| || |||||||| |||||||| |||||||| || || |||||||| || ||||
gtttgtacatttgaacctttcaaaatccagcttttatcaatctatatcacaattatgttttacaatgctattgatgcgcataacagGTGATTGTTAGTGGGAAATTGAGGGCACAACGTGCCAAATCCATGAAGTTTAAGGATGGGTACATGATATCTTCTGGTCAGCCAGTCAAGGAATATATTG

upper sequence: GLYMA09G28440.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: PP1S127_74V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 4
-------------------------gtttgttttatggactcctaatattgtattgctttatgtaatggtttg-gttgtaattgttgtttgacttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTCAAGGATGGATACATGATTTCTTCTGGACAACCTGTCAAGGATTACATTG
                          | |||       |   ||  ||   | ||  ||||  |||  |     | | |  ||| ||| ||     | ||||| ||||| || ||||| ||| | ||     | || ||||||||||| ||||||||||| |||||||| || |||||    |||||||| |||||||| |
acatcttctctagtatgcggcaagtatctgtcaagcaaaaaactt-tacaatttttttttaattaaatgcaaatgatctcgttgctgtatgttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTCAAGGATGGTTACATGATCTCATCTGGGAGCCCTGTCAACGATTACATCG

upper sequence: GLYMA09G28440.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: PP1S31_178V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 4
-----------------gtttgttttatggactcctaatattgtat--tgctttatgtaa--tggtttggttgtaattgttgtttgacttgag----cagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTCAAGGATGGATACATGATTTCTTCTGGACAACCTGTCAAGGATTACATTG
                 | ||   |  |  |     || |||| |   |  | ||||||   |  | |   | |||||  | | ||  | | |    ||||| || || |||||||| ||  | ||     | || ||||||||||| |||||||| ||||||||||| || ||||||   |||||||| || |||||||
aattgagctttagcactgcttcactgttacatctggaagattgcaggatattgtatgtagattcatctttgtctaattagtttgtgggtggcggtcacagGTGATAGTGAGTGGAAAGCTTCGTGCAGCTCGTGCAAAGTCCATGAAGTTCAAGGACGGATACATGATATCATCTGGAAGCCCTGTCAACGACTACATTG

upper sequence: GLYMA09G28440.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: PP1S41_146V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 4
---------------------gtttgttttatggactcctaat-attgtattgctttatgtaatggtttggttg---taattgttgtttgacttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTCAAGGATGGATACATGATTTCTTCTGGACAACCTGTCAAGGATTACATTG
                       | ||      ||||   | | || |      ||     ||| || |  |     || |||  || ||      | |||||||||| |||||||| ||| | ||     |||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| || |||   || ||||| |||||||| |
acttgataatgtgatgtatggagtagtggctctgacttacagtcatcgctacagttagcagaattgtgtaatctgattagttgacgtgtgggaattgtagGTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTCAAGGATGGCTACATGATTTCATCAGGAAGCCCCGTCAACGATTACATCG

upper sequence: GLYMA09G28440.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: PP1S29_222V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 4
---------------------gtttgttttatggactcc--taatattgtattgctttatgta--atggtttggttgtaattgttgtttgacttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTCAAGGATGGATACATGATTTCTTCTGGACAACCTGTCAAGGATTACATTG
                         ||    | | |  |  |  ||   ||| ||   ||||   ||| ||       |||    |       |   ||||||||||| ||||||||  || | ||    || |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || || |||   || ||||| ||||| ||||
aagcatttgagtgtgatcatatgccgtgaagtagccctcgtttgtagaatatagcagaatgtgcgatgcttgtaacacaatcaaggggctgggtttacagGTCATTGTCAGTGGAAAGTTGCGTGCCGCTAGGGCCAAGTCTATGAAATTCAAGGATGGCTACATGATCTCATCCGGAAGCCCCGTCAATGATTATATTG

upper sequence: GLYMA09G28440.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: PP1S454_3V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 4
-------------------gtttgttttatggactcctaatattgtattgctt--tatgtaatggtttggt-tgtaattgttgtttgacttga---gcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTCAAGGATGGATACATGATTTCTTCTGGACAACCTGTCAAGGATTACATTG
                   ||  || | | |    || |||| | | | | |   || ||    |  | || ||    ||||    |  |||    |||||||||||| ||||| || ||| | ||    || |||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||| || |||   |||||||| |||||||| |
tcctttttctcatggagtagtgcgtctgaagacacccgaatactttctggttaagtaggtgcaagcattgtgtgacgatgttagcgggtttggcttgcagGTCATTGTCAGTGGCAAGCTGCGTGCCGCTAGGGCCAAGTCTATGAAGTTCAAGGACGGCTACATGATTTCATCCGGAAGCCCTGTCAATGATTACATCG

upper sequence: GLYMA09G28440.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: PP1S136_175V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 4
------------------------gtttgttttatggactcctaatattgtattgctttatgtaatggtt--tggttgtaatt-gttgtttgacttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTCAAGGATGGATACATGATTTCTTCTGGACAACCTGTCAAGGATTACATTG
                         | || || | |   |  || || | |      | |  ||   |||  |    ||| |   | || ||||    |||||| || || |||||||| ||| | ||     | |||||||||||||| |||||||| || || |||||||| || |||   |||||||| ||||||||||
atggagtttgaactgaaatatatgatgtggttaacg--tttgtactactatcagttatcagctatcagttgctcaacgtattccatcgtgtgacggttgcagGTGATCGTAAGTGGAAAGCTGCGCGCAGCTCGTGCCAAGTCCATGAAGTTCAAGGACGGCTATATGATTTCATCAGGAAGCCCTGTCAACGATTACATTG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|31474805|gb|CD416833.1|CD416833
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG                         GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: gi|23058305|gb|BU578303.1|BU578303
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG                         GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: gi|21594357|gb|BQ610135.1|BQ610135
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG                         GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: gi|12496516|gb|BG047103.1|BG047103
EST:     CTATGGTGTTTTAAAAATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG                         GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
genomic: CTATGGTGTTTTAAGA-TTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: gi|5677916|gb|AI939046.1|AI939046
EST:     GCTATGGTGTTCTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG                         GTCATTGGTAGTGGACAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGACATTC
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: gi|33389542|gb|CA852749.1|CA852749
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG                         GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: gi|12497107|gb|BG047401.1|BG047401
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG                         GTCATTGTTAGTGGAANACTGATAGCTCAGAGAGCCCAGTCCATGAAATTC
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: gi|24205365|gb|BU964618.1|BU964618
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG                         GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: gi|120496311|gb|EH224478.1|EH224478
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG                         GTCATTGTTAGTGGAAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGACATT
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAA-CTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATT
EST: gi|15813645|gb|BI785920.1|BI785920
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG                         GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: gi|120496212|gb|EH224379.1|EH224379
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG                         GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: gi|254325495|gb|GR838376.1|GR838376
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG                         GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: gi|8286276|gb|BE023835.1|BE023835
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG                         GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: gi|31475508|gb|CD417536.1|CD417536
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTGGGGATGGGAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG                         GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: gi|6666600|gb|AW278059.1|AW278059
EST:     GGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG                         GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
genomic: GGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: gi|31305814|gb|CD391017.1|CD391017
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG                         GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: gi|11414198|gb|BF426209.1|BF426209
EST:     TAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG                         GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
genomic: TAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: gi|31561125|gb|CD486963.1|CD486963
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG                         GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: gi|192305912|gb|FG995462.1|FG995462
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG                         GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: gi|120496331|gb|EH224498.1|EH224498
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG                         GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: gi|151406004|gb|EV275819.1|EV275819
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG                         GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: gi|192305913|gb|FG995463.1|FG995463
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG                         GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: gi|10843496|gb|BF067184.1|BF067184
EST:     GTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG                         GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
genomic: GTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: gi|16105559|gb|BI893299.1|BI893299
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG                         GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTC-GATTA-TCAAGTCCATGAAATT
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGA-GAGCCAAGTCCATGAAATT
EST: gi|14990868|gb|BI316541.1|BI316541
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG                         GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: gi|17153034|gb|BM142967.1|BM142967
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG                         GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: gi|151409012|gb|EV278820.1|EV278820
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG                         GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: gi|298179211|gb|HO027682.1|HO027682
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG                         GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: gi|20814979|gb|BQ299457.1|BQ299457
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG                         GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCAT
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCAT
EST: gi|15813712|gb|BI785987.1|BI785987
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG                         GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: gi|21889395|gb|BQ742608.1|BQ742608
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG                         GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: gi|21889541|gb|BQ742754.1|BQ742754
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAT                         GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: gi|298164138|gb|HO013783.1|HO013783
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGGAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG                         GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCA
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCA
EST: gi|9564213|gb|BE473722.1|BE473722
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG                         GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: gi|31472170|gb|CD414198.1|CD414198
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG                         GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atattgtattgctttatgtaatggtttggttgtaattgttgtttgacttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTCAAGGATGGATACATGATTTCTTCTGGACAACCTGTCAAGGATTACATTG
            tttatgtaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtttgttttatggactcctaatattgtattgctttatgtaatggtttggttgtaattgttgtttgacttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTCAAGGATGGATACATGATTTCTTCTGGACAACCTGTCAAGGATTACATTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GATGGA