1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...ttaccaaatactaataaaataataattactacttagacttttaatgacattgatattgattgaacacttttactaagatgccttcttcaactatgaacagGGTCTTGGAATTACTGTCTTTGGGATGGCCTACATGTTTGTACACGATGGATTGGTTCACAAGAGATTCCCGGTGGGCCCCATAGCCAACGTGCCCTATC
species | Glycine max |
transcript | GLYMA09G24530.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CCTATGGTTTCTTTAACAAGGGACTGGTCCCTGGGCTTTGTTTTGGTGCG GGTCTTGGAATTACTGTCTTTGGGATGGCCTACATGTTTGTACACGATGGAEST: gi|27446214|gb|CA953337.1|CA953337
genomic: CCTATGGTTTCTTTAACAAGGGACTGGTCCCTGGGCTTTGTTTTGGTGCGgtgcgtaaat ... ctatgaacagGGTCTTGGAATTACTGTCTTTGGGATGGCCTACATGTTTGTACACGATGGA
EST: CCTATGGTTTCTTTAACAAGGGACTGGTCCCTGGGCTTTGTTTTGGTGCG GGTCTTGGAATTACTGTCTTTGGGATGGCCTACATGTTTGTACATGATGGAEST: gi|193324293|gb|FK288835.1|FK288835
genomic: CCTATGGTTTCTTTAACAAGGGACTGGTCCCTGGGCTTTGTTTTGGTGCGgtgcgtaaat ... ctatgaacagGGTCTTGGAATTACTGTCTTTGGGATGGCCTACATGTTTGTACACGATGGA
EST: ATGGTTTCTTTAACAAGGGACTGGTCCCTGGGCTTTGTTTTGGTGCG GGTCTTGGAATTACTGTCTTTGGGATGGCCTACATGTTTGTACACGATGGA
genomic: ATGGTTTCTTTAACAAGGGACTGGTCCCTGGGCTTTGTTTTGGTGCGgtgcgtaaat ... ctatgaacagGGTCTTGGAATTACTGTCTTTGGGATGGCCTACATGTTTGTACACGATGGA
gacattgatattgattgaacacttttactaagatgccttcttcaactatgaacagGGTCTTGGAATTACTGTCTTTGGGATGGCCTACATGTTTGTACACGATGGATTGGTTCACAAGAGATTCCCGGTGGGCCCCATAGCCAACGTGCCCTATC
tattgat putative branch site (score: 3)
atattgatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttaccaaatactaataaaataataattactacttagacttttaatgacattgatattgattgaacacttttactaagatgccttcttcaactatgaacagGGTCTTGGAATTACTGTCTTTGGGATGGCCTACATGTTTGTACACGATGGATTGGTTCACAAGAGATTCCCGGTGGGCCCCATAGCCAACGTGCCCTATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- -ccaaata
- - - - - - - -aaaataa