1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
gtactttctatccctttctagtttttccttttctactgctgtgtataaatgtccatgttgatgtaaattaatttggttcaaatgcataagcacaaaccaatgagtaggacattcattatgataaacttagatatatgaatggagggaaattaatgcattgaaattttgtgttctcacattttatcagATTGCAATACAAGTATATGCAAGTCTACCTCTGATACTAGTAGTAGTAGCAGTAACAAGAGTGTGCCAAAAGATGGAAGGAAGAAGCGACACGTTGCTTC
species | Glycine max |
transcript | GLYMA09G15550.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GAAAGTTGCATCCAAAGAGAACAATGAGACTGAGAATGTGGAAATGAATG ATTGCAATACAAGTATATGCAAGTCTACCTCTGATACTAGTAGTAGTAGCAEST: gi|207824037|gb|GD796658.1|GD796658
genomic: GAAAGTTGCATCCAAAGAGAACAATGAGACTGAGAATGTGGAAATGAATGgtactttcta ... attttatcagATTGCAATACAAGTATATGCAAGTCTACCTCTGATACTAGTAGTAGTAGCA
EST: GTGGAAATGAATG ATTGCAATACAAGTATATGCAAGTCTACCTCTGATACTAGTAGTAGTAGCA
genomic: GTGGAAATGAATGgtactttcta ... attttatcagATTGCAATACAAGTATATGCAAGTCTACCTCTGATACTAGTAGTAGTAGCA
atatgaatggagggaaattaatgcattgaaattttgtgttctcacattttatcagATTGCAATACAAGTATATGCAAGTCTACCTCTGATACTAGTAGTAGTAGCAGTAACAAGAGTGTGCCAAAAGATGGAAGGAAGAAGCGACACGTTGCTTC
ttctcac putative branch site (score: 2)
ttttatc CT-rich tract
aaattaatgcattgaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtactttctatccctttctagtttttccttttctactgctgtgtataaatgtccatgttgatgtaaattaatttggttcaaatgcataagcacaaaccaatgagtaggacattcattatgataaacttagatatatgaatggagggaaattaatgcattgaaattttgtgttctcacattttatcagATTGCAATACAAGTATATGCAAGTCTACCTCTGATACTAGTAGTAGTAGCAGTAACAAGAGTGTGCCAAAAGATGGAAGGAAGAAGCGACACGTTGCTTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC