1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...atttggcctagtttttttcttcaattggttatgtctatcaagttaagagtggtgcgaatgctgaactaatttgtttgacagcactgttttttactctcagGTGTTGTCTGTGACATTGGATGATTGGTCAGAGGATGAAATAGATGCAATGATCGAAGTTGGGGGAAATGTTTCTGCTAATTCAATTTATGAAGCTTATA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA09G02830.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GCTTAAAATGTTGCGGTGTGCACAGAAGCCTTGGTACTCATATATCAAAG GTGTTGTCTGTGACATTGGATGATTGGTCAGAGGATGAAATAGATGCAATGEST: gi|7692451|gb|AW760557.1|AW760557
genomic: GCTTAAAATGTTGCGGTGTGCACAGAAGCCTTGGTACTCATATATCAAAGgtaaaccatt ... ttactctcagGTGTTGTCTGTGACATTGGATGATTGGTCAGAGGATGAAATAGATGCAATG
EST: GCTTAAAATGTTGCGGTGTGCACAGAAGCCTTGGTACTCATATATCAAAG GTGTTGTCTGTGACATTGGATGATTGGTCAGAGGATGAAATAGATGCAATGEST: gi|151394014|gb|EV263885.1|EV263885
genomic: GCTTAAAATGTTGCGGTGTGCACAGAAGCCTTGGTACTCATATATCAAAGgtaaaccatt ... ttactctcagGTGTTGTCTGTGACATTGGATGATTGGTCAGAGGATGAAATAGATGCAATG
EST: GCTTAAAATGTTGCGGTGTGCACAGAAGCCTTGGTACTCATATATCAAAG GTGTTGTCTGTGACATTGGATGATTGGTCAGAGGATGAAATAGATGCAATGEST: gi|120495547|gb|EH223714.1|EH223714
genomic: GCTTAAAATGTTGCGGTGTGCACAGAAGCCTTGGTACTCATATATCAAAGgtaaaccatt ... ttactctcagGTGTTGTCTGTGACATTGGATGATTGGTCAGAGGATGAAATAGATGCAATG
EST: GCTTAAAATGTTGCGGTGTGCACAGAAGCCTTGGTACTCATATATCAAAG GTGTTGTCTGTGACATTGGATGATTGGTCAGAGGATGAAATAGATGCAATG
genomic: GCTTAAAATGTTGCGGTGTGCACAGAAGCCTTGGTACTCATATATCAAAGgtaaaccatt ... ttactctcagGTGTTGTCTGTGACATTGGATGATTGGTCAGAGGATGAAATAGATGCAATG
agagtggtgcgaatgctgaactaatttgtttgacagcactgttttttactctcagGTGTTGTCTGTGACATTGGATGATTGGTCAGAGGATGAAATAGATGCAATGATCGAAGTTGGGGGAAATGTTTCTGCTAATTCAATTTATGAAGCTTATA
ctgttttttactctc CT-rich tract
taatttgttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| atttggcctagtttttttcttcaattggttatgtctatcaagttaagagtggtgcgaatgctgaactaatttgtttgacagcactgttttttactctcagGTGTTGTCTGTGACATTGGATGATTGGTCAGAGGATGAAATAGATGCAATGATCGAAGTTGGGGGAAATGTTTCTGCTAATTCAATTTATGAAGCTTATA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - ggttatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -agtggtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaatgct