Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gtatctatttggaactatcccagtatgattatctggaactgcatttgaacacatatagttctcgtgaatttctgtcttaaaactgataattgttatgcagTTGGTTGGGGATGCTTCCAGGAACATGGGCTTATGTCAGTGCTGGTGCTTTTGGAAGAGCAATAATT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G26000.2
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA08G26000.2 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os01g66170.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
-----gtatctattt--ggaactatcccagtatgattatctggaactgcatttgaacaca-tatagttctcgtgaatttctgtcttaaaactgataattgttatgcagTTGGTTGGGGATGCTTCCAGGAACATGGGCTTATGTCAGTGCTGGTGCTTTTGGAAGAGCAATAATT
      ||||  |||   |  | |     | | |||  ||   |    | |||   || |   | |||  |    || ||| |||        |  ||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||
atcttatatccctttaaagggcaaaaattgaaggatcgtcaatagtacctttttgtcaaaaccttgttggctcagatatctttct--------accattgtcatgcagTTGGTTGGGAATGCTTCCAGGATCATGGGCCTATGTCAGTGCTGGTGCATTTGGACGAGCTATAATT

upper sequence: GLYMA08G26000.2 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G068271_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 5
gtatctatttggaactatcccagtatga----ttat-ctggaactgcatttgaacacat-atagttctcgtgaatttctgtcttaaaactg-ataattgttatgcagTTGGTTGGGGATGCTTCCAGGAACATGGGCTTATGTCAGTGCTGGTGCTTTTGGAAGAGCAATAATT
        |||||||| |     |||||    | || |    ||| || |||    | | | |   || ||    |    | |  |   ||  |  |    ||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||| |||||||| ||||| || ||  ||||  |||| 
-------attggaactttaattttatgagggataatgccaacactacagttgttttctttaaaagccttgtttgctctgatatccactttgtgttgtccccatgcagTTGGTTGGGAATGCTTCCAGGTTCATGGGCTTACGTCAGTGCCGGTGCATTCGGGCGAGCTTTAATC

upper sequence: GLYMA08G26000.2 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G011479_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
gtatctatttggaact---atcccagtatgattatctggaactgcatttgaacacat-atagttctcgtgaatttctgtcttaaaactg-ataattgttatgcagTTGGTTGGGGATGCTTCCAGGAACATGGGCTTATGTCAGTGCTGGTGCTTTTGGAAGAGCAATAATT
     | ||||| |||   ||      | |  |      |||   | |||    | | | |   || ||    |    | |  |   ||  | |||   ||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||| ||||| |||||||| || ||  |||| ||||||
-----tgtttgggactttaattttgtgagggatgatgccaacactagttgttttcttcaaaaaccttgtttgctctgatatccactttgtgttattcccatgcagTTGGTTGGGAATGCTTCCAGGTTCATGGGCTTACGTCAGCGCTGGTGCATTCGGGCGAGCTATAATT

upper sequence: GLYMA08G26000.2 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: Vv18s0001g03830.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
gtatctatttg-gaactatcccagtatg---attatctggaactgcatttgaacacatatagttctcgtgaatttctgtcttaaaactgataattgttatgcagTTGGTTGGGGATGCTTCCAGGAACATGGGCTTATGTCAGTGCTGGTGCTTTTGGAAGAGCAATAATT
  | ||||  | | | | |   | | ||   || | || | |   | |||    | || |  | | | |     |    || | |  |||||||| | |||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||  ||||||| |||
--acctatgggtggaatgttaaaatttgcaaataaacttgtagatcctttttgaaaatgtcatccactttccaataaagctcata--tgataattttcatgcagTTGGCTGGGAATGCTTCCTGGAACATGGGCTTATGTGAGTGCTGGTGCATTTGGGCGAGCAATCATT

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|120533380|gb|EH261513.1|EH261513
EST:     TATTTATATGGATTAACATCTGTTAAGTTTATTCCATATGTATTGGGAAG                         TTGGTTGGGGATGCTTCCAGGAACA
genomic: TATTTATATGGATTAACATCTGTTAAGTTTATTCCATATGTATTGGGAAGgtatggtgct ... tgttatgcagTTGGTTGGGGATGCTTCCAGGAACA
EST: gi|151405427|gb|EV275241.1|EV275241
EST:     TATTTATATGGATTAACATCTGTTAAGTTTATTCCATATGTATTGGGAAG                         TTGGTTGGGGATGCTTCCAGGAACATGGGCTTATGTCAGTGCTGGTGCTTT
genomic: TATTTATATGGATTAACATCTGTTAAGTTTATTCCATATGTATTGGGAAGgtatggtgct ... tgttatgcagTTGGTTGGGGATGCTTCCAGGAACATGGGCTTATGTCAGTGCTGGTGCTTT
EST: gi|13478933|gb|BG508276.1|BG508276
EST:     AACATCTGTTAAGTTTATTCCATATGTATTGGGAAG                         TTGGTTGGGGATGCTTCCAGGAACATGGGCTTATGTCAGTGCTGGTGCTTT
genomic: AACATCTGTTAAGTTTATTCCATATGTATTGGGAAGgtatggtgct ... tgttatgcagTTGGTTGGGGATGCTTCCAGGAACATGGGCTTATGTCAGTGCTGGTGCTTT
EST: gi|120531813|gb|EH259946.1|EH259946
EST:     TATTTATATGGATTAACATCTGTTAAGTTTATTCCATATGTATTGGGAA-                         TTGGTTGGGGATGCTTCCAGGAACATGGGCTTATGTTCAGTGCTGGTGCTT
genomic: TATTTATATGGATTAACATCTGTTAAGTTTATTCCATATGTATTGGGAAGgtatggtgct ... tgttatgcagTTGGTTGGGGATGCTTCCAGGAACATGGGCTTATGT-CAGTGCTGGTGCTT
EST: gi|208337682|gb|GE136478.1|GE136478
EST:     TA-TTATATGGATTAACATCTGTTAAGTTTATTCCATATGTATTGGGAAG                         TTGGTTGGGGATGCTTCCAGGAACATGGGCTTATGTCAGTGCTGGTGCTTT
genomic: TATTTATATGGATTAACATCTGTTAAGTTTATTCCATATGTATTGGGAAGgtatggtgct ... tgttatgcagTTGGTTGGGGATGCTTCCAGGAACATGGGCTTATGTCAGTGCTGGTGCTTT
EST: gi|209699649|gb|BW655728.1|BW655728
EST:     ATGGATTAACATCTGTTAAGTTTATTCCATATGTATTGGAAAG                         TTGG-TGGGGATGCTTCCAGGAACATGGGCTTATGTCAGTGCTGGTGC-TT
genomic: ATGGATTAACATCTGTTAAGTTTATTCCATATGTATTGGGAAGgtatggtgct ... tgttatgcagTTGGTTGGGGATGCTTCCAGGAACATGGGCTTATGTCAGTGCTGGTGCTTT
EST: gi|51337968|gb|CO981834.1|CO981834
EST:     TATTTATATGGATTAACATCTGTTAAGTTTATTCCGTATGTATTGGGAAG                         TTGGTTGGGGATGCTTCCAGGAACATGGGCTTATGTCAGTGCTGGTGCTTT
genomic: TATTTATATGGATTAACATCTGTTAAGTTTATTCCATATGTATTGGGAAGgtatggtgct ... tgttatgcagTTGGTTGGGGATGCTTCCAGGAACATGGGCTTATGTCAGTGCTGGTGCTTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgaacacatatagttctcgtgaatttctgtcttaaaactgataattgttatgcagTTGGTTGGGGATGCTTCCAGGAACATGGGCTTATGTCAGTGCTGGTGCTTTTGGAAGAGCAATAATT
                                   aactgat  putative branch site (score: 3)
                               ttaaaactgataatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatctatttggaactatcccagtatgattatctggaactgcatttgaacacatatagttctcgtgaatttctgtcttaaaactgataattgttatgcagTTGGTTGGGGATGCTTCCAGGAACATGGGCTTATGTCAGTGCTGGTGCTTTTGGAAGAGCAATAATT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAGCA
- - - - - - - ctatccc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgcattt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aacacat