1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...gcttgaaatgggaattttaataattaaccaaatgagaatactaatatttgagtaataaattaattgttaattattaactgatgaaggtgttaatttgcagAATTGGTATTGCTATGGAAAGACGGTGGCAGAACAAACAGCATGGGATGTAGCAAAAGAGAGAGGGGTGGACTTGGTTGTGGTGAACCCAGTTTTGGTTA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA08G23310.3 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGGTCGATGAATCATTCTGGAGTGATTTGGAGTACTGCAAGAACACCAAG AATTGGTATTGCTATGGAAAGACGGTGGCAGAACAGACAGCATGGGATGTAEST: gi|213598748|gb|DB964286.1|DB964286
genomic: TGGTCGATGAATCATTCTGGAGTGATTTGGAGTACTGCAAGAACACCAAGgttaacaaat ... taatttgcagAATTGGTATTGCTATGGAAAGACGGTGGCAGAACAAACAGCATGGGATGTA
EST: AAGAACACCAAG AATTGGTATTGC--TCGAAAGACGGTGGCAGAACAAACAGCATGGGATGTA
genomic: AAGAACACCAAGgttaacaaat ... taatttgcagAATTGGTATTGCTATGGAAAGACGGTGGCAGAACAAACAGCATGGGATGTA
atttgagtaataaattaattgttaattattaactgatgaaggtgttaatttgcagAATTGGTATTGCTATGGAAAGACGGTGGCAGAACAAACAGCATGGGATGTAGCAAAAGAGAGAGGGGTGGACTTGGTTGTGGTGAACCCAGTTTTGGTTA
agtaataaattaattg TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gcttgaaatgggaattttaataattaaccaaatgagaatactaatatttgagtaataaattaattgttaattattaactgatgaaggtgttaatttgcagAATTGGTATTGCTATGGAAAGACGGTGGCAGAACAAACAGCATGGGATGTAGCAAAAGAGAGAGGGGTGGACTTGGTTGTGGTGAACCCAGTTTTGGTTA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA