1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
gttggttcccgtttaaatgcttagtttttttacttgtgactattattatgtactgtactgtttaataatatttttaccctcgtagACTGGTGAATTGAAGGAAAAGCTTAAAGATATTACTTCCAAGCAGTGAACACACGCCTAAGGTGAAGAAGTTTTAAGAGATGTAGTTTACAAGAACTTGC
species | Glycine max |
transcript | GLYMA08G22430.2 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCAAGGGAGAGTTTATTGGTGGATCAGATATTGTTCTCAATATGCACCAG ACTGGTGAATTGAAGGAAAAGCTTAAAGATATTACTTCCAAGCAGTGAACAEST: gi|23732715|gb|BU764528.1|BU764528
genomic: TCAAGGGAGAGTTTATTGGTGGATCAGATATTGTTCTCAATATGCACCAGgttggttccc ... accctcgtagACTGGTGAATTGAAGGAAAAGCTTAAAGATATTACTTCCAAGCAGTGAACA
EST: TCAAGGGAGAGTTTATTGGTGGATCAGATATTGTTCTCAATATGCACCAG ACTGGTGAATTGAAGGAAAAGCTTAAAGATATTACTTCCAAGCAGTGAACAEST: gi|18711946|gb|BM522621.1|BM522621
genomic: TCAAGGGAGAGTTTATTGGTGGATCAGATATTGTTCTCAATATGCACCAGgttggttccc ... accctcgtagACTGGTGAATTGAAGGAAAAGCTTAAAGATATTACTTCCAAGCAGTGAACA
EST: GGAGAGTTTATTGGTGGATCAGATATTGTTCTCAATATGCACCAG ACTGGTGAATTGAAGGAAAAGCTTAAAGATATTACTTCCAAGCAGTGAACA
genomic: GGAGAGTTTATTGGTGGATCAGATATTGTTCTCAATATGCACCAGgttggttccc ... accctcgtagACTGGTGAATTGAAGGAAAAGCTTAAAGATATTACTTCCAAGCAGTGAACA
tacttgtgactattattatgtactgtactgtttaataatatttttaccctcgtagACTGGTGAATTGAAGGAAAAGCTTAAAGATATTACTTCCAAGCAGTGAACACACGCCTAAGGTGAAGAAGTTTTAAGAGATGTAGTTTACAAGAACTTGC
gtttaat putative branch site (score: 4)
tttttaccctc putative PPT
tattattatgtactgt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gttggttcccgtttaaatgcttagtttttttacttgtgactattattatgtactgtactgtttaataatatttttaccctcgtagACTGGTGAATTGAAGGAAAAGCTTAAAGATATTACTTCCAAGCAGTGAACACACGCCTAAGGTGAAGAAGTTTTAAGAGATGTAGTTTACAAGAACTTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC