1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...cattttcttcccttagtatgcttgttgttcacttagcaatcattatgcattttcgatactattatttgatttacatgacccttggtgggttaagtgacagATCAAGAAGATAGCAGCTGAAGGAGTTCTTATTACATCATATAAAGGCAAAA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA08G19110.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
tgcattttcgatactattatttgatttacatgacccttggtgggttaagtgacagATCAAGAAGATAGCAGCTGAAGGAGTTCTTATTACATCATATAAAGGCAAAA
atttgat putative branch site (score: 5)
atactattatttgatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| cattttcttcccttagtatgcttgttgttcacttagcaatcattatgcattttcgatactattatttgatttacatgacccttggtgggttaagtgacagATCAAGAAGATAGCAGCTGAAGGAGTTCTTATTACATCATATAAAGGCAAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - cttccct
- - - - - - - -gtatgct
- - - - - - - - - - - tgttgtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - -gcaatca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -catgacc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tggtggg