1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
gtaggtactaatctgaatttaaccctgcacctgttgaaagtaggaaactttagatcaattctttctccgcttctctctgttttggatattgaatcagtgaagactcagtcctcccacctagtagtctagtagtacctactttctttatatccgtagcttattctcatctgttttgcttttcattttcggggtttcagGAATATATTCTCTGAAGATGGTTCTTCAACACCAGATGCTGCTGCATCTCAATCAGTACAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA08G18850.2 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GCCATACTTCCAGAAGCTAAACCGGGTGATTTTTCTAATGTTATATGGAG GAATATATTCTCTGAAGATGGTTCTTCAAEST: gi|14259843|gb|BG882751.1|BG882751
genomic: GCCATACTTCCAGAAGCTAAACCGGGTGATTTTTCTAATGTTATATGGAGgtaggtacta ... ggggtttcagGAATATATTCTCTGAAGATGGTTCTTCAA
EST: GCCATACTTCCAGAAGCTAAACCGGGTGATTTTTCTAATGTTATATGGAG GAATATATTCTCTGAAGATGGTTCTTCAACACCAGATGCTGCTGCATCTCA
genomic: GCCATACTTCCAGAAGCTAAACCGGGTGATTTTTCTAATGTTATATGGAGgtaggtacta ... ggggtttcagGAATATATTCTCTGAAGATGGTTCTTCAACACCAGATGCTGCTGCATCTCA
ctttatatccgtagcttattctcatctgttttgcttttcattttcggggtttcagGAATATATTCTCTGAAGATGGTTCTTCAACACCAGATGCTGCTGCATCTCAATCAGTACAG
ttttcatttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaggtactaatctgaatttaaccctgcacctgttgaaagtaggaaactttagatcaattctttctccgcttctctctgttttggatattgaatcagtgaagactcagtcctcccacctagtagtctagtagtacctactttctttatatccgtagcttattctcatctgttttgcttttcattttcggggtttcagGAATATATTCTCTGAAGATGGTTCTTCAACACCAGATGCTGCTGCATCTCAATCAGTACAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC