Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgggtatttatttgtgtgccattatgttatcaagttagtttaacttttggtgagctgatcaatttttttctacagGGCTTATGGAAGTGGAAAGGAAGATAGTCCTATGTGTGACGTGCCAGGGTTTGAAAACAGCAAGATGAAATTGCTAAGGCATGTTTCATTTGTGGATTGT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G18240.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA08G18240.2 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os12g41400.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
---------gtgggtatttatttgtg--tgccattatgttatcaagttagt-----ttaacttttggtgagctgatcaatttttttc--------tacagGGCTTATGGAAGTGGAAAGGAAGATAGTCCTATGTGTGACGTGCCAGGGTTTGAAAACAGCAAGATGAAATTGCTAAGGCATGTTTCATTTGTGGATTGT
               |  || ||  |  |||   | || | ||||| || |     | | || |     |  || | | ||||||||        || |||||||||||||||||||| |||||||| |||   ||||| ||||| |||||||||||||  | ||||||  | || || |||||||| ||||| ||||||
aattatctgccattcacctacttaggactgctgctttgatgtcaagctaatgcatgtgagctctgcactatatgttgactttttttcctgttatataaagGGCTTATGGAAGTGGAAAAGAAGATAGCCCTCACTGTGATGTGCCTGGGTTTGAAAACACTAGGATGAAGCTACTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGT

upper sequence: GLYMA08G18240.2 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os12g07740.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
--------------gtgggtatttatttg-tgt---gccattatgttat-----caagttagtttaacttttggtgagct-gatcaatttttttctacagGGCTTATGGAAGTGGAAAGGAAGATAGTCCTATGTGTGACGTGCCAGGGTTTGAAAACAGCAAGATGAAATTGCTAAGGCATGTTTCATTTGTGGATTGT
                |  ||||  |||| |||   ||  ||||   ||          | ||| |   |||| |||  |   |    | ||   || |||||||||||||| ||||| |||||||| |||   ||||| ||||| |||||||||||||  | ||||||  | || || |||||||| ||||| ||||||
gccattcacctcttaggattattgctttggtgtgaagctcttatacaatatgtgtgctcttgttcactctttgttgactttagtttcctattacataaagGGCTTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCACTGTGATGTGCCTGGGTTTGAAAACACTAGGATGAAGCTACTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGT

upper sequence: GLYMA08G18240.2 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: Vv10s0042g01220.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
---------------gtgggtatttatttgtgtgccattatgttat-caagttagtttaa---cttttggtgagctgatcaatttttttctacagGGCTTATGGAAGTGGAAAGGAAGATAGTCCTATGTGTGACGTGCCAGGGTTTGAAAACAGCAAGATGAAATTGCTAAGGCATGTTTCATTTGTGGATTGT
                |   ||| ||| | | |     | |||| | || ||||  || |    |||   ||   |  ||||  | ||  | |||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||| |||||||||||| ||| |||||| |||||| | ||||| || ||||| ||||| 
gtagggtgatgtctaatatatatatatatatatatatatctgtttttcatgttaacttcaggcttttcattgttatattcaaaatattattgcagGGCCTATGGAAGTGGAAAGGAAGATAGTCCTCTCTGTGATGTGCCTGGGTTTGAAAACTGCAGGATGAAGTTGCTACGACATGTGTCCTTTGTAGATTGC

upper sequence: GLYMA08G18240.2 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: Vv13s0074g00310.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
----gtgggtatttatttgtgtgccattatgttatcaagttagtttaa---cttttggtgagctgatcaatttttttctacagGGCTTATGGAAGTGGAAAGGAAGATAGTCCTATGTGTGACGTGCCAGGGTTTGAAAACAGCAAGATGAAATTGCTAAGGCATGTTTCATTTGTGGATTGT
    || | |||||| |||  | |   ||| || | |  ||| ||| |    |||   ||   |  ||||  | ||  | |||||| ||||||||||||||||||||||||||  | ||||| ||||| || ||||||||| ||| |||||| |||||  | ||||| || ||||| ||||| 
gtaggttgatatttaattg-atacatctat-tttttacattaatttcagtcttttcattgttatattcaaaatgttgttgcagGGCCTATGGAAGTGGAAAGGAAGATAGTCCACTCTGTGATGTGCCTGGTTTTGAAAACTGCAGGATGAAGTTGCTGCGACATGTATCTTTTGTAGATTGC

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|19935170|gb|BQ080200.1|BQ080200
EST:     AAAATATACAAGTGTGAAGATGAACGATGTCCAAGGCCTATGTGCTACAA                         GGCTTATGGAAGTGGAAAGGAAGATAGTCCTATGTGTGACGTGCCAGGGTT
genomic: AAAATATACAAGTGTGAAGATGAACGATGTCCAAGGCCTATGTGCTACAAgtgggtattt ... ttttctacagGGCTTATGGAAGTGGAAAGGAAGATAGTCCTATGTGTGACGTGCCAGGGTT
EST: gi|17023024|gb|BM094058.1|BM094058
EST:     AAAATATACAAGTGTGAAGATGAACGATGTCCAAGGCCTATGTGCTACAA                         GGCTTATGGAAGTGGAAAGGAAGATAGTCCTATGTGTGACGTGCCAGGGTT
genomic: AAAATATACAAGTGTGAAGATGAACGATGTCCAAGGCCTATGTGCTACAAgtgggtattt ... ttttctacagGGCTTATGGAAGTGGAAAGGAAGATAGTCCTATGTGTGACGTGCCAGGGTT
EST: gi|17023965|gb|BM094999.1|BM094999
EST:     AAAATATACAAGTGTGAAGATGAACGATGTCCAAGGCCTATGTGCTACAA                         GGCTTATGGAAGTGGAAAGGAAGATAGTCCTATGTGTGACGTGCCAGGGTT
genomic: AAAATATACAAGTGTGAAGATGAACGATGTCCAAGGCCTATGTGCTACAAgtgggtattt ... ttttctacagGGCTTATGGAAGTGGAAAGGAAGATAGTCCTATGTGTGACGTGCCAGGGTT
EST: gi|7478465|gb|AW666276.1|AW666276
EST:     AAAATATACAAGTGTGAAGATGAACGATGTCCAAGGCCTATGTGCTACAA                         GGCTTATGGAAGTGGAAAGGAAGATAGTCCTATGTGTGACGTGCCAGGGTT
genomic: AAAATATACAAGTGTGAAGATGAACGATGTCCAAGGCCTATGTGCTACAAgtgggtattt ... ttttctacagGGCTTATGGAAGTGGAAAGGAAGATAGTCCTATGTGTGACGTGCCAGGGTT
EST: gi|209708854|gb|BW673890.1|BW673890
EST:     AAAATATACAAGTGTGAAGATGAACGATGTCCAAGGCCTATGTGCTACAA                         GGCTTATGGAAGTGGAAAGGAAGATAGTCCTATGTGTGACGTGCCAGGGTT
genomic: AAAATATACAAGTGTGAAGATGAACGATGTCCAAGGCCTATGTGCTACAAgtgggtattt ... ttttctacagGGCTTATGGAAGTGGAAAGGAAGATAGTCCTATGTGTGACGTGCCAGGGTT
EST: gi|213606648|gb|DB959060.1|DB959060
EST:     AAAATATACAAGTGTGAAGATGAACGATGTCCAAGGCCTATGTGCTACAA                         GGCTTATGGAAGTGGAAAGGAAGATAGTCCTATGTGTGACGT
genomic: AAAATATACAAGTGTGAAGATGAACGATGTCCAAGGCCTATGTGCTACAAgtgggtattt ... ttttctacagGGCTTATGGAAGTGGAAAGGAAGATAGTCCTATGTGTGACGT
EST: gi|193517388|gb|FK476555.1|FK476555
EST:     AAAATATACAAGTGTGAAGATGAACGATGTCCAAGGCCTATGTGCTACAA                         GGCTTATGGAAGTGGAAAGGAAGATAGTCCTATGTGTGACGTGCCAGGGTT
genomic: AAAATATACAAGTGTGAAGATGAACGATGTCCAAGGCCTATGTGCTACAAgtgggtattt ... ttttctacagGGCTTATGGAAGTGGAAAGGAAGATAGTCCTATGTGTGACGTGCCAGGGTT
EST: gi|23727056|gb|BU761544.1|BU761544
EST:     AAAATATACAAGTGTGAAGATGAACGATGTCCAAGGCCTATGTGCTACAA                         GGCTTATGGAAGTGGAAAGGAAGATAGTCCTATGTGTGACGTGCCAGGGTT
genomic: AAAATATACAAGTGTGAAGATGAACGATGTCCAAGGCCTATGTGCTACAAgtgggtattt ... ttttctacagGGCTTATGGAAGTGGAAAGGAAGATAGTCCTATGTGTGACGTGCCAGGGTT
EST: gi|208219667|gb|GE016593.1|GE016593
EST:     AAAATATACAAGTGTGAAGATGAACGATGTCCAAGGCCTATGTGCTACAA                         GGCTTATGGAAGTGGAAAGGAAGATAGTCCTATGTGTGATGTGCCAGGGTT
genomic: AAAATATACAAGTGTGAAGATGAACGATGTCCAAGGCCTATGTGCTACAAgtgggtattt ... ttttctacagGGCTTATGGAAGTGGAAAGGAAGATAGTCCTATGTGTGACGTGCCAGGGTT
EST: gi|15663764|gb|BI701135.1|BI701135
EST:     AAAATATACAAGTGTGAAGATGAACGATGTCCAAGGCCTATGTGCTACAA                         GGCTTATGGAAGTGGAAAGGAAGATAGTCCTATGTGTGACGTGCCAGGGTT
genomic: AAAATATACAAGTGTGAAGATGAACGATGTCCAAGGCCTATGTGCTACAAgtgggtattt ... ttttctacagGGCTTATGGAAGTGGAAAGGAAGATAGTCCTATGTGTGACGTGCCAGGGTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

attatgttatcaagttagtttaacttttggtgagctgatcaatttttttctacagGGCTTATGGAAGTGGAAAGGAAGATAGTCCTATGTGTGACGTGCCAGGGTTTGAAAACAGCAAGATGAAATTGCTAAGGCATGTTTCATTTGTGGATTGT
                                          tttttttctac  CT-rich tract
                                     atcaatttttttcta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgggtatttatttgtgtgccattatgttatcaagttagtttaacttttggtgagctgatcaatttttttctacagGGCTTATGGAAGTGGAAAGGAAGATAGTCCTATGTGTGACGTGCCAGGGTTTGAAAACAGCAAGATGAAATTGCTAAGGCATGTTTCATTTGTGGATTGT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGATG