Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtttgtgtgttggtgttactcgtttattttaacggaaggtttcttttggtttagatgttagatgtcttaattaattgttttgcttgtgggttggtgcagGTTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCCTTGAAGTCTCCACTTATGGGGCTATTTGAAAAACGCCGAGCACGCAAGTTTTTCATTTATGTGCAAA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G13300.3
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|17023050|gb|BM094084.1|BM094084
EST:     ATCTCTCTTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTTTGTGTTTAATAAAGGAAAG                         GTTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCCTTGAAGTCTCCACTTATG
genomic: ATCTCTCTTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTTTGTGTTTAATAAAGGAAAGgtatgtttgt ... gttggtgcagGTTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCCTTGAAGTCTCCACTTATG
EST: gi|193591591|gb|FK548652.1|FK548652
EST:     TGTGTTTAATAAAGGAAAG                         GTTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCCTTGAAGTCTCCACTTATG
genomic: TGTGTTTAATAAAGGAAAGgtatgtttgt ... gttggtgcagGTTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCCTTGAAGTCTCCACTTATG
EST: gi|7590904|gb|AW706647.1|AW706647
EST:     TCTCTCTNTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTTTGTGTNTAATAAAGGANAAG                         -TTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCCTTGAAGTCTCCACTTAT
genomic: TCTCTCTTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTTTGTGTTTAATAAAGGA-AAGgtatgtttgt ... gttggtgcagGTTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCCTTGAAGTCTCCACTTAT
EST: gi|208192944|gb|GD987951.1|GD987951
EST:     TTTAATAAAGGAAAG                         GTTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCCTTGAAGTCTCCACTTATG
genomic: TTTAATAAAGGAAAGgtatgtttgt ... gttggtgcagGTTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCCTTGAAGTCTCCACTTATG
EST: gi|18848745|gb|BM567857.1|BM567857
EST:     ATCTCTCTTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTTTGTGTTTAATAAAGGAAAG                         GTTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCCTTGAAGTCTCCACTTATG
genomic: ATCTCTCTTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTTTGTGTTTAATAAAGGAAAGgtatgtttgt ... gttggtgcagGTTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCCTTGAAGTCTCCACTTATG
EST: gi|213598655|gb|DB958183.1|DB958183
EST:     TCTCTCTTTCAAAGCTGTGG--GGCGAGCTTTGTGTTTAATAAAGGAAAG                         GTTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCCTTGAAGTCTCCACTTATG
genomic: TCTCTCTTTCAAAGCTGTGGATGG-GAGCTTTGTGTTTAATAAAGGAAAGgtatgtttgt ... gttggtgcagGTTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCCTTGAAGTCTCCACTTATG
EST: gi|163927330|gb|EH040145.1|EH040145
EST:     ATCTCTCTTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTTTGTGTTTAATAAAGGAAAG                         GTTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCCTTGAAGTCTCCACTTATG
genomic: ATCTCTCTTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTTTGTGTTTAATAAAGGAAAGgtatgtttgt ... gttggtgcagGTTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCCTTGAAGTCTCCACTTATG
EST: gi|151394091|gb|EV263962.1|EV263962
EST:     ATCTCTCTTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTTTGTGTTTAATAAAGGAAAG                         GTTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCCTTGAAGTCTCCACTTATG
genomic: ATCTCTCTTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTTTGTGTTTAATAAAGGAAAGgtatgtttgt ... gttggtgcagGTTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCCTTGAAGTCTCCACTTATG
EST: gi|192326977|gb|FK019239.1|FK019239
EST:     GTGGATGGGAGCTTTGTGTTTAATAAAGGAAAG                         GTTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCCTTGAAGTCTCCACTTATG
genomic: GTGGATGGGAGCTTTGTGTTTAATAAAGGAAAGgtatgtttgt ... gttggtgcagGTTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCCTTGAAGTCTCCACTTATG
EST: gi|192328654|gb|FK023154.1|FK023154
EST:     ATCTCTCTTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTTTGTGTTTAATAAAGGAAAG                         GTTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCCTTGAAGTCTCCACTTATG
genomic: ATCTCTCTTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTTTGTGTTTAATAAAGGAAAGgtatgtttgt ... gttggtgcagGTTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCCTTGAAGTCTCCACTTATG
EST: gi|151408340|gb|EV278148.1|EV278148
EST:     ATCTCTCTTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTTTGTGTTTAATAAAGGAAAG                         GTTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCCCTTGAAGTCTCCACTTAT
genomic: ATCTCTCTTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTTTGTGTTTAATAAAGGAAAGgtatgtttgt ... gttggtgcagGTTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCC-TTGAAGTCTCCACTTAT
EST: gi|24136625|gb|BU927135.1|BU927135
EST:     ATCTCTCTTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTTTGTGTTTAATAAAGGAAAG                         GTTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCCTTGAAGTCTCCACTTATG
genomic: ATCTCTCTTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTTTGTGTTTAATAAAGGAAAGgtatgtttgt ... gttggtgcagGTTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCCTTGAAGTCTCCACTTATG
EST: gi|151407978|gb|EV277793.1|EV277793
EST:     ATCTCTCTTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTTTGTGTTTAATAAAGGAAAG                         GTTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCCTTGAAGTCTCCACTTATG
genomic: ATCTCTCTTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTTTGTGTTTAATAAAGGAAAGgtatgtttgt ... gttggtgcagGTTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCCTTGAAGTCTCCACTTATG
EST: gi|151411945|gb|EV281756.1|EV281756
EST:     ATCTCTCTTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTTTGTGTTTAATAAAGGAAAG                         GTTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCCTTGAAGTCTCCACTTATG
genomic: ATCTCTCTTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTTTGTGTTTAATAAAGGAAAGgtatgtttgt ... gttggtgcagGTTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCCTTGAAGTCTCCACTTATG
EST: gi|192327650|gb|FK020669.1|FK020669
EST:     ATCTCTCTTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTTTGTGTTTAATTAAGGAAAG                         GTTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCCTTGAAGTCTCCACTTATG
genomic: ATCTCTCTTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTTTGTGTTTAATAAAGGAAAGgtatgtttgt ... gttggtgcagGTTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCCTTGAAGTCTCCACTTATG
EST: gi|17021888|gb|BM092922.1|BM092922
EST:     ATCTCTCTTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTTTGTGTTTAATAAAGGAAAG                         GTTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCCTTGAAGTCTCCACTTATG
genomic: ATCTCTCTTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTTTGTGTTTAATAAAGGAAAGgtatgtttgt ... gttggtgcagGTTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCCTTGAAGTCTCCACTTATG
EST: gi|120532856|gb|EH260989.1|EH260989
EST:     ATCTCTCTTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTTTGTGTTTAATAAAGGAAAG                         GTTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCCTTGAAGTCTCCACTTATG
genomic: ATCTCTCTTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTTTGTGTTTAATAAAGGAAAGgtatgtttgt ... gttggtgcagGTTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCCTTGAAGTCTCCACTTATG
EST: gi|8826330|gb|BE210060.1|BE210060
EST:     ATCTCTCTTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTTTGTGTTTAATAAAGGAAAG                         GTTCATAAGGTGCCCGCACATGACATGGAGGCCTTGAAGTCTCCACTTATG
genomic: ATCTCTCTTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTTTGTGTTTAATAAAGGAAAGgtatgtttgt ... gttggtgcagGTTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCCTTGAAGTCTCCACTTATG
EST: gi|213589680|gb|DB965840.1|DB965840
EST:     ATCTCTCTTTCAAAGCTGTGGACGGGAGCTTTGTGTTTAATAAAGGAAAG                         GTTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCCTTGAAGTCTCCACTTATG
genomic: ATCTCTCTTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTTTGTGTTTAATAAAGGAAAGgtatgtttgt ... gttggtgcagGTTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCCTTGAAGTCTCCACTTATG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttggtttagatgttagatgtcttaattaattgttttgcttgtgggttggtgcagGTTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCCTTGAAGTCTCCACTTATGGGGCTATTTGAAAAACGCCGAGCACGCAAGTTTTTCATTTATGTGCAAA
                        aattaat  putative branch site (score: 3)
                    tcttaattaattgttt  TA-rich tract