Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tacttgtgatcttgggttaagaccctgctacccccaactcccggtatcccgacatgttttccataaattcaaagatcttatactttccttcgctgtgcagGTTGCAAATATGATAAGGTTTTTGGTTGATAGCTATAACAAGCCTGTTCCTGCAATACTTGAAATCCCTTCTAAAGACCATCCTTATGATCCAGCACATG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G09570.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA08G09570.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os02g57854.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
tacttgtgatcttgggttaagaccctgctacccccaac---tcccggtatcccgacatgttttccataaattcaaagatcttatactttccttcgctgtgcagGTTGCAAATATGATAAGGTTTTTGGTTGATAGCTATAACAAGCCTGTTCCTGCAATACTTGAAATCCCTTCTAAAGACCATCCTTATGATCCAGCACATG
  |  |   || | | |  || || |   |            ||    ||    |   ||| |  | |||| |   |||  | | || |  |||  |   |||||||| || |||||||||||  |||| |||||||| |||| ||| |||||||| ||| | || ||||| || || || ||||| ||||| |||||||| |
-gcaagccttcgtagttgtagtccttaggaaattttgtgcagcctaaaatggtcatccgttgtagacaaatcct--gattgttttctgtttttcatttgacagGTTGCGAACATGATAAGGTTCCTGGTGGATAGCTACAACAGGCCCGTTCCTGCTATATTGGAGATCCCATCCAAGGATCATCCGTATGACCCAGCACACG

upper sequence: GLYMA08G09570.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G008232_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
tacttgtgatcttgggttaagaccctgctacccccaactcccggtatcccga-catgttttccataaattcaaagatcttatactttccttcgctgtg-----cagGTTGCAAATATGATAAGGTTTTTGGTTGATAGCTATAACAAGCCTGTTCCTGCAATACTTGAAATCCCTTCTAAAGACCATCCTTATGATCCAGCACATG
        ||| ||          |  ||   ||          ||     | |     |   |||| ||  |         |  |   ||   ||||     ||| |||| || |||||||||||| |||| |||||||| |||||||| || ||||| || || || ||||| || || |||||||| ||||||||||| || |
------aaatcatgaacagtagtaccactgtaccagctaggtaatagaagaaacgcccatcttataagttgtattcctgctgatgtctattaattgtgggtgacagATTGCCAACATGATAAGGTTTCTGGTGGATAGCTACAACAAGCCCGTCCCTGCTATTCTGGAGATCCCATCCAAGGACCATCCATATGATCCAGCGCACG

upper sequence: GLYMA08G09570.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G158766_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
tacttgtgatcttgggttaagaccctgctacccccaact--cccggtatcccgac--atgttttccata-aattcaaagatcttatactttccttcgc-tgtg-cagGTTGCAAATATGATAAGGTTTTTGGTTGATAGCTATAACAAGCCTGTTCCTGCAATACTTGAAATCCCTTCTAAAGACCATCCTTATGATCCAGCACATG
     |     ||| |   | | | ||| |      | |  |  |||   | ||   | ||    | || ||     |   ||  |  | ||  | || |||| ||| |||| || |||||||| ||| |||| |||||||| |||||||| || ||||| || || || ||||| || || |||||||| ||||||||||| || |
-----ggagcattgtg--gaaatcatgcaatgtggtagtagctaggtgatcagagaaacgtccatcttataagctgtatccctgctgatgtctattgcgtgtgacagATTGCCAACATGATAAGATTTCTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTCCCTGCTATTCTGGAGATCCCATCCAAGGACCATCCATATGATCCAGCGCACG

upper sequence: GLYMA08G09570.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: AT4G02620.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 4
tacttgtgatcttgggttaagaccctgctacccccaactcccggtatcccgacatgttt---tccataaattcaaagatcttatactttccttcgctg--tgcagGTTGCAAATATGATAAGGTTTTTGGTTGATAGCTATAACAAGCCTGTTCCTGCAATACTTGAAATCCCTTCTAAAGACCATCCTTATGATCCAGCACATG
      |||  | |  | | |  |||    |      |||       |      |||||   || | ||  ||||| || | ||       ||   ||  || || | || ||||||||  |||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||  | || |||||||| || |||||||| |||||||| || ||||
---acatgaaatagaatgagg--cctatctctatgtgctctatactgcaaagtctgtttctttctacaatgtcaaaaatgtaatgagaaagtttcatgcttgtagATCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTCCTGCAATCTTGGAGATCCCTTCCAAGGACCATCCCTATGATCCTGCTCATG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192319436|gb|FK005876.1|FK005876
EST:     AGAATTTACAACAAGGGAGGATGTTGCAATTTGTGCTGATTAGCCAATAT                         GTTGCAAATATGATAAGGTTTTTGGTTGATAGCTATGACAAGCCTGTTCCT
genomic: AGAATTTACAACAAGGGAGGATGTTGCAA-TTGTGCTGATTAGCCAATATgtaagtcata ... cgctgtgcagGTTGCAAATATGATAAGGTTTTTGGTTGATAGCTATAACAAGCCTGTTCCT
EST: gi|209720495|gb|BW674678.1|BW674678
EST:     AAGAATTTACAACAAGGCAGGATGTTGCAATTGTGCTGATTAGCCAATAT                         GTTGCACATATGATAAGGTTTTTGGTTGATAGCTATAACAAGCCTGTTCCT
genomic: AAGAATTTACAACAAGGGAGGATGTTGCAATTGTGCTGATTAGCCAATATgtaagtcata ... cgctgtgcagGTTGCAAATATGATAAGGTTTTTGGTTGATAGCTATAACAAGCCTGTTCCT
EST: gi|254338552|gb|GR845695.1|GR845695
EST:     AAGAATTTACAACAAGGGAGGATGTTGCAATTGTGCTGATTAGCCAATAT                         GTTGCAAATATGATAAGGTTTTTGGTTGATAGCTATAACAAGCCTGTTCCT
genomic: AAGAATTTACAACAAGGGAGGATGTTGCAATTGTGCTGATTAGCCAATATgtaagtcata ... cgctgtgcagGTTGCAAATATGATAAGGTTTTTGGTTGATAGCTATAACAAGCCTGTTCCT
EST: gi|9984254|gb|BE658362.1|BE658362
EST:     AAGAATTTACAACAAGGGAGGATGTTGCAATTGTGCTGATTAGCCAATAT                         GTTGCAAATATGATAAGGTTTTTGGTTGATAGCTATAACAAGCCTGTTCCT
genomic: AAGAATTTACAACAAGGGAGGATGTTGCAATTGTGCTGATTAGCCAATATgtaagtcata ... cgctgtgcagGTTGCAAATATGATAAGGTTTTTGGTTGATAGCTATAACAAGCCTGTTCCT
EST: gi|31470010|gb|CD412038.1|CD412038
EST:     AAGAATTTACAACAAGGGAGGATGTTGCAATTGTGCTGATTAGCCAATAT                         GTTGCAAATATGATAAGGTTTTTGGTTGATAGCTATAACAAGCCTGTTCCT
genomic: AAGAATTTACAACAAGGGAGGATGTTGCAATTGTGCTGATTAGCCAATATgtaagtcata ... cgctgtgcagGTTGCAAATATGATAAGGTTTTTGGTTGATAGCTATAACAAGCCTGTTCCT
EST: gi|21887354|gb|BQ740567.1|BQ740567
EST:     AAGAATTTACAACAAGGGAGGATGTTGCAATTGTGCTGATTAGCCAATAT                         GTTGCAAATATGATAAGGTTTTTGGTTGATAGCTATAACAAGCCTGTTCCT
genomic: AAGAATTTACAACAAGGGAGGATGTTGCAATTGTGCTGATTAGCCAATATgtaagtcata ... cgctgtgcagGTTGCAAATATGATAAGGTTTTTGGTTGATAGCTATAACAAGCCTGTTCCT
EST: gi|193682983|gb|FK625131.1|FK625131
EST:     AAGAATTTACAACAAGGGAGGATGTTGCAATTGTGCTGATTAGCCAATAT                         GTTGCAAATATGATAAGGTTTTTGGTTGATAGTTATAACAAGCCCGTTCCT
genomic: AAGAATTTACAACAAGGGAGGATGTTGCAATTGTGCTGATTAGCCAATATgtaagtcata ... cgctgtgcagGTTGCAAATATGATAAGGTTTTTGGTTGATAGCTATAACAAGCCTGTTCCT
EST: gi|58016543|gb|CX703285.1|CX703285
EST:     AAGAATTTACAACAAGGGAGGATGTTGCAATTGTGCTGATTAGCCAATAT                         GTTGCAAATATGATAAGGTTTTTGGTTGATAGCTATAACAAGCCTGTTCCT
genomic: AAGAATTTACAACAAGGGAGGATGTTGCAATTGTGCTGATTAGCCAATATgtaagtcata ... cgctgtgcagGTTGCAAATATGATAAGGTTTTTGGTTGATAGCTATAACAAGCCTGTTCCT
EST: gi|298198565|gb|HO040104.1|HO040104
EST:     AAGAATTTACAACAAGGGAGGATGTTGCAATTGTGCTGATTAGCCAATAT                         GTTGCAAATATGATAAGGTTTTTGGTTGATAGCTATAACAAGCCTGTTCCT
genomic: AAGAATTTACAACAAGGGAGGATGTTGCAATTGTGCTGATTAGCCAATATgtaagtcata ... cgctgtgcagGTTGCAAATATGATAAGGTTTTTGGTTGATAGCTATAACAAGCCTGTTCCT
EST: gi|6952212|gb|AW424280.1|AW424280
EST:     AAGAATTTACAACAAGGGAGGATGTTGCAATTGTGCTGATTAGCCAATAT                         GTTGCAAATATGATAAGGTTTTTGGTTGATAGCTATAACAAGCCTGTTCCT
genomic: AAGAATTTACAACAAGGGAGGATGTTGCAATTGTGCTGATTAGCCAATATgtaagtcata ... cgctgtgcagGTTGCAAATATGATAAGGTTTTTGGTTGATAGCTATAACAAGCCTGTTCCT
EST: gi|192294996|gb|FG986715.1|FG986715
EST:     AAGAATTTACAACAAGGGAGGATGTTGCAATTGTGCTGATTAGCCAATAT                         GTTGCAAATATGATAAGGTTTTTGGTTGATAGCTATAACAAGCCTGTTCCT
genomic: AAGAATTTACAACAAGGGAGGATGTTGCAATTGTGCTGATTAGCCAATATgtaagtcata ... cgctgtgcagGTTGCAAATATGATAAGGTTTTTGGTTGATAGCTATAACAAGCCTGTTCCT
EST: gi|193363933|gb|FK332147.1|FK332147
EST:     AAGAATTTACAACAAGGGAGGATGTTGCAATTGTGCTGATTAGCCAATAT                         GTTGCAAATATGATAAGGGTTTTTTGGTTGATAGCTATAACAAGCCTGTTC
genomic: AAGAATTTACAACAAGGGAGGATGTTGCAATTGTGCTGATTAGCCAATATgtaagtcata ... cgctgtgcagGTTGCAAATATGATAAGG-TTTTT-GGTTGATAGCTATAACAAGCCTGTTC
EST: gi|213611466|gb|DB984002.1|DB984002
EST:     AAGAATTTACTTCAAGGGAGGATGTTGCAATTGTGCTGATTAGCCAATAT                         GTTGCAAATATGATAAGGTTTTTGGTTGATAGCTATAACAAGCCTGTTCCT
genomic: AAGAATTTACAACAAGGGAGGATGTTGCAATTGTGCTGATTAGCCAATATgtaagtcata ... cgctgtgcagGTTGCAAATATGATAAGGTTTTTGGTTGATAGCTATAACAAGCCTGTTCCT
EST: gi|213604582|gb|DB966669.1|DB966669
EST:     AAGAATTTACAACAAGGGAGGATGTTGCAATTGTGCTGATTAGCCAATAT                         GTTGCAAATATGATAAGGTTTTTGGTTGATAGCTATAACAAGCCTGTTCCT
genomic: AAGAATTTACAACAAGGGAGGATGTTGCAATTGTGCTGATTAGCCAATATgtaagtcata ... cgctgtgcagGTTGCAAATATGATAAGGTTTTTGGTTGATAGCTATAACAAGCCTGTTCCT
EST: gi|8284082|gb|BE021641.1|BE021641
EST:     AAGAATTTACAACAAGGGAGGATGTTGCAATTGTGCTGATTAGCCAATAT                         GTTGCACATATGATAAGGTTTGTGGTTGATAGCTATAACAAGCCTGTTCCT
genomic: AAGAATTTACAACAAGGGAGGATGTTGCAATTGTGCTGATTAGCCAATATgtaagtcata ... cgctgtgcagGTTGCAAATATGATAAGGTTTTTGGTTGATAGCTATAACAAGCCTGTTCCT
EST: gi|193347072|gb|FK311404.1|FK311404
EST:     AAGAATTTACAACAAGGGAGGATGTTGCAATTGTGCTGATTAGCCAATAT                         GTTGCAAATATGATAAGGTTTTTGGTTGATAGCTATAACAAGCCTGTTCCT
genomic: AAGAATTTACAACAAGGGAGGATGTTGCAATTGTGCTGATTAGCCAATATgtaagtcata ... cgctgtgcagGTTGCAAATATGATAAGGTTTTTGGTTGATAGCTATAACAAGCCTGTTCCT
EST: gi|298165832|gb|HO008803.1|HO008803
EST:     AAGAATTTACAACAAGGGAGGATGTTGCAATTGTGCTGATTAGCCAATAT                         GTTGCAAATATGATAAGGTTTTTGGTTGATAGCTATAACAAGCCTGTTCCT
genomic: AAGAATTTACAACAAGGGAGGATGTTGCAATTGTGCTGATTAGCCAATATgtaagtcata ... cgctgtgcagGTTGCAAATATGATAAGGTTTTTGGTTGATAGCTATAACAAGCCTGTTCCT
EST: gi|213604487|gb|DB983519.1|DB983519
EST:     AAGAATTTACAACAAGGGAGGATGTTGCAATTGTGCTGATTAGCCAATAT                         GTTGCAAATATGATAAGGTTTTTGGTTGATAGCTATAACAAGCCTGTTCCT
genomic: AAGAATTTACAACAAGGGAGGATGTTGCAATTGTGCTGATTAGCCAATATgtaagtcata ... cgctgtgcagGTTGCAAATATGATAAGGTTTTTGGTTGATAGCTATAACAAGCCTGTTCCT
EST: gi|13311850|gb|BG405501.1|BG405501
EST:     AAGAATTTACAACAAGGGAGGATGTTGCAATTGTGCTGATTAGCCAATAT                         GTTGCAAATATGATAAGGTTTTTGGTTGATAGCTATAACAAGCCTGTTCCT
genomic: AAGAATTTACAACAAGGGAGGATGTTGCAATTGTGCTGATTAGCCAATATgtaagtcata ... cgctgtgcagGTTGCAAATATGATAAGGTTTTTGGTTGATAGCTATAACAAGCCTGTTCCT
EST: gi|208299834|gb|GE099613.1|GE099613
EST:     AAGAATTTACAACAAGGGAGGATGTTGCAATTGTGCTGATTAGCCAATAT                         GTTGCAAATATGATAAGGTTTTTGGTTGATAGCTATAACAAGCCTGTTCCT
genomic: AAGAATTTACAACAAGGGAGGATGTTGCAATTGTGCTGATTAGCCAATATgtaagtcata ... cgctgtgcagGTTGCAAATATGATAAGGTTTTTGGTTGATAGCTATAACAAGCCTGTTCCT
EST: gi|298182781|gb|HO031516.1|HO031516
EST:     AAGAATTTACAACAAGGGAGGATGTTGCAATTGTGCTGATTAGCCGATAT                         GTTGCAAATATGATAAGGTTTTTGGTTGATAGCTATAACAAGCCTGTTCCT
genomic: AAGAATTTACAACAAGGGAGGATGTTGCAATTGTGCTGATTAGCCAATATgtaagtcata ... cgctgtgcagGTTGCAAATATGATAAGGTTTTTGGTTGATAGCTATAACAAGCCTGTTCCT
EST: gi|207830956|gb|GD805014.1|GD805014
EST:     CAATTGTGCTGATTAGCCAATAT                         GTTGCAAATATGATAAGGTTTTTGGTTGATAGCTATAACAAGCCTGTTCCT
genomic: CAATTGTGCTGATTAGCCAATATgtaagtcata ... cgctgtgcagGTTGCAAATATGATAAGGTTTTTGGTTGATAGCTATAACAAGCCTGTTCCT
EST: gi|15813300|gb|BI785575.1|BI785575
EST:     AAGAATTTACAACAAGGGAGGATGTTGCAATTGTGCTGATTAGCCAATAT                         GTTGCAAATATGATAAGGTTTTTGGTTGATAGCTATAACAAGCCTGTTCCT
genomic: AAGAATTTACAACAAGGGAGGATGTTGCAATTGTGCTGATTAGCCAATATgtaagtcata ... cgctgtgcagGTTGCAAATATGATAAGGTTTTTGGTTGATAGCTATAACAAGCCTGTTCCT
EST: gi|6724545|gb|AW308944.1|AW308944
EST:     AAGAATTTACAACAAGGGAGGATGTTGCAATTGTGCTGATTAGCCAATAT                         GTTGCAAATATGATAAGGTTTTTGGTTGATAGCTATAACAAGCCTGTTNCT
genomic: AAGAATTTACAACAAGGGAGGATGTTGCAATTGTGCTGATTAGCCAATATgtaagtcata ... cgctgtgcagGTTGCAAATATGATAAGGTTTTTGGTTGATAGCTATAACAAGCCTGTTCCT
EST: gi|13252581|gb|BG363484.1|BG363484
EST:     AGAATTTACAACAAGGGAGGGATGTTGCAATTGTGCTGATTAGCCAATAT                         GTTGCAAATATGATAAGGTTTNTTGGTTGATAGCTATAACAAGCCTGTTCC
genomic: AGAATTTACAACAAGGGAGG-ATGTTGCAATTGTGCTGATTAGCCAATATgtaagtcata ... cgctgtgcagGTTGCAAATATGATAAGGTTT-TTGGTTGATAGCTATAACAAGCCTGTTCC
EST: gi|254338553|gb|GR845696.1|GR845696
EST:     AAGAATTTACAACAAGGGAGGATGTTGCAATTGTGCTGATTAGCCAATAT                         GTTGCAAATATGATAAGGTTTTTGGTTGATAGCTATAACAAGCCTGTTCCT
genomic: AAGAATTTACAACAAGGGAGGATGTTGCAATTGTGCTGATTAGCCAATATgtaagtcata ... cgctgtgcagGTTGCAAATATGATAAGGTTTTTGGTTGATAGCTATAACAAGCCTGTTCCT
EST: gi|12497052|gb|BG047373.1|BG047373
EST:     AAGAATTTACAACAAGGGAGGATGTTGCAATTGTGCTGATTAGCCAATAT                         GTTGCAAATATGATAAGGTTTTTGGTTGATAGCTATAACAAGCCTGTTCCT
genomic: AAGAATTTACAACAAGGGAGGATGTTGCAATTGTGCTGATTAGCCAATATgtaagtcata ... cgctgtgcagGTTGCAAATATGATAAGGTTTTTGGTTGATAGCTATAACAAGCCTGTTCCT
EST: gi|213594238|gb|DB966139.1|DB966139
EST:     AAGAATTTACAACAAGGGAGGATGTTGCAATTGTGCTGATTAGCCAATAT                         GTTGCAAATATGATAAGGTTTTTGGTTGATAGCTATAACAAGCCTGTTCCT
genomic: AAGAATTTACAACAAGGGAGGATGTTGCAATTGTGCTGATTAGCCAATATgtaagtcata ... cgctgtgcagGTTGCAAATATGATAAGGTTTTTGGTTGATAGCTATAACAAGCCTGTTCCT
EST: gi|31468449|gb|CD410477.1|CD410477
EST:     GGAGGATGTTGCAATTGTGCTGATTAGCCGATAT                         GTTGCAAATATGATAAGGTTTTTGGTTGATAGCTATAACAAGCCTGTTCCT
genomic: GGAGGATGTTGCAATTGTGCTGATTAGCCAATATgtaagtcata ... cgctgtgcagGTTGCAAATATGATAAGGTTTTTGGTTGATAGCTATAACAAGCCTGTTCCT
EST: gi|193413995|gb|FK376589.1|FK376589
EST:     AAGAATTTACAACAAGGGAGGATGTTGCAATTGTGCTGATTAGCCAATAT                         GTTGCAAATATGATAAGGTTTTTGGTTGATAGCTAATAAACAAGCCTGTTC
genomic: AAGAATTTACAACAAGGGAGGATGTTGCAATTGTGCTGATTAGCCAATATgtaagtcata ... cgctgtgcagGTTGCAAATATGATAAGGTTTTTGGTTGATAGCTA-TAA-CAAGCCTGTTC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atcccgacatgttttccataaattcaaagatcttatactttccttcgctgtgcagGTTGCAAATATGATAAGGTTTTTGGTTGATAGCTATAACAAGCCTGTTCCTGCAATACTTGAAATCCCTTCTAAAGACCATCCTTATGATCCAGCACATG
                              tcttatactttccttc  CT-rich tract
                 ataaattcaaagat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tacttgtgatcttgggttaagaccctgctacccccaactcccggtatcccgacatgttttccataaattcaaagatcttatactttccttcgctgtgcagGTTGCAAATATGATAAGGTTTTTGGTTGATAGCTATAACAAGCCTGTTCCTGCAATACTTGAAATCCCTTCTAAAGACCATCCTTATGATCCAGCACATG

-acttgtg
- - - - - - - - - -agaccct
- - - - - - - - - - - - - -ctacccc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctcccgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cccgaca