Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttagttgatgattctctttcccgttttgggtgcaattgtgtactaaacacattaatataaaataatattaattttgagttagattttattattatgataatgtgaatttgaggttttgaactctgaacttattgcatcattgtgcagGCCTGAGTTACTAGGTTCACTGGATGCATATGCTGCTTCAGTTCATGAATATAAAATCCCCCCTAAAGCTCTCCAGGGATTACATTCATATTGTCCTGTT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G08190.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|209722154|gb|BW651221.1|BW651221
EST:     GCTGTTATCTTGAAGTTTGAACTCATGCATGCTCCTATAATTGAAACTGG                         GCCTGAGTTACTAGGTTCACTGGATGCATATGCTGCTTCAGTTCATGAATA
genomic: GCTGTTATCTTGAAGTTTGAACTCATGCATGCTCCTATAATTGAAACTGGgttagttgat ... cattgtgcagGCCTGAGTTACTAGGTTCACTGGATGCATATGCTGCTTCAGTTCATGAATA
EST: gi|208117289|gb|GD918203.1|GD918203
EST:     GCTGTTATCTTGAAGTTTGAACTCATGCATGCTCCTATAATTGAAACTGG                         GCCTGAGTTACTAGGTTCACTGGATGCATAT
genomic: GCTGTTATCTTGAAGTTTGAACTCATGCATGCTCCTATAATTGAAACTGGgttagttgat ... cattgtgcagGCCTGAGTTACTAGGTTCACTGGATGCATAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatgataatgtgaatttgaggttttgaactctgaacttattgcatcattgtgcagGCCTGAGTTACTAGGTTCACTGGATGCATATGCTGCTTCAGTTCATGAATATAAAATCCCCCCTAAAGCTCTCCAGGGATTACATTCATATTGTCCTGTT
                                 aacttatt  TA-rich tract