Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtttctataatactaccatatgtatggttttatctcttaaggaaaattcttgtgtttatgaccgtatgatactggatatatatatgtattcagGTGTATTTCGAATCAGATGATGTTCAGGCTGCAATTGTGACATGTGGTGGTCTATGCCCTGGCCTCAACACCGTCATTAGGGAACTAGTATGTGCACTAT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G03570.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA08G03570.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os06g05860.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
gtatgtttctataatactaccatatgtatggttttatctcttaaggaaaattcttgtgtttatgaccgtatgatactggatatatatatgtattcagGTGTATTTCGAATCAGATGATGTTCAGGCTGCAATTGTGACATGTGGTGGTCTATGCCCTGGCCTCAACACCGTCATTAGGGAACTAGTATGTGCACTAT
|||| |  | ||  || |   |||   |      ||  | |  |  |||| | || | ||| |  |        |||  |||| |||   |  |||||||| ||| ||||| ||||| || || ||    ||||| |||||||| || || |||||||| || ||||| |||||||||||| | |||||||   |||
gtatataac-attgtattcatatactaacacaaataagt-tggaaaaaaactattctttttttctc--------acttcatat-tattcctggtcagGTGTTTTTTGAATCGGATGAGGTCCATGCATGCATTGTCACATGTGGAGGACTGTGCCCTGGACTGAACACTGTCATTAGGGAAATTGTATGTGGCTTAT

upper sequence: GLYMA08G03570.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: Vv11s0016g02850.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
gtatgtttctataatactaccatatgtatgg--ttttatctcttaaggaaaattcttgtgtttatgaccgtatgatactggatatatatatgtattcagGTGTATTTCGAATCAGATGATGTTCAGGCTGCAATTGTGACATGTGGTGGTCTATGCCCTGGCCTCAACACCGTCATTAGGGAACTAGTATGTGCACTAT
||| || | | |     |   ||||  ||||  ||| |  |  |||   | | |    | | | | | | |||  |  ||| | | |       | ||||||||||| || || ||||| ||||| ||    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||   |  
gtaagtctttgt----ttgttatattcatggaatttgaaatgataaaagacaataggttttctcttaacatattcttttgggttttt------ttccagGTGTATTTTGAGTCTGATGAAGTTCATGCATGTATTGTGACATGTGGTGGTTTATGCCCTGGCCTCAACACAGTGATTAGGGAAATAGTATGTGGCTTGA


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaggaaaattcttgtgtttatgaccgtatgatactggatatatatatgtattcagGTGTATTTCGAATCAGATGATGTTCAGGCTGCAATTGTGACATGTGGTGGTCTATGCCCTGGCCTCAACACCGTCATTAGGGAACTAGTATGTGCACTAT
                                     atatatatatgtattc  TA-rich tract