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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagcccattatcatattctatgttgctccatgcattggatcatgaaacttaatcattttgtcctgttctaaatttctacagCACCTCCATTGAAATTGATTGACTTGCCTGGATTGGACCAGCGGATAGTGGATGACAAAATGGTGAGTAGGTATATGTTATCTTGTCCTAAGTTTAAATT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA07G40300.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA07G40300.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: AT1G59610.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 4
---------------------gtaagcccattatcatattctatgttgctccatgcattggatcatgaaacttaatcattttgtcctgttctaaattt-ctacagCACCTCCATTGAAATTGATTGACTTGCCTGGATTGGACCAGCGGATAGTGGATGACAAAATGGTGAGTAGGTATATGTTATCTTGTCCTAAGTTTAAATT
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ctaacttaaatgttctctttggaacatgaattatcacatatcgt-ttgttt--tgtactggtttctgtaatc--atcataacatatttttcccttttaattgcagCTCCACCACTGAAATTGATTGATTTGCCTGGACTGGACCAGCGAATTGTGGACGATTCTATG--------------------------------------


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tccatgcattggatcatgaaacttaatcattttgtcctgttctaaatttctacagCACCTCCATTGAAATTGATTGACTTGCCTGGATTGGACCAGCGGATAGTGGATGACAAAATGGTGAGTAGGTATATGTTATCTTGTCCTAAGTTTAAATT
                                       ttctaaa  putative branch site (score: 2)
                                              tttctac  CT-rich tract
                  aaacttaatcatttt  TA-rich tract