Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtattgttgtctgtcagtgtattttattttccatttcatttacctatgttcactgtgtgtgttcactttgttgtattatgaatgtccagGTATGATGCAACAGTTGAGGCTTATACACCAAATGGTTATTATGTAAGCTATGACAATTGGGGTAATAAAGAAGAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA07G40240.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|298191400|gb|HO038879.1|HO038879
EST:     CTTCCTGTTGGCACCAAAGTTCAGGCAGTTTGGAGTGAAGATGGGGAGTG                         GTATGATGCAACAGTTGAGGCTTATACACCAAATGGTTATTATGTAAGCTA
genomic: CTTCCTGTTGGCACCAAAGTTCAGGCAGTTTGGAGTGAAGATGGGGAGTGgtattgttgt ... gaatgtccagGTATGATGCAACAGTTGAGGCTTATACACCAAATGGTTATTATGTAAGCTA
EST: gi|193333158|gb|FK300008.1|FK300008
EST:     CTTCCTGTTGGCACCAAAGTTCAGGCAGTTTGGAGTGAAGATGGGGAGTG                         GTATGATGCAACAGTTGAGGCTTATACACCAAATGGTTATTATGTAAGCTA
genomic: CTTCCTGTTGGCACCAAAGTTCAGGCAGTTTGGAGTGAAGATGGGGAGTGgtattgttgt ... gaatgtccagGTATGATGCAACAGTTGAGGCTTATACACCAAATGGTTATTATGTAAGCTA
EST: gi|298168743|gb|HO009673.1|HO009673
EST:     CTTCCTGTTGGCACCAAAGTTCAGGCAGTTTGGAGTGAAGATGGGGAGTG                         GTATGATGCAACAGTTGAGGCTTATACACCAAATGGTTATTATGTAAGCTA
genomic: CTTCCTGTTGGCACCAAAGTTCAGGCAGTTTGGAGTGAAGATGGGGAGTGgtattgttgt ... gaatgtccagGTATGATGCAACAGTTGAGGCTTATACACCAAATGGTTATTATGTAAGCTA
EST: gi|8669105|gb|BE190212.1|BE190212
EST:     CTTCCTGTTGGCACCAAAGTTCANGCAGTTTGGAGTGAAGATGGGGAGTG                         GTATGATGCAACAGTTGAGGCTTATACACCAAATGGTTATTATGTAAGCTA
genomic: CTTCCTGTTGGCACCAAAGTTCAGGCAGTTTGGAGTGAAGATGGGGAGTGgtattgttgt ... gaatgtccagGTATGATGCAACAGTTGAGGCTTATACACCAAATGGTTATTATGTAAGCTA
EST: gi|298172500|gb|HO019540.1|HO019540
EST:     CTTCCTGTTGGCACCAAAGTTCAGGCAGTTTGGAGTGAAGATGGGGAGTG                         GTATGATGCAACAGTTGAGGCTTATACACCAAATGGTTATTATGTAAGCTA
genomic: CTTCCTGTTGGCACCAAAGTTCAGGCAGTTTGGAGTGAAGATGGGGAGTGgtattgttgt ... gaatgtccagGTATGATGCAACAGTTGAGGCTTATACACCAAATGGTTATTATGTAAGCTA
EST: gi|9820674|gb|BE556184.1|BE556184
EST:     CTTCCTGTTGGCACCAAAGTTCAGGCAGTTTGGAGTGAAGATGGGGAGTG                         GTATGATGCAACAGTTGAGGCTTATACACCAAATGGTTATTATGTAAGCTA
genomic: CTTCCTGTTGGCACCAAAGTTCAGGCAGTTTGGAGTGAAGATGGGGAGTGgtattgttgt ... gaatgtccagGTATGATGCAACAGTTGAGGCTTATACACCAAATGGTTATTATGTAAGCTA
EST: gi|21675141|gb|BQ627501.1|BQ627501
EST:     CTTCCTGTTGGCACCAAAGTTCAGGCAGTTTGGAGTGAAGATGGGGAGTG                         GTATGATGCAACAGTTGAGGCTTATACACCAAATGGTTATTATGTAAGCTA
genomic: CTTCCTGTTGGCACCAAAGTTCAGGCAGTTTGGAGTGAAGATGGGGAGTGgtattgttgt ... gaatgtccagGTATGATGCAACAGTTGAGGCTTATACACCAAATGGTTATTATGTAAGCTA
EST: gi|151393165|gb|EV263040.1|EV263040
EST:     CTTCCTGTTGGCACCAAAGTTCAGGCAGTTTGGAGTGAAGATGGGGAGTG                         GTATGATGCAACAGTTGAGGCTTATACACCAAATGGTTATTATGTAAGCTA
genomic: CTTCCTGTTGGCACCAAAGTTCAGGCAGTTTGGAGTGAAGATGGGGAGTGgtattgttgt ... gaatgtccagGTATGATGCAACAGTTGAGGCTTATACACCAAATGGTTATTATGTAAGCTA
EST: gi|37995015|gb|CF806604.1|CF806604
EST:     CTTCCTGTTGGCACCAAAGTTCAGGCAGTTTGGAGTGAAGATGGGGAGTG                         GTATGATGCAACAGTTGAGGCTTATACACCAAATGGTTATTATGTAAGCTA
genomic: CTTCCTGTTGGCACCAAAGTTCAGGCAGTTTGGAGTGAAGATGGGGAGTGgtattgttgt ... gaatgtccagGTATGATGCAACAGTTGAGGCTTATACACCAAATGGTTATTATGTAAGCTA
EST: gi|192331101|gb|FK020321.1|FK020321
EST:     CTTCCTGTTGGCACCAAAGTTCAGGCAGTTTGGAGTGAAGATGGGGAGTG                         GTATGATGCAACAGTTGAGGCTTATACACCAAATGGTTATTATGTAAGCTA
genomic: CTTCCTGTTGGCACCAAAGTTCAGGCAGTTTGGAGTGAAGATGGGGAGTGgtattgttgt ... gaatgtccagGTATGATGCAACAGTTGAGGCTTATACACCAAATGGTTATTATGTAAGCTA
EST: gi|9564643|gb|BE474152.1|BE474152
EST:     CTTCCTGTTGGCACCAAAGTTCAGGCAGTTTGGAGTGAAGATGGGGAGTG                         GTATGATGCAACAGTTGAGGCTTATACACCAAATGGTTATTATGTAAGCTA
genomic: CTTCCTGTTGGCACCAAAGTTCAGGCAGTTTGGAGTGAAGATGGGGAGTGgtattgttgt ... gaatgtccagGTATGATGCAACAGTTGAGGCTTATACACCAAATGGTTATTATGTAAGCTA
EST: gi|192334366|gb|FK025543.1|FK025543
EST:     CTTCCTGTTGGCACCAAAGTTCAGGCAGTTTGGAGTGAAGATGGGGAGTG                         GTATGATGCAACAGTTGAGGCTTATACACCAAATGGTTATTATGTAAGCTA
genomic: CTTCCTGTTGGCACCAAAGTTCAGGCAGTTTGGAGTGAAGATGGGGAGTGgtattgttgt ... gaatgtccagGTATGATGCAACAGTTGAGGCTTATACACCAAATGGTTATTATGTAAGCTA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttcatttacctatgttcactgtgtgtgttcactttgttgtattatgaatgtccagGTATGATGCAACAGTTGAGGCTTATACACCAAATGGTTATTATGTAAGCTATGACAATTGGGGTAATAAAGAAGAG
                                       tattatgaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtattgttgtctgtcagtgtattttattttccatttcatttacctatgttcactgtgtgtgttcactttgttgtattatgaatgtccagGTATGATGCAACAGTTGAGGCTTATACACCAAATGGTTATTATGTAAGCTATGACAATTGGGGTAATAAAGAAGAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAAG