Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tagttttttcctcctcccctgtgtaattgttaatcatgaactatttatttagtgattctctaagtgacattatgttataatctccttttctcatctgcagGGAATGGGTTCCGAGATTAAATGTGAATCTCTGGATATTTTATGTGATGTCCTTCATAAATTTGGGAATCTAATGGCAGCGGATCATGAACTATTATTAA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA07G40230.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA07G40230.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: Vv12s0035g01840.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
-tagttttttcctcctcccctgtgtaattgttaatcatgaactatttatttagtgattctctaagtgacattatgttataatctccttttctcatctgcagGGAATGGGTTCCGAGATTAAATGTGAATCTCTGGATATTTTATGTGATGTCCTTCATAAATTTGGGAATCTAATGGCAGCGGATCATGAACTATTATTAA
 || | ||| |         | ||| | | || ||  |  |   |||    | | |     || |     || || | |    || | ||||  ||  |||||||||    | ||||| |||||||||| ||| || ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||| | || ||||||||| ||||| 
ataatatttccacttagttatttgttactattgattttatatattttcaaaactaagctcttaggctttcttctgattttggttc-tgttcttttccccagGGAATGACCACGGAGATGAAATGTGAATGTCTTGACATTTTGTGTGATGTTCTTCACAAATTTGGGAATCTTATGGCAACCGACCATGAACTACTATTAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208247703|gb|GE048493.1|GE048493
EST:     CTATTCTCCAGACTCTCACGCCGCAATTGATAAGAGGAATTACTGGTCCT                         GGAATGGGTTCCGAGATTAAATGTGAA
genomic: CTATTCTCCAGACTCTCACGCCGCAATTGATAAGAGGAATTACTGGTCCTgtaagtttgt ... tcatctgcagGGAATGGGTTCCGAGATTAAATGTGAA
EST: gi|193344051|gb|FK311965.1|FK311965
EST:     CTATTCTCCAGACTCTCACGCCGCAATTGATAAGAGGAATTACTGGTCCT                         GGAATGGGTTCCGAGATTAAATGTGAATCTCTGGATATTTTATGTGATGTC
genomic: CTATTCTCCAGACTCTCACGCCGCAATTGATAAGAGGAATTACTGGTCCTgtaagtttgt ... tcatctgcagGGAATGGGTTCCGAGATTAAATGTGAATCTCTGGATATTTTATGTGATGTC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatttagtgattctctaagtgacattatgttataatctccttttctcatctgcagGGAATGGGTTCCGAGATTAAATGTGAATCTCTGGATATTTTATGTGATGTCCTTCATAAATTTGGGAATCTAATGGCAGCGGATCATGAACTATTATTAA
                                   tctccttttctcatct  CT-rich tract
                     acattatgttataat  TA-rich tract