1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...tagggaatatttgcccttctcattaaggaagttcttttcattgatattttcatggcatccataaattatttgatctacaattgctgcatgttatttgtagGATCCTTTAAATGCAATGGTGATATTATGTGATGCAAAGCTTCAAGAGCTACTTGGATGTGAAAGCATTTCTGCTTTAGGAATACCAGAGATGTTAGCAC
species | Glycine max |
transcript | GLYMA07G39530.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTGAAGCCATAAGACTTGTTTGGGAGTACATCAAGCTTCACCATTTGGAG GATCCTTTAAATGCAATGGTGATATTATGTGATGCAAAGCTTCAAGAGCTAEST: gi|192305693|gb|FG998365.1|FG998365
genomic: CTGAAGCCATAAGACTTGTTTGGGAGTACATCAAGCTTCACCATTTGGAGgtgtgtagcc ... ttatttgtagGATCCTTTAAATGCAATGGTGATATTATGTGATGCAAAGCTTCAAGAGCTA
EST: CTGAAGCCATAAGACTTGTTTGGGAGTACATCAAGCTTCCCCATTTGGAG GATCCTTTAAATGCAATGGTGATATTATGTGATGCAAAGCTTCAAGAGCTAEST: gi|10255504|gb|BE823270.1|BE823270
genomic: CTGAAGCCATAAGACTTGTTTGGGAGTACATCAAGCTTCACCATTTGGAGgtgtgtagcc ... ttatttgtagGATCCTTTAAATGCAATGGTGATATTATGTGATGCAAAGCTTCAAGAGCTA
EST: CTGAAGCCATAAGACTTGTTTGGGAGTACATCAAGCTTCACCATTTGGAG GATCCTTTAAATGCAATGGTGATATTATGTGATGCAAAGCTTCAAGAGCTAEST: gi|192306779|gb|FG998146.1|FG998146
genomic: CTGAAGCCATAAGACTTGTTTGGGAGTACATCAAGCTTCACCATTTGGAGgtgtgtagcc ... ttatttgtagGATCCTTTAAATGCAATGGTGATATTATGTGATGCAAAGCTTCAAGAGCTA
EST: CTGAAGCCATAAGACTTGTTTGGGAGTACATCAAGCTTCACCATTTGGAG GATCCTTTAAATGCAATGGTGATATTATGTGATGCAAAGCTTCAAGAGCTAEST: gi|193469063|gb|FK433715.1|FK433715
genomic: CTGAAGCCATAAGACTTGTTTGGGAGTACATCAAGCTTCACCATTTGGAGgtgtgtagcc ... ttatttgtagGATCCTTTAAATGCAATGGTGATATTATGTGATGCAAAGCTTCAAGAGCTA
EST: GAGTACATCAAGCTTCACCATTTGGAG GATCCTTTAAATGCAATGGTGATATTATGTGATGCAAAGCTTCAAGAGCTAEST: gi|7042324|gb|AW472218.1|AW472218
genomic: GAGTACATCAAGCTTCACCATTTGGAGgtgtgtagcc ... ttatttgtagGATCCTTTAAATGCAATGGTGATATTATGTGATGCAAAGCTTCAAGAGCTA
EST: CTGAAGCCATAAGACTTGTTTGGGAGTACATCAAGCTTCACCATTTGGAG GATCCTTTAAATGCAATGGTGATATTATGTGATGCAAAGCTTCAAGAGCTA
genomic: CTGAAGCCATAAGACTTGTTTGGGAGTACATCAAGCTTCACCATTTGGAGgtgtgtagcc ... ttatttgtagGATCCTTTAAATGCAATGGTGATATTATGTGATGCAAAGCTTCAAGAGCTA
attttcatggcatccataaattatttgatctacaattgctgcatgttatttgtagGATCCTTTAAATGCAATGGTGATATTATGTGATGCAAAGCTTCAAGAGCTACTTGGATGTGAAAGCATTTCTGCTTTAGGAATACCAGAGATGTTAGCAC
atttgat putative branch site (score: 5)
ataaattatttgatct TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tagggaatatttgcccttctcattaaggaagttcttttcattgatattttcatggcatccataaattatttgatctacaattgctgcatgttatttgtagGATCCTTTAAATGCAATGGTGATATTATGTGATGCAAAGCTTCAAGAGCTACTTGGATGTGAAAGCATTTCTGCTTTAGGAATACCAGAGATGTTAGCAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - ccttctc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gcatcca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttgctgc