Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tcttgattgacagaataaaaatatttacatttatagtgtatcaaaattattacttaattagtgaatgaccttctacatgtcctgtatgtgtaattgacagTTTGCTCGACTTTACCCTCTGGACCAAAAGGATTTGGCTCCTGCCTTGCGACCAGTTGATTTTGGTGTGCCTATTCCATCCAAGGTTGAGGTTGAATGTT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA07G05070.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58014278|gb|CX701020.1|CX701020
EST:     TTGCTAAGAGTATGAGCAAGCCTGTTTATGTGGCTGCTGAAAGCTACAAG                         TTTGCTCGACTTTACCCTCTGGACCAAAAGGATTTGGCTCCTGCCTTGCGA
genomic: TTGCTAAGAGTATGAGCAAGCCTGTTTATGTGGCTGCTGAAAGCTACAAGgtaagcttgc ... taattgacagTTTGCTCGACTTTACCCTCTGGACCAAAAGGATTTGGCTCCTGCCTTGCGA
EST: gi|58017505|gb|CX704247.1|CX704247
EST:     TTGCTAAGAGTATGAGCAAGCCTGTTTATGTGGCTGCTGAAAGCTACAAG                         TTTGCTCGACTTTACCCTCTGGACCAAAAGGATTTGGCTCCTGCCTTGCGA
genomic: TTGCTAAGAGTATGAGCAAGCCTGTTTATGTGGCTGCTGAAAGCTACAAGgtaagcttgc ... taattgacagTTTGCTCGACTTTACCCTCTGGACCAAAAGGATTTGGCTCCTGCCTTGCGA
EST: gi|192327454|gb|FK019611.1|FK019611
EST:     TTGCTAAGAGTATGAGCAAGCCTGTTTATGTGGCTGCTGAAAGCTACAAG                         TTTGCTCGACTTTACCCTCTGGACCAAAAGGATTTGGCTCCTGCCTTGCGA
genomic: TTGCTAAGAGTATGAGCAAGCCTGTTTATGTGGCTGCTGAAAGCTACAAGgtaagcttgc ... taattgacagTTTGCTCGACTTTACCCTCTGGACCAAAAGGATTTGGCTCCTGCCTTGCGA
EST: gi|22933115|gb|BU550254.1|BU550254
EST:     TTGCTAAGAGTATGAGCAAGCCTGTTTATGTGGCTGCTGAAAGCTACAAG                         TTTGCTCGACTTTACCCTCTGGACCAAAAGGATTTGGCTCCTGCCTTGCGA
genomic: TTGCTAAGAGTATGAGCAAGCCTGTTTATGTGGCTGCTGAAAGCTACAAGgtaagcttgc ... taattgacagTTTGCTCGACTTTACCCTCTGGACCAAAAGGATTTGGCTCCTGCCTTGCGA
EST: gi|58017653|gb|CX704395.1|CX704395
EST:     TTGCTAAGAGTATGAGCAAGCCTGTTTATGTGGCTGCTGAAAGCTACAAG                         TTTGCTCGACTTTACCCTCTGGACCAAAAGGATTTGGCTCCTGCCTTGCGA
genomic: TTGCTAAGAGTATGAGCAAGCCTGTTTATGTGGCTGCTGAAAGCTACAAGgtaagcttgc ... taattgacagTTTGCTCGACTTTACCCTCTGGACCAAAAGGATTTGGCTCCTGCCTTGCGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

attattacttaattagtgaatgaccttctacatgtcctgtatgtgtaattgacagTTTGCTCGACTTTACCCTCTGGACCAAAAGGATTTGGCTCCTGCCTTGCGACCAGTTGATTTTGGTGTGCCTATTCCATCCAAGGTTGAGGTTGAATGTT
      acttaat  putative branch site (score: 4)
     tacttaatta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tcttgattgacagaataaaaatatttacatttatagtgtatcaaaattattacttaattagtgaatgaccttctacatgtcctgtatgtgtaattgacagTTTGCTCGACTTTACCCTCTGGACCAAAAGGATTTGGCTCCTGCCTTGCGACCAGTTGATTTTGGTGTGCCTATTCCATCCAAGGTTGAGGTTGAATGTT

- - - - - - - - aaaaata
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgaatga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtatgt