Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ctttttacaatgccaatgatgttctgtagatcaagcatagctaaatctaactatagaattgaatgacttatgctgaccaaaagtcgtgattaattgatagATTGCGTGGGTAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATGCTTATCAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G15890.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|209708698|gb|BW678879.1|BW678879
EST:     GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT                         ATTGCGTGGGTAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATG
genomic: GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTTgtaagtaact ... taattgatagATTGCGTGGGTAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATG
EST: gi|193607362|gb|FK558249.1|FK558249
EST:     GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT                         ATTGCGTGGGTAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATG
genomic: GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTTgtaagtaact ... taattgatagATTGCGTGGGTAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATG
EST: gi|192316855|gb|FK006082.1|FK006082
EST:     GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT                         ATTGCGTGGGTAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATG
genomic: GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTTgtaagtaact ... taattgatagATTGCGTGGGTAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATG
EST: gi|151403156|gb|EV272966.1|EV272966
EST:     GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT                         ATTGCGTGGGTAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATG
genomic: GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTTgtaagtaact ... taattgatagATTGCGTGGGTAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATG
EST: gi|213600560|gb|DB960108.1|DB960108
EST:     GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT                         ATTGCGTGGGTAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATG
genomic: GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTTgtaagtaact ... taattgatagATTGCGTGGGTAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATG
EST: gi|192317603|gb|FK008999.1|FK008999
EST:     GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT                         ATTGCGTGGGTAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATG
genomic: GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTTgtaagtaact ... taattgatagATTGCGTGGGTAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATG
EST: gi|209706472|gb|BW670831.1|BW670831
EST:     GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT                         ATTGCGTGGGTAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATG
genomic: GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTTgtaagtaact ... taattgatagATTGCGTGGGTAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATG
EST: gi|19345850|gb|BM890730.1|BM890730
EST:     GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT                         ATTGCGTGGGTAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATG
genomic: GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTTgtaagtaact ... taattgatagATTGCGTGGGTAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATG
EST: gi|193691839|gb|FK631538.1|FK631538
EST:     GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT                         ATTGCGTGGGTAGGGGTCCCCACTGCTACCAAGCATGGCTTCCTACGGACA
genomic: GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTTgtaagtaact ... taattgatagATTGCGTGGGTAGGGGTCCCCACTGCT-CC-AGCATGGCTTCCTACGGACA
EST: gi|298178035|gb|HO023884.1|HO023884
EST:     GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT                         ATTGCGTGGGTAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATG
genomic: GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTTgtaagtaact ... taattgatagATTGCGTGGGTAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATG
EST: gi|192317604|gb|FK009000.1|FK009000
EST:     GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT                         ATTGCGTGGGTAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATG
genomic: GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTTgtaagtaact ... taattgatagATTGCGTGGGTAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATG
EST: gi|213603478|gb|DB966629.1|DB966629
EST:     GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT                         ATTGCGTGGGTAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATG
genomic: GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTTgtaagtaact ... taattgatagATTGCGTGGGTAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATG
EST: gi|31306990|gb|CD392193.1|CD392193
EST:     GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT                         ATTGCGTGGTTAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATG
genomic: GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTTgtaagtaact ... taattgatagATTGCGTGGGTAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATG
EST: gi|209712066|gb|BW674213.1|BW674213
EST:     GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT                         ATTGCGTGGGTAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATG
genomic: GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTTgtaagtaact ... taattgatagATTGCGTGGGTAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATG
EST: gi|209708699|gb|BW678880.1|BW678880
EST:     GTCCAGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT                         ATTGCGTGGGTAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATG
genomic: GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTTgtaagtaact ... taattgatagATTGCGTGGGTAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATG
EST: gi|120530396|gb|EH258529.1|EH258529
EST:     GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT                         ATTGCGTGGGTAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATG
genomic: GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTTgtaagtaact ... taattgatagATTGCGTGGGTAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATG
EST: gi|151401315|gb|EV271129.1|EV271129
EST:     GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT                         ATTGCGTGGGGTAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACAT
genomic: GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTTgtaagtaact ... taattgatagATTGCGTGGG-TAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACAT
EST: gi|298177637|gb|HO027304.1|HO027304
EST:     GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT                         ATTGCGTGGGTAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATG
genomic: GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTTgtaagtaact ... taattgatagATTGCGTGGGTAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATG
EST: gi|151403653|gb|EV273463.1|EV273463
EST:     GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT                         ATTGCGTGGGTAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATG
genomic: GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTTgtaagtaact ... taattgatagATTGCGTGGGTAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATG
EST: gi|209711472|gb|BW665224.1|BW665224
EST:     GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT                         ATTGCGTGGGTAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATG
genomic: GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTTgtaagtaact ... taattgatagATTGCGTGGGTAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATG
EST: gi|213617933|gb|DB957386.1|DB957386
EST:     GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT                         ATTGCGTGGGTAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATG
genomic: GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTTgtaagtaact ... taattgatagATTGCGTGGGTAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATG
EST: gi|213611375|gb|DB983967.1|DB983967
EST:     GTCCAAGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT                         ATTGCGTGGGTAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATG
genomic: GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTTgtaagtaact ... taattgatagATTGCGTGGGTAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATG
EST: gi|151405413|gb|EV275227.1|EV275227
EST:     GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT                         GTTGCGTGGGTAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATG
genomic: GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTTgtaagtaact ... taattgatagATTGCGTGGGTAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATG
EST: gi|192319047|gb|FK009071.1|FK009071
EST:     GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT                         ATTGCGTGGGTAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATG
genomic: GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTTgtaagtaact ... taattgatagATTGCGTGGGTAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATG
EST: gi|209711473|gb|BW665225.1|BW665225
EST:     GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT                         ATTGCGTGGGTAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATG
genomic: GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTTgtaagtaact ... taattgatagATTGCGTGGGTAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATG
EST: gi|209706473|gb|BW670832.1|BW670832
EST:     GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT                         ATTGCGTGGGTAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATG
genomic: GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTTgtaagtaact ... taattgatagATTGCGTGGGTAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATG
EST: gi|151404681|gb|EV274495.1|EV274495
EST:     GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT                         ATTGCGTGGGTAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATG
genomic: GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTTgtaagtaact ... taattgatagATTGCGTGGGTAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tctaactatagaattgaatgacttatgctgaccaaaagtcgtgattaattgatagATTGCGTGGGTAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATGCTTATCAAG
                                           attaattgata  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ctttttacaatgccaatgatgttctgtagatcaagcatagctaaatctaactatagaattgaatgacttatgctgaccaaaagtcgtgattaattgatagATTGCGTGGGTAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATGCTTATCAAG

- - - -caatgcc
- - - - - - - - tgatgtt
- - - - - - - - - - - - - - - -caagcat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgaatga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctgacca