1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...tcatccccatactgagattcacaaagtcattttttaagccctgatatgcttacatgtaacattgtgtgatgagatgcgatgctgtatgtgtgattcacagGTTTCTACATATTAGAGATTCCTACATAGATTACCACCCTTGCTGGGATGGCGCCAGTTGCCATGATACTGCTCAAGACTGGAGATTTTTTCAAGCAGAT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA06G15000.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
atgcttacatgtaacattgtgtgatgagatgcgatgctgtatgtgtgattcacagGTTTCTACATATTAGAGATTCCTACATAGATTACCACCCTTGCTGGGATGGCGCCAGTTGCCATGATACTGCTCAAGACTGGAGATTTTTTCAAGCAGAT
taacatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tcatccccatactgagattcacaaagtcattttttaagccctgatatgcttacatgtaacattgtgtgatgagatgcgatgctgtatgtgtgattcacagGTTTCTACATATTAGAGATTCCTACATAGATTACCACCCTTGCTGGGATGGCGCCAGTTGCCATGATACTGCTCAAGACTGGAGATTTTTTCAAGCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
-catcccc
- - - - -tactgag
- - - - - - - - attcaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cctgata
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgcttac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtgtga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgctgta