1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
gtaaggagctgttccaacttttgacttgcgaggtatatactatacttttcaatggtatgtctgatctgttcttgttgtagGTGGAGCTTGCTCATGGTGGTAGAGGGCCATCATCAAGTGATCGACGTGGATATGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGTGGTGGCAGCGGCGCAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA06G14060.3 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GCAATTTCGGG-TCGAGATGGATACAACCTTTTATGGTTG-CGGTTAAGA GTGGAGCTTGCTEST: gi|8404233|gb|BE059867.1|BE059867
genomic: GCAATT-CGGGGTCGAGATGGATACAAC-TTTGATGGTTGTCGGTTAAGAgtaaggagct ... cttgttgtagGTGGAGCTTGCT
EST: ATGCAATTCGGGGTCGAGATGGATACAACTTTGATGGTTGTCGGTTAAGA GTGGAGCTTGCTCATGGTGGTAGAGGGCCATCATCAAGTGATCGACGTGGAEST: gi|37995795|gb|CF807384.1|CF807384
genomic: ATGCAATTCGGGGTCGAGATGGATACAACTTTGATGGTTGTCGGTTAAGAgtaaggagct ... cttgttgtagGTGGAGCTTGCTCATGGTGGTAGAGGGCCATCATCAAGTGATCGACGTGGA
EST: ATGCAATTCGGGGTCGAGATGGATACAACTTTGATGGTTGTCGGTTAAGA GTGGAGCTTGCTCATGGTGGTAGAGGGCCATCATCAAGTGATCGACGTGGAEST: gi|12688674|gb|BG155010.1|BG155010
genomic: ATGCAATTCGGGGTCGAGATGGATACAACTTTGATGGTTGTCGGTTAAGAgtaaggagct ... cttgttgtagGTGGAGCTTGCTCATGGTGGTAGAGGGCCATCATCAAGTGATCGACGTGGA
EST: ATGCAATTCGGGGTCGAGATGGATACAACTTTGATGGTTGTCGGTTAAGA GTGGAGCTTGCTCATGGTGGTAGAGGGCCATCATCAAGTGATCGACGTGGA
genomic: ATGCAATTCGGGGTCGAGATGGATACAACTTTGATGGTTGTCGGTTAAGAgtaaggagct ... cttgttgtagGTGGAGCTTGCTCATGGTGGTAGAGGGCCATCATCAAGTGATCGACGTGGA
ttgcgaggtatatactatacttttcaatggtatgtctgatctgttcttgttgtagGTGGAGCTTGCTCATGGTGGTAGAGGGCCATCATCAAGTGATCGACGTGGATATGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGTGGTGGCAGCGGCGCAG
gtctgat putative branch site (score: 4)
tctgttctt CT-rich tract
tatatactatactttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaaggagctgttccaacttttgacttgcgaggtatatactatacttttcaatggtatgtctgatctgttcttgttgtagGTGGAGCTTGCTCATGGTGGTAGAGGGCCATCATCAAGTGATCGACGTGGATATGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGTGGTGGCAGCGGCGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG