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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttaataatagaaacaaaatcagtggtttcttgtttgtaaagatttttcctaatcagtacctaattgtttatgttttacattttttgtcatagCCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAACTGGTTCTTTAAGAGTTGGGGGTGAATTTTTGGCTAAACACTATCACCAA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G08670.2
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA06G08670.2 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os01g55540.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
--------------------------------------------------------------------------------------gttaataatagaaacaaaatcagtggtttcttgtttgtaaagatttttcctaatcagtacctaattgtttatgttttac-attttttgtcatagCCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAACTGGTTCTTTAAGAGTTGGGGGTGAATTTTTGGCTAAACACTATCACCAA
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gtgcgttcctgctctcaagaatatatatggtcatatggtttcctcatctgttacctttgaccaattgtaacaaacagtaaaattatctcactaagataacttcttcagatcctttgctacttttggcttattcttgtattaggtaattcacaaaactgattatactatttattggaacagTCCTGCCATTCAAGAGAATAGGGTGGCTACAGTTCAGTGCTTGTCAGGAACTGGTTCTTTAAGGGTGGGAGGTGAATTTCTTGCAAGGCATTATCATGAA

upper sequence: GLYMA06G08670.2 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G094712_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
------------------------------------------------------------------------------------------------gttaata-atagaaacaaaatcagtggtt------tcttgtttgtaaagatttttcctaatcagtacctaattgtttatgttttacattttttgtcatagCCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAACTGGTTCTTTAAGAGTTGGGGGTGAATTTTTGGCTAAACACTATCACCAA
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gtattctctgtttgactggtttacccattttcctcatttgtgggtcaactgttcctaatggtgatgttgtcaactgtgaattcttagtgttgaagtttcattacataaaaataagttccctagctactggttctggtttattcaggttttattacttcattagggagctgattttttttttgaatcga----atagCCCTGCTATTCAGGAGAATAGGGTTGCTACCGTGCAGTGCCTATCGGGTACTGGTTCTTTAAGAGTCGGAGGTGAATTTCTTGCAAGGCACTATCACGAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|213618075|gb|DB963708.1|DB963708
EST:     CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAG                         CCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
genomic: CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAGgttaataata ... tttgtcatagCCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
EST: gi|5606173|gb|AI900271.1|AI900271
EST:     CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAG                         CCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
genomic: CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAGgttaataata ... tttgtcatagCCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
EST: gi|27808994|gb|CB063416.1|CB063416
EST:     CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAG                         CCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
genomic: CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAGgttaataata ... tttgtcatagCCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
EST: gi|17022063|gb|BM093097.1|BM093097
EST:     CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAG                         CCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
genomic: CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAGgttaataata ... tttgtcatagCCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
EST: gi|37997401|gb|CF808990.1|CF808990
EST:     CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAG                         CCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
genomic: CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAGgttaataata ... tttgtcatagCCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
EST: gi|151408997|gb|EV278805.1|EV278805
EST:     CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAG                         CCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
genomic: CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAGgttaataata ... tttgtcatagCCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
EST: gi|213587077|gb|DB961772.1|DB961772
EST:     CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAG                         CCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
genomic: CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAGgttaataata ... tttgtcatagCCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
EST: gi|151394218|gb|EV264089.1|EV264089
EST:     CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAG                         CCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
genomic: CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAGgttaataata ... tttgtcatagCCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
EST: gi|6454608|gb|AW185291.1|AW185291
EST:     CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAG                         CCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
genomic: CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAGgttaataata ... tttgtcatagCCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
EST: gi|9986765|gb|BE660873.1|BE660873
EST:     CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAG                         CCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
genomic: CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAGgttaataata ... tttgtcatagCCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
EST: gi|151395018|gb|EV264889.1|EV264889
EST:     CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAG                         CCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
genomic: CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAGgttaataata ... tttgtcatagCCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
EST: gi|298184704|gb|HO029917.1|HO029917
EST:     CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAG                         CCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTATTCAATGCTTGTCTGGAAC
genomic: CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAGgttaataata ... tttgtcatagCCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
EST: gi|213588877|gb|DB967957.1|DB967957
EST:     CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAG                         CCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
genomic: CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAGgttaataata ... tttgtcatagCCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
EST: gi|16996361|gb|BM085733.1|BM085733
EST:     CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAG                         CCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
genomic: CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAGgttaataata ... tttgtcatagCCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
EST: gi|192307206|gb|FK001220.1|FK001220
EST:     CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAG                         CCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
genomic: CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAGgttaataata ... tttgtcatagCCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
EST: gi|24135997|gb|BU926507.1|BU926507
EST:     CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAG                         CCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
genomic: CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAGgttaataata ... tttgtcatagCCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
EST: gi|193718709|gb|FK649515.1|FK649515
EST:     CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAG                         CCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
genomic: CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAGgttaataata ... tttgtcatagCCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
EST: gi|298196933|gb|HO041676.1|HO041676
EST:     CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAG                         CCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
genomic: CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAGgttaataata ... tttgtcatagCCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
EST: gi|209723439|gb|BW682393.1|BW682393
EST:     CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAG                         CCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
genomic: CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAGgttaataata ... tttgtcatagCCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
EST: gi|24205360|gb|BU964613.1|BU964613
EST:     CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAG                         CCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
genomic: CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAGgttaataata ... tttgtcatagCCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
EST: gi|298196196|gb|HO044587.1|HO044587
EST:     CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTCTTGGGGCTGACAG                         CCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
genomic: CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAGgttaataata ... tttgtcatagCCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
EST: gi|7925748|gb|AW831774.1|AW831774
EST:     CTTGCTGATTNTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAG                         NCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGGTCAATGCTTGTCTGGAAC
genomic: CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAGgttaataata ... tttgtcatagCCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
EST: gi|209696907|gb|BW660472.1|BW660472
EST:     CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAG                         CCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
genomic: CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAGgttaataata ... tttgtcatagCCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
EST: gi|298174108|gb|HO017444.1|HO017444
EST:     CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGTTTATTTTTGGGGCTGACAG                         CCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
genomic: CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAGgttaataata ... tttgtcatagCCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
EST: gi|209719273|gb|BW679815.1|BW679815
EST:     CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAG                         CCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
genomic: CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAGgttaataata ... tttgtcatagCCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
EST: gi|151411675|gb|EV281486.1|EV281486
EST:     CTTGCTGATTTTAAGAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAG                         CCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
genomic: CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAGgttaataata ... tttgtcatagCCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
EST: gi|209714938|gb|BW650784.1|BW650784
EST:     CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAG                         CCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
genomic: CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAGgttaataata ... tttgtcatagCCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
EST: gi|18690845|gb|BM519693.1|BM519693
EST:     CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAG                         CCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
genomic: CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAGgttaataata ... tttgtcatagCCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaagatttttcctaatcagtacctaattgtttatgttttacattttttgtcatagCCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAACTGGTTCTTTAAGAGTTGGGGGTGAATTTTTGGCTAAACACTATCACCAA
                                          ttttttgtc  CT-rich tract
                       taattgtttatgtttt  TA-rich tract