Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgttatgtttctataataccatgtgtgtatgggtttatctcttaaggaaaattcttgtgtttatgaccgtatgatactggatatatacatatattcagGTGTATTTCGAATCAGATGATGTTCAGGCTGCAATTGTGACATGTGGTGGTCTATGCCCTGGTCTCAACACCGTCATTAGGGAACTTGTATGTGCGCTAT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G36050.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA05G36050.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os06g05860.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
gtatgttatgtttctataataccatgtgtgtatgggtttatctcttaaggaaaattcttgtgtttatgaccgtatgatactggatatatacatatattcagGTGTATTTCGAATCAGATGATGTTCAGGCTGCAATTGTGACATGTGGTGGTCTATGCCCTGGTCTCAACACCGTCATTAGGGAACTTGTATGTGCGCTAT
|||| | |  ||    || |   ||      |    |   |   |  |  |||| | || | ||| |  |        |||  |||| ||    |  |||||||| ||| ||||| ||||| || || ||    ||||| |||||||| || || |||||||| || ||||| |||||||||||| |||||||||   |||
gtatataacatt---gtattcatatactaacacaaataagt---tggaaaaaaactattctttttttctc--------acttcatat-tattcctggtcagGTGTTTTTTGAATCGGATGAGGTCCATGCATGCATTGTCACATGTGGAGGACTGTGCCCTGGACTGAACACTGTCATTAGGGAAATTGTATGTGGCTTAT

upper sequence: GLYMA05G36050.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: Vv11s0016g02850.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
gtatgttatgtttctataataccatgtgtgtatgggtttatctcttaaggaaaattcttgtgtttatgaccgtatgatactggatatatacatatattcagGTGTATTTCGAATCAGATGATGTTCAGGCTGCAATTGTGACATGTGGTGGTCTATGCCCTGGTCTCAACACCGTCATTAGGGAACTTGTATGTGCGCTAT
      || || | | |  |   || |   |     || |  |  |||   | | |    | | | | | | |||  |  ||| | |       | | ||||||||||| || || ||||| ||||| ||    |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| || ||||||||| | |||||||   |  
-----gtaagtctttgtt-tgttatattcatggaatttgaaatgataaaagacaataggttttctcttaacatattcttttgggttt------ttttccagGTGTATTTTGAGTCTGATGAAGTTCATGCATGTATTGTGACATGTGGTGGTTTATGCCCTGGCCTCAACACAGTGATTAGGGAAATAGTATGTGGCTTGA


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaggaaaattcttgtgtttatgaccgtatgatactggatatatacatatattcagGTGTATTTCGAATCAGATGATGTTCAGGCTGCAATTGTGACATGTGGTGGTCTATGCCCTGGTCTCAACACCGTCATTAGGGAACTTGTATGTGCGCTAT
                                     atatatacatatattc  TA-rich tract