Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   
4  
 5'  3'   
5  
 5'  3'   
6  
 5'  3'   
7  
 5'  3'   
8  
 5'  3'   
9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tatggtgtccccttatgcctctattgccatgcttatttctgttttgtttcttgtctcttttactcatcataatgttctgttttcttgtctgcatgtacagCTCACAAATGAGCCGCATATGTCTCATGCGATGATCAACTTTGATTACAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G34360.2
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|120533034|gb|EH261167.1|EH261167
EST:     GAGTCAAGTGTGATTTGTCCGAAAATCTCACTTTTAAAGCCAATGCTCAG                         CTCACAAATGAGCCGCATATGTCTCATGCGATGATCAACTTTG
genomic: GAGTCAAGTGTGATTTGTCCGAAAATCTCACTTTTAAAGCCAATGCTCAGgtatgtatat ... gcatgtacagCTCACAAATGAGCCGCATATGTCTCATGCGATGATCAACTTTG
EST: gi|192296647|gb|FG991215.1|FG991215
EST:     GAGTCAAGTGTGATTTGTCCGAAAATCTCACTTTTAAAGCCAATGCTCAG                         CTCACAAATGAGCCGCATATGTCTCATGCGATGATCAACTTTGATTACAAG
genomic: GAGTCAAGTGTGATTTGTCCGAAAATCTCACTTTTAAAGCCAATGCTCAGgtatgtatat ... gcatgtacagCTCACAAATGAGCCGCATATGTCTCATGCGATGATCAACTTTGATTACAAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtttcttgtctcttttactcatcataatgttctgttttcttgtctgcatgtacagCTCACAAATGAGCCGCATATGTCTCATGCGATGATCAACTTTGATTACAAG
                    atcataat  TA-rich tract