Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtattgtttgtgttagtgttgctcgtttatcttaatgggaggtttcttttggtttagatgttttaatttttttttttttgcttgtgggttggtacagGTTCATAAGGTGCCTGCAAACGACATGGAGGCCTTGAAGTCCCCACTTATGGGGCTATTTGAAAAACGCCGGGCACGCAAGTTTTTCATTTATGTGCAAA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G30140.3
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA05G30140.3 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: Vv05s0094g01550.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
-----gtattgtttgtgttagt--gttgctcgtttatcttaatgggaggtttcttttggtttagatgtt----ttaatttttttttttttgcttgtgggttggtacagGTTCATAAGGTGCCTGCAAACGACATGGAGGCCTTGAAGTCCCCACTTATGGGGCTATTTGAAAAACGCCGGGCACGCAAGTTTTTCATTTATGTGCAAA
     || |  || |  || ||  |        |||  ||  |  ||    ||| |   | ||   |||    ||||   |  |  |      |      |   | ||||||| |||||||| || |||||  |||| ||| | || || ||||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||| || || |||| ||| ||| 
gtgaagtttctttggctttggttggaaaaaaagttaattttgtttgatacctctatgtatatatgcgttcttcttaaaactaatggtaagagatacccactatgatagGTTCACAAGGTGCCAGCTAACGATGTGGAAGCCCTCAAATCTCCACTTATGGGCCTATTTGAAAAGCGTCGGGCTCGCAAATTCTTTATTTTTGTTCAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192322711|gb|FK014402.1|FK014402
EST:     ATCTCTATTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTATGTGTTTAATAAAGGAAAG                         GTTCATAAGGTGCCTGCAAACGACATGGAGGCCTTGAAGTCCCCACTTATG
genomic: ATCTCTATTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTATGTGTTTAATAAAGGAAAGgtattgtttg ... gttggtacagGTTCATAAGGTGCCTGCAAACGACATGGAGGCCTTGAAGTCCCCACTTATG
EST: gi|213598704|gb|DB964270.1|DB964270
EST:     ATCTCTATTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTATGTGTTTAATAAAGGAAAG                         GTTCATAAGGTGCCTGCAAACGACATGGAGGCCTTGAAGTCCCCACTTATG
genomic: ATCTCTATTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTATGTGTTTAATAAAGGAAAGgtattgtttg ... gttggtacagGTTCATAAGGTGCCTGCAAACGACATGGAGGCCTTGAAGTCCCCACTTATG
EST: gi|17021940|gb|BM092974.1|BM092974
EST:     ATCTCTATTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTATGTGTTTAATAAAGGAAAG                         GTTCATAAGGTGCCTGCAAACGACATGGAGGCCTTGAAGTCCCCACTTATG
genomic: ATCTCTATTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTATGTGTTTAATAAAGGAAAGgtattgtttg ... gttggtacagGTTCATAAGGTGCCTGCAAACGACATGGAGGCCTTGAAGTCCCCACTTATG
EST: gi|213590255|gb|DB963832.1|DB963832
EST:     ATCTCTATTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTATGTGTTTAATAAAGGAAAG                         GTTCATAAGGTGCCTGCAAACGACATGGAGGCCTTGAAGTCCCCACTTATG
genomic: ATCTCTATTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTATGTGTTTAATAAAGGAAAGgtattgtttg ... gttggtacagGTTCATAAGGTGCCTGCAAACGACATGGAGGCCTTGAAGTCCCCACTTATG
EST: gi|192313374|gb|FK005146.1|FK005146
EST:     ATCTCTATTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTATGTGTTTAATAAAGGAAAG                         GTTCATAAGGTGCCTGCAAACGACATGGAGGCCTTGAAGTCCCCACTTATG
genomic: ATCTCTATTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTATGTGTTTAATAAAGGAAAGgtattgtttg ... gttggtacagGTTCATAAGGTGCCTGCAAACGACATGGAGGCCTTGAAGTCCCCACTTATG
EST: gi|151400876|gb|EV270690.1|EV270690
EST:     ATCTCTATTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTATGTGTTTAATAAAGGAAAG                         GTTCATAAGGTGCCTGCAAACGACATGGAGGCCTTGAAGTCCCCACTTATG
genomic: ATCTCTATTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTATGTGTTTAATAAAGGAAAGgtattgtttg ... gttggtacagGTTCATAAGGTGCCTGCAAACGACATGGAGGCCTTGAAGTCCCCACTTATG
EST: gi|209722563|gb|BW682662.1|BW682662
EST:     ATCTCTATTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTATGTGTTTAATAAAGGAAAG                         GTTCATAAGGTGCCTGCAAACGACATGGAGGCCTTGAAGTCCCCACTTATG
genomic: ATCTCTATTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTATGTGTTTAATAAAGGAAAGgtattgtttg ... gttggtacagGTTCATAAGGTGCCTGCAAACGACATGGAGGCCTTGAAGTCCCCACTTATG
EST: gi|19347279|gb|BM892159.1|BM892159
EST:     ATCTCTATTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTATGTGTTTAATAAAGGAAAG                         GTTCATAAGGTGCCTGCAAACGACATGGAGGCCTTGAAGTCCCCACTTATG
genomic: ATCTCTATTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTATGTGTTTAATAAAGGAAAGgtattgtttg ... gttggtacagGTTCATAAGGTGCCTGCAAACGACATGGAGGCCTTGAAGTCCCCACTTATG
EST: gi|7924853|gb|AW830879.1|AW830879
EST:     ATCTCTATTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTATGTGTTTAATAAAGGAAAG                         GTTCATAAGGTGCCTGCAAACGACATGGAGGCCTTGAAGTCCCCACTTATG
genomic: ATCTCTATTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTATGTGTTTAATAAAGGAAAGgtattgtttg ... gttggtacagGTTCATAAGGTGCCTGCAAACGACATGGAGGCCTTGAAGTCCCCACTTATG
EST: gi|213603679|gb|DB966807.1|DB966807
EST:     ATCTCTATTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTATGTGTTTAATAAAGGAAAG                         GTTCATAAGGTGCCTGCAAACGACATGGAGGCCTTGAAGTCCCCACTTATG
genomic: ATCTCTATTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTATGTGTTTAATAAAGGAAAGgtattgtttg ... gttggtacagGTTCATAAGGTGCCTGCAAACGACATGGAGGCCTTGAAGTCCCCACTTATG
EST: gi|207770456|gb|GD744170.1|GD744170
EST:     ATCTCTATTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTATGTGTTTAATAAAGGAAAG                         GTTCATAAGGTGCCTGCAAACGACATGGAGGCCTTGAAGTCCCCACTTATG
genomic: ATCTCTATTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTATGTGTTTAATAAAGGAAAGgtattgtttg ... gttggtacagGTTCATAAGGTGCCTGCAAACGACATGGAGGCCTTGAAGTCCCCACTTATG
EST: gi|254342789|gb|GR858951.1|GR858951
EST:     ATCTCTATTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTATGTGTTTAATAAAGGAAAG                         GTTCATAAGGTGCCTGCAAACGACATGGAGGCCTTGAAGTCCCCACTTATG
genomic: ATCTCTATTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTATGTGTTTAATAAAGGAAAGgtattgtttg ... gttggtacagGTTCATAAGGTGCCTGCAAACGACATGGAGGCCTTGAAGTCCCCACTTATG
EST: gi|151400851|gb|EV270665.1|EV270665
EST:     ATCTCTATTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTATGTGTTTAATAAAGGAAAG                         ATTCATAAAGTGCCTGCAAACGACATGGAGGCCTTGAAGTCCCCACTTATG
genomic: ATCTCTATTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTATGTGTTTAATAAAGGAAAGgtattgtttg ... gttggtacagGTTCATAAGGTGCCTGCAAACGACATGGAGGCCTTGAAGTCCCCACTTATG
EST: gi|213595671|gb|DB972141.1|DB972141
EST:     ATCTCTATTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTATGTGTTTAATAAAGGAAAG                         GTTCATAAGGTGCCTGCAAACGACATGGAGGCCTTGAAGTCCCCACTTATG
genomic: ATCTCTATTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTATGTGTTTAATAAAGGAAAGgtattgtttg ... gttggtacagGTTCATAAGGTGCCTGCAAACGACATGGAGGCCTTGAAGTCCCCACTTATG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttcttttggtttagatgttttaatttttttttttttgcttgtgggttggtacagGTTCATAAGGTGCCTGCAAACGACATGGAGGCCTTGAAGTCCCCACTTATGGGGCTATTTGAAAAACGCCGGGCACGCAAGTTTTTCATTTATGTGCAAA
                  ttttaat  putative branch site (score: 3)
     tttggtttagatgttt  TA-rich tract