1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...taatgttcactctgaaggatgaacttttaatttttcttataaaaaaatctttccatttagcctatgtttcttcaataattgttaaatgattctcttgcagATGGTAACCACATTTGGAATGTCTGATATTGGTCCTTGGTCACTTATGGAAGCATCAGCACAAAGTGGGGATGTCATCATGAGAATGATGGCAAGGAACT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA05G26230.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CAACTGGAGCAGCTGGTGATTTGCAGCAAATCACCGGTTTGGCAAAACAG ATGGTAACCACATTTGGAATGTCTGATATTGGTCCTTGGTCACTTATGGAAEST: gi|7640439|gb|AW734741.1|AW734741
genomic: CAACTGGAGCAGCTGGTGATTTGCAGCAAATCACCGGTTTGGCAAAACAGgtattggtta ... tctcttgcagATGGTAACCACATTTGGAATGTCTGATATTGGTCCTTGGTCACTTATGGAA
EST: CAACTGGAGCAGCTGGTGATTTGCAGCAAATCACCGGTTTGGCAAAACAG ATGGTAACCACATTTGGAATGTCTGATATTGGTCCTTGGTCACTTATGGAAEST: gi|10235097|gb|BE803985.1|BE803985
genomic: CAACTGGAGCAGCTGGTGATTTGCAGCAAATCACCGGTTTGGCAAAACAGgtattggtta ... tctcttgcagATGGTAACCACATTTGGAATGTCTGATATTGGTCCTTGGTCACTTATGGAA
EST: CAACTGGAGCAGCTGGTGATTTGCAGCAAATCACCGGTTTGGCAAAACAG ATGGTAACCACATTTGGAATGTCTGATATTGGTCCTTGGTCACTTATGGAAEST: gi|209722323|gb|BW665820.1|BW665820
genomic: CAACTGGAGCAGCTGGTGATTTGCAGCAAATCACCGGTTTGGCAAAACAGgtattggtta ... tctcttgcagATGGTAACCACATTTGGAATGTCTGATATTGGTCCTTGGTCACTTATGGAA
EST: CAACTGGAGCAGCTGGTGATTTGCAGCAAATCACCGGTTTGGCAAAACAG ATGGTAACCACATTTGGAATGTCTGATATTGGTCCTTGGTCACTTATGGAAEST: gi|193650919|gb|FK598534.1|FK598534
genomic: CAACTGGAGCAGCTGGTGATTTGCAGCAAATCACCGGTTTGGCAAAACAGgtattggtta ... tctcttgcagATGGTAACCACATTTGGAATGTCTGATATTGGTCCTTGGTCACTTATGGAA
EST: CAACTGGAGCAGCTGGTGATTTGCAGCAAATCACCGGTTTGGCAAAACAG ATGGTAACCACATTTGGAATGTCTGATATTGGTCCTTGGTCACTTATGGAA
genomic: CAACTGGAGCAGCTGGTGATTTGCAGCAAATCACCGGTTTGGCAAAACAGgtattggtta ... tctcttgcagATGGTAACCACATTTGGAATGTCTGATATTGGTCCTTGGTCACTTATGGAA
aatctttccatttagcctatgtttcttcaataattgttaaatgattctcttgcagATGGTAACCACATTTGGAATGTCTGATATTGGTCCTTGGTCACTTATGGAAGCATCAGCACAAAGTGGGGATGTCATCATGAGAATGATGGCAAGGAACT
ttctcttgc CT-rich tract
tttcttcaataattgt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| taatgttcactctgaaggatgaacttttaatttttcttataaaaaaatctttccatttagcctatgtttcttcaataattgttaaatgattctcttgcagATGGTAACCACATTTGGAATGTCTGATATTGGTCCTTGGTCACTTATGGAAGCATCAGCACAAAGTGGGGATGTCATCATGAGAATGATGGCAAGGAACT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - -ctctgaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cctatgt