1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' |
...caagtattttatgtttcagagcatgatttcaatgcttatgctcttattgtggccatcttttatgaaatataatgtggttttcattataaatcttttgcagATATCTTATGTATGGAGATATATCTACTAAGGCAGCTCATATGCTATCACTTCCTAAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA05G01300.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCCAGCTGTCCCAAACATGGTGTACACAATCCTTTTAAGGCACCAGAGAG ATATCTTATGTATGGAGATATATCTACTAAGGCAGCTCATATGCTATCACTEST: gi|19053090|gb|BM731757.1|BM731757
genomic: TCCAGCTGTCCCAAACATGGTGTACACAATCCTTTTAAGGCACCAGAGAGgtaagtgcag ... tcttttgcagATATCTTATGTATGGAGATATATCTACTAAGGCAGCTCATATGCTATCACT
EST: TCCAGCTGTCCCAAACATGGTGTACACAATCCTTTTAAGGCACCAGAGAG ATATCTTATGTATGGAGATATATCTACTAAGGCAGCTCATATGCTATCACTEST: gi|27426562|gb|CA938082.1|CA938082
genomic: TCCAGCTGTCCCAAACATGGTGTACACAATCCTTTTAAGGCACCAGAGAGgtaagtgcag ... tcttttgcagATATCTTATGTATGGAGATATATCTACTAAGGCAGCTCATATGCTATCACT
EST: TCCAGCTGTCCCAAACATGGTGTACACAATCCTTTTAAGGCACCAGAGAG ATATCTTATGTATGGAGATATATCTACTAEST: gi|192329935|gb|FK021521.1|FK021521
genomic: TCCAGCTGTCCCAAACATGGTGTACACAATCCTTTTAAGGCACCAGAGAGgtaagtgcag ... tcttttgcagATATCTTATGTATGGAGATATATCTACTA
EST: CCCAGCTGTCCCAAACATGGTGTACACAATCCTTTTAAGGCACCAGAGAG ATATCTTATGTATGGAGATATATCTACTAAGGCAGCTCATATGCTATCACTEST: gi|22931742|gb|BU548881.1|BU548881
genomic: TCCAGCTGTCCCAAACATGGTGTACACAATCCTTTTAAGGCACCAGAGAGgtaagtgcag ... tcttttgcagATATCTTATGTATGGAGATATATCTACTAAGGCAGCTCATATGCTATCACT
EST: TCCAGCTGTCCCAAACATGGTGTACACAATCCTTTTAAGGCACCAGAGAG ATATCTTATGTATGGAGATATATCTACTAAGGCAGCTCATATGCTATCACTEST: gi|208122876|gb|GD925444.1|GD925444
genomic: TCCAGCTGTCCCAAACATGGTGTACACAATCCTTTTAAGGCACCAGAGAGgtaagtgcag ... tcttttgcagATATCTTATGTATGGAGATATATCTACTAAGGCAGCTCATATGCTATCACT
EST: TCCAGCTGTCCCAAACATGGTGTACACAATCCTTTTAAGGCACCAGAGAG ATATCTTATGTATGGAGATATAT
genomic: TCCAGCTGTCCCAAACATGGTGTACACAATCCTTTTAAGGCACCAGAGAGgtaagtgcag ... tcttttgcagATATCTTATGTATGGAGATATAT
attgtggccatcttttatgaaatataatgtggttttcattataaatcttttgcagATATCTTATGTATGGAGATATATCTACTAAGGCAGCTCATATGCTATCACTTCCTAAG
tcttttgc CT-rich tract
ttttatgaaatataat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| caagtattttatgtttcagagcatgatttcaatgcttatgctcttattgtggccatcttttatgaaatataatgtggttttcattataaatcttttgcagATATCTTATGTATGGAGATATATCTACTAAGGCAGCTCATATGCTATCACTTCCTAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA