Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttgttatttgctcccatatttttgtaattaacttatgtgaaattgttattatggtacttttgcttgagttcaagatctttattatggtactgaaactgaagatctttattatgatgatctctatatcgttctcttttggttgtgttagGTGGTTGATGAATCTGAAGATGATGATTCTAATGATGATGGTCCTGTGGAGTGGGCTTCATATTGGAAACCAAATATAACAATAAACTTGGTTGCTGACT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA04G38120.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|21639056|gb|BM140102.1|BM140102
EST:     GTCTGTTGGGAGGTTCACCAGATTCTAGTGAGGCTCAAGTGACATCCAAG                         GTGGTTGATGAATCTGAAGATGATGATTCTAATGATGATGGTCCTGTGGAG
genomic: GTCTGTTGGGAGGTTCACCAGATTCTAGTGAGGCTCAAGTGACATCCAAGgtttgttatt ... gttgtgttagGTGGTTGATGAATCTGAAGATGATGATTCTAATGATGATGGTCCTGTGGAG
EST: gi|193308154|gb|FK273926.1|FK273926
EST:     GTCTGTTGGGAGGTTCACCAGATTCTAGTGAGGCTCAAGTGACATCCAAG                         GTGGTTGATGAATCTGAAGAT
genomic: GTCTGTTGGGAGGTTCACCAGATTCTAGTGAGGCTCAAGTGACATCCAAGgtttgttatt ... gttgtgttagGTGGTTGATGAATCTGAAGAT
EST: gi|7685928|gb|AW756576.1|AW756576
EST:     GTCTGTTGGGAGGTTCACCAGATTCTAGTGAGGCTCAAGTGACATCCAAG                         GTGGTTGATGAATCTGAAGATGATGATTCTAATGATGATGGTCCTGTGGAG
genomic: GTCTGTTGGGAGGTTCACCAGATTCTAGTGAGGCTCAAGTGACATCCAAGgtttgttatt ... gttgtgttagGTGGTTGATGAATCTGAAGATGATGATTCTAATGATGATGGTCCTGTGGAG
EST: gi|14258898|gb|BG881806.1|BG881806
EST:     CCAGATTCTAGTGAGGCTCAAGTGACATCCAAG                         GTGGTTGATGAATCTGAAGATGATGATTCTAATGATGATGGTCCTGTGGAG
genomic: CCAGATTCTAGTGAGGCTCAAGTGACATCCAAGgtttgttatt ... gttgtgttagGTGGTTGATGAATCTGAAGATGATGATTCTAATGATGATGGTCCTGTGGAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aactgaagatctttattatgatgatctctatatcgttctcttttggttgtgttagGTGGTTGATGAATCTGAAGATGATGATTCTAATGATGATGGTCCTGTGGAGTGGGCTTCATATTGGAAACCAAATATAACAATAAACTTGGTTGCTGACT
     aagatctttattat  TA-rich tract