Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaggaagaaaactttagttcaatagcatgcctcattaatcaagacaaatttttacatggttcttccaagatcattgacaacgctattaacacagGCATTTTGCTTTATGCTCTTCACCTTCGCTTTATGTGCCCCTTGCCTAAGAGACGTTCAAGGTCTGTTCATAAGTGCAAATCTGGCCCTGTCTCTGCTGA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA04G37640.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|16106314|gb|BI894054.1|BI894054
EST:     TCTCACCTCAAAATGTGGAGAGTTTGATAGTTTTACATGTTCAAAAGCTG                         GCATTTTGCTTTATGCTCTTCACCTTCGCTTTATGTGCCCCTTGCCTAA
genomic: TCTCACCTCAAAATGTGGAGAGTTTGATAGTTTTACATGTTCAAAAGCTGgtaaggaaga ... attaacacagGCATTTTGCTTTATGCTCTTCACCTTCGCTTTATGTGCCCCTTGCCTAA
EST: gi|16106180|gb|BI893920.1|BI893920
EST:     TCTCACCTCAAAATGTGGAGAGTTTGATAGTTTTACATGTTCAAAAGCTG                         GCATTTTGCTTTATGCTCTTCACCTTCGCTTTATGTGCCCCTTGCCTAAGA
genomic: TCTCACCTCAAAATGTGGAGAGTTTGATAGTTTTACATGTTCAAAAGCTGgtaaggaaga ... attaacacagGCATTTTGCTTTATGCTCTTCACCTTCGCTTTATGTGCCCCTTGCCTAAGA
EST: gi|51341160|gb|CO982477.1|CO982477
EST:     TCTCACCTCAAAATGTGGAGAGTTTGATAGTTTTACATGTTCAAAAGCTG                         GCATTTTGCTTTATGCTCTTCACCTTCGCTTTATGTGCCCCTTGCCTAAGA
genomic: TCTCACCTCAAAATGTGGAGAGTTTGATAGTTTTACATGTTCAAAAGCTGgtaaggaaga ... attaacacagGCATTTTGCTTTATGCTCTTCACCTTCGCTTTATGTGCCCCTTGCCTAAGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

caagacaaatttttacatggttcttccaagatcattgacaacgctattaacacagGCATTTTGCTTTATGCTCTTCACCTTCGCTTTATGTGCCCCTTGCCTAAGAGACGTTCAAGGTCTGTTCATAAGTGCAAATCTGGCCCTGTCTCTGCTGA
                                            tattaac  putative branch site (score: 1)
      aaatttttacat  TA-rich tract