Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gcaagtgtttttctaatgataactgtgattggtttcatgttttcttttcacattgtgtcttaactctaattattgcttgacctttgactgaatgcaatctgtttttcagGCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAAGAGACTGAGGAAGAGAAGAAGGCAGCTGAGGAACGGGCAGCTGCAGTGA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA04G37120.2
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA04G37120.2 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os07g42300.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
----------------------------------------gcaagtgtttttctaatgataactgtgattggtttcatg-ttttcttttcacattgtgtcttaac--tctaat--tattgcttg--acctttgactgaatgcaatctgtt----tttcagGCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAAGAGACTGAGGAAGAGAAGAAGGCAGCTGAGGAACGGGCAGCTGCAGTGA
                                          ||||||| |   | |  || |||||| | ||    || |  | ||| || |||  || ||     |  |||  |  || ||   | || | |   |     || | ||    ||||||||| |||  ||||| |||||||||||||| ||||||||  | |||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| || || ||||| || |
gtcatacaaccctagccttgtcttgtttgcctgaaatctgtgaagtgttctagca-tagta-ctgtgaattgtgatttgatgctgtttgcaaattacgtttttgtggttcaatggtgctggttaccatctctaatatatcatcatatcttctaatttcagGCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAGGAGACTGAAGAGGAGAAGAAGGCAGCTGAGGAGCGTGCTGCTGCTGTCA

upper sequence: GLYMA04G37120.2 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G031545_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 4
gcaagtgtttttctaatgataactgtgattggtttcatgttttcttttcacattgtgtcttaactctaattattgcttgacctttgactgaatgcaatctgtttttcagGCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAAGAGACTGAGGAAGAGAAGAAGGCAGCTGAGGAACGGGCAGCTGCAGTGA
 |||  || |   | |  || |     ||     |  |    | | | |||    ||  ||| |     ||| |   |||  |     |      || |       |||||  | ||||||||||| ||||| || |||||||||||  | |||||||| ||||| || || ||||||||||| ||||| || || || || || |  |
-caaccgtatggttcaatatcagaaaaatgaaacttgtacagt-tgtacactacttgagtta-catagtttagtcactgaaatccattttctaataacca------cagGCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAGGAGACCGAAGATGAGAAGAAGGCTGCTGAAGAGCGTGCTGCAGCTGCCA

upper sequence: GLYMA04G37120.2 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G153569_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
gcaagtgtttttctaatgataactgtgat-tggtttcatgttttcttttcacattgtgtcttaactctaattattgcttgacctttgactgaatgcaatctgtttttcagGCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAAGAGACTGAGGAAGAGAAGAAGGCAGCTGAGGAACGGGCAGCTGCAGTGA
     |  ||| |||| | || |    || |||||  || | |    |    ||       | || |   ||| |   |||  |     |  |   || |       |||||  | | |||||| || || || ||||||||||||||  | ||||| || |||||||| || ||||||||||| ||||| ||||| || || || |  |
---tattgtttactaaagctatcaaccatgtggttcaatatctgagatatgaatctctgacttacccagtttagtcactgaagtgcatttcta-ataacca------cagGCCCCAGCTGCTGACGAGGATGACGATGATGATGTTGACCTTTTTGGCGAGGAGACTGAAGAGGAGAAGAAGGCTGCTGAAGAACGTGCTGCGGCTGCCA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|298177656|gb|HO023675.1|HO023675
EST:     GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCTTCTCCCCCAGCTGCTGACACTAAG                         GCTGCTGTTGCTGTGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
genomic: GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAGgcaagtgttt ... tgtttttcagGCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
EST: gi|192309529|gb|FK000191.1|FK000191
EST:     GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAG                         GCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
genomic: GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAGgcaagtgttt ... tgtttttcagGCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
EST: gi|207842015|gb|GD816335.1|GD816335
EST:     GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAG                         GCTGCTGTTGCTGAGGATGACGAT
genomic: GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAGgcaagtgttt ... tgtttttcagGCTGCTGTTGCTGAGGATGACGAT
EST: gi|58017474|gb|CX704216.1|CX704216
EST:     GATCGCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACAGTAAG                         GCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
genomic: GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAGgcaagtgttt ... tgtttttcagGCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
EST: gi|151401263|gb|EV271077.1|EV271077
EST:     GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAG                         GCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
genomic: GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAGgcaagtgttt ... tgtttttcagGCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
EST: gi|9258998|gb|BE347145.1|BE347145
EST:     GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAG                         GCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
genomic: GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAGgcaagtgttt ... tgtttttcagGCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
EST: gi|17963409|gb|BM270158.1|BM270158
EST:     GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAG                         GCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
genomic: GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAGgcaagtgttt ... tgtttttcagGCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
EST: gi|18692713|gb|BM521561.1|BM521561
EST:     GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAG                         GCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
genomic: GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAGgcaagtgttt ... tgtttttcagGCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
EST: gi|31307073|gb|CD392276.1|CD392276
EST:     ACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAG                         GCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
genomic: ACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAGgcaagtgttt ... tgtttttcagGCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
EST: gi|31462978|gb|CD405006.1|CD405006
EST:     CCCCCAGCTGCTGACACTAAG                         GCTGCTGTTTCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
genomic: CCCCCAGCTGCTGACACTAAGgcaagtgttt ... tgtttttcagGCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
EST: gi|208302968|gb|GE099585.1|GE099585
EST:     GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAG                         GCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
genomic: GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAGgcaagtgttt ... tgtttttcagGCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
EST: gi|192329979|gb|FK021565.1|FK021565
EST:     GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAG                         GCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
genomic: GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAGgcaagtgttt ... tgtttttcagGCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
EST: gi|213620429|gb|DB957326.1|DB957326
EST:     GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAG                         GCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGA
genomic: GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAGgcaagtgttt ... tgtttttcagGCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGA
EST: gi|151396767|gb|EV266640.1|EV266640
EST:     GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAG                         GCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
genomic: GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAGgcaagtgttt ... tgtttttcagGCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
EST: gi|58015143|gb|CX701885.1|CX701885
EST:     GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAG                         GCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
genomic: GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAGgcaagtgttt ... tgtttttcagGCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
EST: gi|19347879|gb|BM892503.1|BM892503
EST:     GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAG                         GCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
genomic: GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAGgcaagtgttt ... tgtttttcagGCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
EST: gi|31561132|gb|CD486970.1|CD486970
EST:     GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAG                         GCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
genomic: GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAGgcaagtgttt ... tgtttttcagGCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
EST: gi|298187616|gb|HO034765.1|HO034765
EST:     GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAG                         GCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
genomic: GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAGgcaagtgttt ... tgtttttcagGCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
EST: gi|7795303|gb|AW780700.1|AW780700
EST:     GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCTTCAGCTGCTGACACTAAG                         GCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
genomic: GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAGgcaagtgttt ... tgtttttcagGCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
EST: gi|192329978|gb|FK021564.1|FK021564
EST:     GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAG                         GCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
genomic: GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAGgcaagtgttt ... tgtttttcagGCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
EST: gi|254318263|gb|GR832431.1|GR832431
EST:     GTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAG                         GCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
genomic: GTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAGgcaagtgttt ... tgtttttcagGCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
EST: gi|15813356|gb|BI785631.1|BI785631
EST:     GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAG                         GCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
genomic: GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAGgcaagtgttt ... tgtttttcagGCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
EST: gi|254314708|gb|GR829701.1|GR829701
EST:     GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAG                         GCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
genomic: GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAGgcaagtgttt ... tgtttttcagGCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
EST: gi|4436972|gb|AI522837.1|AI522837
EST:     TGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAG                         GCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
genomic: TGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAGgcaagtgttt ... tgtttttcagGCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
EST: gi|192300142|gb|FG989264.1|FG989264
EST:     GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAG                         GCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGCGAA
genomic: GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAGgcaagtgttt ... tgtttttcagGCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
EST: gi|254314709|gb|GR829702.1|GR829702
EST:     GAT-CCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACT-CCCCAGCTGCTGACACTAAG                         GCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
genomic: GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAGgcaagtgttt ... tgtttttcagGCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
EST: gi|208272061|gb|GE069207.1|GE069207
EST:     GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAG                         GCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGACGTTGATTTGTTTGGTGAA
genomic: GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAGgcaagtgttt ... tgtttttcagGCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
EST: gi|298169520|gb|HO020880.1|HO020880
EST:     GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAG                         GCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
genomic: GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAGgcaagtgttt ... tgtttttcagGCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
EST: gi|19348668|gb|BM893200.1|BM893200
EST:     GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAG                         GCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
genomic: GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAGgcaagtgttt ... tgtttttcagGCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
EST: gi|192295190|gb|FG986909.1|FG986909
EST:     GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAG                         GCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
genomic: GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAGgcaagtgttt ... tgtttttcagGCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
EST: gi|26058029|gb|CA800943.1|CA800943
EST:     GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAG                         GCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
genomic: GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAGgcaagtgttt ... tgtttttcagGCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
EST: gi|298185314|gb|HO030527.1|HO030527
EST:     GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAG                         GCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGA
genomic: GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAGgcaagtgttt ... tgtttttcagGCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGA
EST: gi|207774367|gb|GD746261.1|GD746261
EST:     CCCCCACGCTGCTGACACTAAG                         GCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGGTTTGTTTGGTGAA
genomic: CCCCCA-GCTGCTGACACTAAGgcaagtgttt ... tgtttttcagGCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
EST: gi|42722502|gb|CK768401.1|CK768401
EST:     GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAG                         GCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
genomic: GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAGgcaagtgttt ... tgtttttcagGCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
EST: gi|207817388|gb|GD789349.1|GD789349
EST:     CGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAG                         GCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
genomic: CGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAGgcaagtgttt ... tgtttttcagGCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
EST: gi|15287608|gb|BI471499.1|BI471499
EST:     GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAG                         GCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
genomic: GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAGgcaagtgttt ... tgtttttcagGCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
EST: gi|7685411|gb|AW756059.1|AW756059
EST:     GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAG                         GCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
genomic: GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAGgcaagtgttt ... tgtttttcagGCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
EST: gi|208063571|gb|GD861501.1|GD861501
EST:     GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAG                         GCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
genomic: GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAGgcaagtgttt ... tgtttttcagGCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
EST: gi|4286063|gb|AI440993.1|AI440993
EST:     CGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAG                         GCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
genomic: CGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAGgcaagtgttt ... tgtttttcagGCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
EST: gi|254318262|gb|GR832430.1|GR832430
EST:     GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAG                         GCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
genomic: GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAGgcaagtgttt ... tgtttttcagGCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
EST: gi|298165799|gb|HO008770.1|HO008770
EST:     GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAG                         GCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
genomic: GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAGgcaagtgttt ... tgtttttcagGCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
EST: gi|9564337|gb|BE473846.1|BE473846
EST:     GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAG                         GCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
genomic: GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAGgcaagtgttt ... tgtttttcagGCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
EST: gi|151409150|gb|EV278958.1|EV278958
EST:     GATCCCTGGTTGCGGAGCTTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAG                         GCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
genomic: GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAGgcaagtgttt ... tgtttttcagGCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
EST: gi|18038851|gb|BM307145.1|BM307145
EST:     GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAG                         GCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
genomic: GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAGgcaagtgttt ... tgtttttcagGCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
EST: gi|11690340|gb|BF598016.1|BF598016
EST:     GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAG                         GCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
genomic: GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAGgcaagtgttt ... tgtttttcagGCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
EST: gi|298186801|gb|HO037434.1|HO037434
EST:     GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAG                         GCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
genomic: GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAGgcaagtgttt ... tgtttttcagGCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
EST: gi|31463360|gb|CD405388.1|CD405388
EST:     GATCCTTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAG                         GCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
genomic: GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAGgcaagtgttt ... tgtttttcagGCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
EST: gi|151402916|gb|EV272729.1|EV272729
EST:     GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAG                         GCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
genomic: GATCCCTGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAGgcaagtgttt ... tgtttttcagGCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
EST: gi|11687926|gb|BF595602.1|BF595602
EST:     TGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAG                         GCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA
genomic: TGGTTGCGGAGCCTGTTGCAACTCCCCCAGCTGCTGACACTAAGgcaagtgttt ... tgtttttcagGCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtgtcttaactctaattattgcttgacctttgactgaatgcaatctgtttttcagGCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAAGAGACTGAGGAAGAGAAGAAGGCAGCTGAGGAACGGGCAGCTGCAGTGA
                                           tctgtttttc  CT-rich tract
     ttaactctaattatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gcaagtgtttttctaatgataactgtgattggtttcatgttttcttttcacattgtgtcttaactctaattattgcttgacctttgactgaatgcaatctgtttttcagGCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAAGAGACTGAGGAAGAGAAGAAGGCAGCTGAGGAACGGGCAGCTGCAGTGA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG